GSE13015提供的标准化后的表达值有负值，而且有表达值间相差较大，这是什么原因，看了下芯片好像也是单通道的芯片，能否直接用来做WGCNA分析，还是要做其他预处理？ 请各位老师帮忙解答下，感激不尽！
可以搜索出来但是仍然是空白文件
...性状相关性时，采用皮尔逊相关性相关系数。但是其实还可以就相关性的大小计算一个显著性的p_value，看一下相关性是否是由于随机导致的 。 采用R中的cor.test进行计算： cors <- cor.test(x,y) # 获得p_value pvalue <- cors$p.value # ...
... my ( $a, $b ) = ( $a[$i], $b[$i] ); push @c, $a + $b; } 其实还可以这样： use List::MoreUtils qw(pairwise);my @c = pairwise { $a + $b } @a, @b; pairwise只适合两个列表，三个列表这样做： use List::MoreUtils qw(each_array);my $ea = each_array( @a, @b, @c );my @d; ...
...': No such file or directory Execution halted 已经检查输入文件均可以打开没有问题，无法进行注释结果的整理。
...36 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂...
...表达数据估计恶性肿瘤组织中的基质细胞和免疫细胞并且可以利用基因表达数据预测肿瘤组织中浸润的基质/免疫细胞的存在。该算法基于单个样本基因集合的富集分析，产生三个得分： ①基质评分（记录肿瘤组织中基质的存在...
R内置函数 cor() 可以用来计算相关系数：cor(x, method = c("pearson", "kendall", "spearman"))，可计算pearson、kendall、spearman三种相关系数。 cor函数计算的是列与列间的相关系数，得到的举证C(i,j)是第i列与第j列相关系数。 例如如下数据：...
... "newCountDataSet" Calls: std_multiple_level_comp Execution halted 我也检查了我的分组设置，在第四步中所生成的all_gene_count.tsv、all_gene_fpkm.tsv两个文件的head的信息 注：我在第四步中所生成的all_gene_count.tsv、all_gene_fpkm.tsv两个文件进行了...
...图）里，ID，parent后面的序列登录号后缀不一样。是因为这个问题吗？一直不知道怎么解决。 用的命令是：perl ../script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 Carb_anhydrase_removed_redundant_and_confirmed_IDlist.txt -in2 ../Phaeodactylum_tricornutum.ASM15095v2.47.gff3 -...
老师们你好，我在使用docker做qiime2分析自己的数据时，讲数据导入qiime2这一步时，报错了，manifest文件按照视频里做的，找了很多原因一直都是同样的报错代码，不知道怎么办。麻烦老师可以指教下吗？？
模仿这个做一个类似的。我是找了15条代谢通路
...时才会体现速度优势，少量序列会感觉非常慢，而且结果也没有hmmer的更准确，尤其是对远源注释方面。
...所示： 当然手动删除可能比较主观，也有一个软件gblocks可以提取序列的保守区域； 在线网址：http://molevol.cmima.csic.es/castresana/Gblocks_server.html
这个错误信息 * Using trimming files: /work/12.EVM/00.data/UniVec seqclean running options: seqclean genome.repeat.fa -c 1 -n 10000 -v UniVec Standard log file: seqcl_genome.repeat.fa.log Error log file: err_seqcl_genome.repeat.fa.log Using 1 CPUs for cleaning -= Rebuilding...