问题 老师，您好，我在进化树分析的文件格式转化的过程中遇到了问题，就是命令运行结束，ll发现没有文件出现，这里我有的不会，还请老师指点一下

问题 老师，我在做基因结构分析的时候，有的基因上没有这10个保守结构域中的任何一个，这是为什么啊？是我哪里做错了吗？

问题 请问在进行利用脚本得到对应基因的蛋白序列，出现打不开这个文件是什么情况，我换另一个电脑就可以进行分析，是电脑设置的问题吗

问题 请问老师单倍型分析结果中，我怎样确定block区间，如下图。请老师解答哪些标记划分为block1，哪些标记划为block2

问题 老师，分析基因的在染色体上的外显子，内含子，UTR位置信息时，

一共运行了两个脚本：gffread  ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 -T -o Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gtf和perl ../script/get_gene_exon_from_gff.pl -in1 WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt -in2 ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 -out gene_exon_info.gff，那么第一个叫...

问题 微生物多样性分析课程：运行r脚本出错 ，提示there is no package called ‘getopt’

运行r脚本：species_accumulation_curve.r  -i $workdir/4.export_data/feature_table_tax_rare.txt       -n species_accumulation_curve   出错，提示： Error in library(getopt) : there is no package called ‘getopt’ Execution halted 请问老师，这个r脚本是需要调用getopt...

问题 老师 您好， 我在分析有参RNA-seq数据，hisat2-build 构建索引的时候遇到如下报错

我使用的命令是这样：hisat2-build -p 2 --ss splicesites.tsv --exon exons.tsv $fa $HISAT2Index；  对应的变量都已经赋值了，报错如下：

问题 老师，请问泛基因家族成员鉴定中，hmmer结构域搜索；；我有两个结构域，而hmmersearch一次只能筛选一个结构域；请问如何筛选同时含有两个结构域的呢；请问这两条指令如何修改？

...{ind}.gene.pep.fasta和grep -v "^#" ${ind}.WRKY_hmmerOut.txt|awk '$7<1e-5 && ($19-$18)/$6>0.9  {print $1}' |sort|uniq > ${ind}.WRKY_hmmerOut.cut_e_len.list grep -v "^#" ${ind}.WRKY_hmmerOut.txt|awk '$7<1e-5 && ($19-$18)/$6>0.9  {print}' >${ind}.WRKY_hmmerOut.cut_...

问题 关于treemix的几个问题

...做出来的图，我的图标太大了，跑到了图外面，根本显示不全；而且，字有重叠，不美观；似然树的红黄图标都压着主图了，想调到主图的左边。用什么办法可以调整呢? 2.当热图中的SE为0 时，就表示我设定的基因迁移次数，和...

问题 构建进化树bootstap值自动变动及结构域的选择

 请问构建进化树分析的时候显示bootsta值自动调整了这个有影响吗？是继续分析吗？ 另外视频里看到挑选出来的短的结构域会选择不要 ？ 如图几个短的结构域都验证过 在视频分析前期看到会选择删除，请问大概多短的结构...

问题 请问老师植物叶绿体基因组数据GFF和CDS等怎么下载？

请问老师做叶绿体共线性分析可以用组学上基因家族分析上的物种间的共线性分析方法做吗？请问老师下面这个图的共线性分析用什么方法做的？

问题 老师您好，我在使用组学大讲堂docker镜像进行转录组分析时遇到问题

使用get_gene_length_from_gtf.py这个脚本生成gene_length文件时，发生以下错误： raceback (most recent call last):  File "get_gene_length_from_gtf.py", line 50, in <module>    kvs=get_value(tmp[8])  File "get_gene_length_from_gtf.py", line 37, in get_value    k=g.group(...

问题 老师们，想问一下我有留下来的snp数据，需要用snp2caps分析酶切位点，这个软件如何使用

导入了最新的内切酶，我的Excel数据导入哪里

问题 kegg注释问题

请问老师我是做的苹果蛋白组，kegg分析时是要选择苹果的kegg库进行分析吗？公司给我分析的好多都富集到动物、疾病还有真菌了呢？还说不能单独选择植物库。谢谢。

问题 在基因家族分析的时候，利用GFF文件中geneID与mRNA的对应关系的脚本进行运行时出现如下无效的错误，求指教

首先，好像是不是因为缺parent的缘故而造成的无效 GFF文件如下 我看之前的GFF文件其中有mRNA，想着是不是这个的原因，然后把transcript替换成mRNA，如下，还是出现以上错误。求老师帮忙看一下