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文章 为什么华为、百度纷纷选择OKR,放弃KPI?

...驱动 KPI除了向员工拆分考核指标,还事先规定好你要怎么去完成,并且把结果与绩效奖金挂钩。 OKR则是让你了解达成目标的方法,至于怎么去做好这份工作由你自己决定。 2、OKR更具公开性 在OKR体系中,所有的成员都...

文章 拟南芥叶单细胞分析流程

...tsv.gzln -s GSE213622_coaker_atpst_singlecell_matrix.mtx.gz matrix.mtx.gz #细胞注释文件逗号换成tab,方便后续读入数据zcat GSE213622_coaker_atpst_singlecell_metadata.csv.gz |sed 's/,/\t/g' >meta.txt 数据转入质控: Rscript $scripts/seurat_sc_qc.r \  -d ./ \  -p ...

问题 成功得到了gvcf文件后,合并gvcf文件时,在导入db步骤中,由于gvcf文件超出了idx索引的处理范围,因此我使用CSI建立索引后,发现导入db的代码依旧无法运行,需要idx格式的索引,怎么

文章 细胞RNA测序的质量控制详解:一份为初学者准备的质控手册

...公众号文章:https://mp.weixin.qq.com/s/DYCYZ_t25TV8LlYX_szebw 单细胞RNA测序的质量控制详解:一份为初学者准备的质控手册 导语 单细胞RNA测序技术的成熟使得研究者能够以前所未有的分辨率观察单个细胞的转录组全貌,从而揭示细胞...

文章 细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE178341)

...)的结直肠癌肿瘤相比,错配修复良好的肿瘤表现出免疫细胞的存在和活性升高。为了了解免疫反应模式以及这些类型结直肠癌之间的主要差异,我们对来自 28 名 MMRp 和 34 名 MMRd 患者的 371,223 个肿瘤细胞和邻近正常细胞进行了...

问题 老师,最近绘制染色体位置的软件都下载不下来了,MapGene2Chrom web v2也用不了,怎么办呢,老师您这里有MapChart的安装包吗?或者还有别的什么方法吗

文章 轻松搞定Krona图

...时会弹出一个另存为窗口,直接保存绘图结果为html网页格式。该网页文件使用浏览器即可查看。结果如下: 该图片是可以交互的,我们双击某一部分会重新计算并显示。 好啦,先介绍到这,大家自己动手试试吧!

文章 NCBI 下载病毒基因组的gff3

...如果我们想获得病毒的gff可以在send to中选择保存文件的格式: 通过这个方式保存的gff格式如下: 其中第三列feature并不符合许多软件识别的格式,可以自行进行修改。

问题 使用单细胞转录组课程中的代码进行GSVA分析时,找不到所关注的通?

源代码里的CP:KEGG通路只有186条,找不到我所关注的比如Th17 分化通路应该怎么办?

文章 2020国自然热点预测:2019最火的7大方向解读!

...国自然评审结果,非编码 RNA、m6A、外泌体、肿瘤免疫、细胞自噬、肠道菌群、干细胞等大方向属于科研热点。 热点一:非编码RNA 1,miRNA miRNA也算是老而弥坚的热点了,热度已经维持多年, 常年霸榜国自然申请热点榜的龙...

文章 maftools|突变数据可视化-瀑布图绘制及脚本使用

...学的发展,突变注释格式(MAF)正被广泛接受并用于存储体细胞变异情况。由体细胞变异组成的结果数据以突变注释格式存储。只要数据为MAF格式,maftools包便可以高效的方式汇总、分析、注释和可视化。这次主要介绍使用maftools包...

文章 一文教你使用Excel画GO富集分析图

...件一般在每个差异组合的差异分析结果文件夹下。打开格式大致如下图所示,各个公司稍有不同,图上红色箭头所指的列应该都有,这几列分别是:Term_type、Description、Corrected_P-value、Rich_factor。 假设我们经过筛选之后使用...

文章 trinity的下载与安装

...eads_2.fq --CPU 6 几个重要参数介绍: –seqType 支持输入数据格式为 fq 或者 fa –JM 内存设置 新版本v2.4.0没有这一参数,由–max_memory代替 组装过程中,jellyfish这一步是最耗费资源的一步 所以这个内存主要由jellyfish控制 如果是双端...

文章 修改单细胞转录组分组

修改单细胞转录组分组, # 加载所需的R包library(qs)      # 用于快速读写R对象的包library(dplyr)   # 数据操作包# 从指定路径读取Seurat对象obj = qread("cnv_celltype_all.qs")# 使用dplyr包对对象的元数据进行操作obj@meta.data <- obj@meta.data %&g...

文章 看懂变异记录结果文件(VCF)

...结构分析、PCA分析、GWAS关联分析等等。 因此了解VCF文件格式及其记录结果的意义非常重要。VCF文件其实是文本文件,可以用Windows当中文本编辑器软件打开,比如editplus等。由于VCF文件往往很大(通常超过1G),在Windows系统下直...