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文章 不同物种基因组之间的比对与可视化

....pdf R dotplot： library(pafr) #library(tidyverse) df <- read_paf("alignment.paf") pdf("alignment.pdf", width = 8, height = 8) dotplot(df)#dotplot(df, label_seqs = TRUE, order_by = 'qstart')可以区分染色体 dev.off() 软件 RectChr： 软件下载 git clone https://githu...

文章 安捷伦Agilent 外显子捕获试剂盒捕获区域bed文件下载

... 说明如下：https://earray.chem.agilent.com/suredesign/help/Target_enrichment_design_files_available_for_download.htm BED files You can import these files into a compatible genome browser to graphically view the locations of the tracks in the genome. [design ID]_Covered.bed - This BED fil...

文章 拟南芥叶单细胞分析流程

...mtx.gz #链接数据，10X文件名格式方便读入数据 ln -s GSE213622_coaker_atpst_singlecell_barcodes.tsv.gz barcodes.tsv.gzln -s GSE213622_coaker_atpst_singlecell_features.tsv.gz features.tsv.gzln -s GSE213622_coaker_atpst_singlecell_matrix.mtx.gz matrix.mtx.gz #细胞注释文件逗号换...

文章 Centos7下Rstudio-service配置教程

... root账号安装： wget https://download2.rstudio.org/server/centos7/x86_64/rstudio-server-rhel-2022.07.2-576-x86_64.rpm sudo yum install rstudio-server-rhel-2022.07.2-576-x86_64.rpm 启动R 服务： rstudio-server start #启动RStudiorstudio-server status #查看RStudio状态 设置...

文章 安装R包的几种方法

... url <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/rvcheck/rvcheck_0.1.8.tar.gz"install.packages(url,repos = NULL,type = "source") 3.R包下载到本地后安装 download.file("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/rvcheck/rvcheck_0.1.8.tar.gz","rvcheck_0.1.8.tar.gz") install.p...

问题 getorganelle组装线粒体出现问题

老师您好，在组装线粒体基因组时出现了 For Ge1tOrganelle1_out/1-illumina_1.fq.gz.fastq, only top 31563574 reads are used in downstream analysis.这个问题，组装结果中只有一条8000bp左右的序列，请问怎么设置参数才能不 only top reads进行后续分析，而...

文章 bam文件出现负坐标

...会导致负坐标出现。 因为bam/sam存储位置信息时使用int32_t数据类型，因此它所能接纳的最大染色体长度为2^31 - 1 = 2,147,483,647 bp（约2.14G）。 此处我并没有找到更好的软件可以解决这个问题，因此只能对超长序列进行拆分。 比...

问题 请问老师，对基因组数据进行处理，保留最长转录本为何会出现一个基因有两个5端UTR？如截图所示。

老师，您看这条基因GnomonmRNA41473094172711.-.ID=rna-XM_038109278.2;Parent=LOC105391084;Dbxref=GeneID:105391084,Genbank:XM_038109278.2;Name=XM_038109278.2;experiment=COORDINATES: polyA evidence [ECO:0006239];gbkey=mRNA;gene=LOC105391084;model_evidence=Supporting evidence includes similarity ...

问题 老师您好！

... TCGA-CHOL 试开URL’https://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.0_Windows_x64-py3.7_0.zip' Content type 'application/zip' length 16207515 bytes (15.5 MB) downloaded 440 KB Error in unzip(basename(bin)) : zip名字参数不对 此外: Warning message: In if (grepl("^https?://"...

文章 组建专属KEGG数据库

...己物种的。 正文： step1： https://www.genome.jp/kaas-bin/kaas_main  KEGG注释的网址 step2：模仿下图填空  ps 上传文件有点慢呀  （找个不断网的地方）着急下班就回家再弄吧！ step3：等邮件，下载就好了！ 参考文献 https://www.sohu...

问题 老师，这个警告问题大不大

Wrote 92128018 bytes to primary GFM file: Amphitetranychus_viennensis.genome.1.ht2Wrote 35712720 bytes to secondary GFM file: Amphitetranychus_viennensis.genome.2.ht2Re-opening _in1 and _in2 as input streamsReturning from GFM constructorWarning: a local graph exploded (offset: 1239040, length: 57344...

文章 VennDiagram各区域信息提取

...如下： summary(xList)        Length Class  Mode     AT_4000 4000   -none- characterAT_3892 3892   -none- characterAT_3593 3593   -none- characterAT_3000 3000   -none- characterAT_2987 2987   -none- character 一共五组数据，各组数据如上所...

问题 AWK整理泛基因集文件出现部分问题

您好，我在使用以下代码进行格式整理后发现，部分出错 awk -F"\t|-|_" '{print $1$2"\t"$3"_"$4}' 13Pan-genes.list > apple13.pan-genes.list 我的13Pan-genes.list文件如下 整理后的文件如下，有部分基因如Msi开头的没有加上第三列的信息

问题 重复序列分析，去除含有基因序列的库文件时候报错，你们示例数据也有这样的问题

...peatMasker进行重复序列注释】时候 for lib in ModelerAll.lib MITE_LTR.lib Homology.db; do  blastx -query ${lib} -db ${SPROT} -evalue 1e-10 -num_descriptions 10 -num_threads ${threads} -out ${lib}_blast_results.txt  perl $scriptsdir/ProtExcluder1.2/ProtExcluder.pl ${lib}_blast_results.txt...

问题 isoseq3分析lima去除测序引物问题

...– pATCTCTCTCTTTTCCTCCTCCTCCGTTGTTGTTGTTGAGAGAGAT – 3’ lima ../m54220_181204_080956.subreads.ccs.bam primers.fasta test.demux.ccs.bam --isoseq --no-pbi  有谁能给我个建议问题在哪里吗？ 谢谢！ 静静