文章 命令并行思路

...使用循环或者逐条运行,这其实无法发挥服务器的性能,在不用花的时间上浪费了很多时间,本期我们来从简入难,汇总一下服务器并行的思路 01 — 基础并行,不借助工具 当你有几条很简单的命令,比如 #命令cmd1cmd2cmd3 他...

问题 老师，我要做泛基因家族分析中泛基因列表构建，我是不是只需要把data数据的基因组和gff文件链接过去，不用再建文件夹下载了，然后一步步做Rstudio的操作么，我需要下载pangenlist里面的哪些文件到自己的服务器？

是不是除了demo里的文件，其他的都要下载，或者替换为自己的品种，我看有的数据可能是加载环境。

文章 组装"预实验" | 物种倍性分析

...域。因此我们在进行基因组评估之前，需要先做一下倍性分析。 倍性分析有哪些方法？ 1.实验方法 压片法： 通过促进细胞有丝分裂，使用秋水仙素使细胞分裂停止在有丝分裂中期，然后固定、酶解、染色、烘烤等方法将...

问题 我买了转录组分析的课程，在运行fpkm_and_plot.R脚本时提示Error in library("getopt") : there is no package called ‘getopt’ Execution halted， 我打开R语言安装getopt后仍然显示报错，请教各位大神和组学讲堂的老师

问题 染色体注释的圈图，共线性分析，怎样设置不同染色体共线部分的颜色，例如把chr1和chr2共线部分设置成红色，chr2和chr3共线部分设置为绿色，chr3和chr4共线部分设置成紫色，应该怎么改配置文件呢？

问题 请问利用jcvi整理泛基因列表，做JCVI做共线性分析时，一直提示/bin/bash: lastdb: command not found，是没有安装Last软件包吗？目前使用的镜像是购买课程时老师提供的，数据是26个玉米基因组数据（由于空间不足，只用了19个基因组）

文章 ppi_network.r 蛋白互作网络分析

使用说明： $ Rscript $scriptdir/ppi_network.r -husage: /work/my_stad_immu/scripts/ppi_network.r [-h] -g gene.list [-s ann.db]                                                [-t score_threshold]                                                [-v...

文章 从GTF中提取lncRNA的编号和名称

...据挖掘感兴趣，请学习我们的TCGA相关课程： 《TCGA-生存分析》 《TCGA-基因差异表达分析》 《WGCNA加权基因共表达网络分析》 《GEO芯片数据挖掘》 《GSEA富集分析》

问题 老师您好，我在用MEGA构建完系统进化树后，树的下方有一大片空白，选中某一分支的绿色选中框也偏下，不在分支本身，卸载了又重装，重新分析建树依旧是这种情况，想请教一下老师有没有遇到过这种情况，谢谢！

老师您好，非常感谢您回答我的问题！ 以下边是我截出的图片： 1.首先新建的树下方有很大空白； 2.我想要选中图中红色圈标记的分支，但是选不中； 3.在下方空白部分盲找，才能点出上图中的分支绿色选中框，也能对其...

文章 BSA分析中QTL-seq 分析：95% 99%阈值置信区间是如何计算的

这里R语言源代码，有兴趣的可以研究看看 ####################################Arg<-commandArgs(TRUE)###########input###############################################individual_analysis<- c(Arg[1])reprication<-c(Arg[2])filter_value<-c(Arg[3])population_structure<-c(Arg[4])...

文章 U盘安装 CentOS 注意问题

...，具体信息如下：[OK] Reached target Basic System 到这里就卡住不动了。第一反应就是 grub 找不到启动盘符。通用解决方案网络上很多文章对于这种解决方案都是通过，找到 U盘的盘符，然后直接修改 grub 启动盘符的形式来安装系统。...

文章 R中的错误处理函数

...性，随着脚本逐渐复杂，一些较高级的错误处理函数就必不可少了，我们今天来介绍几个R中的 1. tryCatch() 函数 功能: tryCatch() 函数是一种更复杂的错误处理机制。它不仅可以捕获错误，还可以定义针对不同类型错误的具体处理...

问题 想问一下大家做蛋白质谱搜库分析的时候用maxquant我原始文件是wife.scan格式的不是raw格式的用此软件可以吗，因为看到在选项里面是有wiff的，但是我发现最后性能那里不能得到结果，显示报错，想问有没有大神可以解答一下呀多谢多谢

问题 老师您好，群体结构分析自己的数据时，进行到文件格式转换那一步遇到了问题，报错写的是要将vcf文件正常排序，我自己在网上找到了相应的脚本，却不能正常运行，报错写的是不能生成JAVA虚拟机，我的脚本是不是有什么问题呀，这个应该怎么解决呀

问题 你好，请问你是做无参转录组基因家族分析吗？我想请问下，你做基因家族成员鉴定时，用的哪个文件，我看到那个课程里用的是蛋白质序列，但是我的转录本unigene里面是核苷酸序列，请问你是用什么文件做的基因家族成员鉴定呢？

无参转录组基因家族成员鉴定