问题 使用docker 镜像中的plink软件跑PCA Admixture 分析时都遇到以下类似报错 segmentation fault(core dumped) 请帮忙解答.

问题 老师您好！在一篇分析单个基因和免疫关系时TIMER，MCP-counter，EPIC和quanTIseq， ESTIMATE，ssGSEA这几个应该怎么用，可以选择哪几个组合吗？

老师您好！在一篇分析单个基因和免疫关系时TIMER，MCP-counter，EPIC和quanTIseq， ESTIMATE，ssGSEA这几个应该怎么用，可以选择哪几个组合吗？

问题 做有参转录组分析，在进行基因表达定量的时候，出现如下问题，请问老师这是什么原因呀

100000 GFF lines processed.200000 GFF lines processed.300000 GFF lines processed.400000 GFF lines processed.500000 GFF lines processed.Error occured when processing GFF file (line 546354 of file /bioData/run_data/lixp/work/GZ_yangtao2/2.alignment/stringtie/stringtie_merged.gtf):  Feature Yangtao200...

问题 我手里有老师给的700＋水稻品种，这700＋品种重测序结果直接从水稻3K里down下来的，请问可以用来做遗传群体进化分析吗？

这700+品种只知道是来自于世界各国的

文章 从MEGA进化树分析结果nwk文件提取基因ID

之前多次遇到需要从nwk文件中提取基因ID的情况，为此写了一脚本，可以实现此操作。 用法： perl nwk_geneid.pl  -i in.nwk  -o out.txt in.nwk 为输入的nwk文件，out.txt是输出的基因ID文件。 脚本代码； use Getopt::Long;use strict;my %opts;GetOp...

问题 为什么这两次是一个文件，只是改变了核数，输出的结果却不一样了

for i in Z102A; do > echo  "RUN CMD: bwa mem  $BWA_INDEX  $workdir/2.data_qc/${i}_1.clean.fq.gz \ >         $workdir/2.data_qc/${i}_2.clean.fq.gz -t 16 -M \ >         -R '@RG\tID:${i}\tLB:${i}\tPL:ILLUMINA\tSM:${i}' \ >         |samtools view -bS -h - > $workdir/...

问题 从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻泛基因分析出

1.按照水稻的文章在Rice Resource Center获取了33个水稻的基因组文件 2.使用cat ../id.txt|while read ind;do ；agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff ./${ind}.gff.gz -o ./${ind}.longest_isoform.gff获取longest_isoform.gff发生报错

问题 老师，您好！key driver analysis的参考文献如下。请您帮我查查该分析方法的R语言包在哪里下载？

Identification of Key Causal Regulators in Gene Networks . Bin Zhang and Jun Zhu .Proceedings of the World Congress on Engineering 2013 Vol II, .

问题 共线性分析之前提取的蛋白质序列为空。如何解决？

要通过allmRNAID.txt文件，从蛋白质序列文件中获取对应蛋白序列，使用命令perl ../script/get_fa_by_id.pl allmRNAID.txt ../Phaeodactylum_tricornutum.ASM15095v2.pep.all.fa pep.fa。结果所得文件内容为空。查看pep.all.fa文件，里面的蛋白质序列后缀是.p1，...

问题 Bioconductor包安装时出现警告，导致最后出来的图片部分缺失

...ite(c("genefilter","ballgown","edgeR")) quit(save="no") 紧接着跑差异分析 echo "Step8: difference expression analysis " cd /var/data/work/ DE_HTSEQ=/var/data/work/5.de mkdir -p /var/data/work/5.de cd /var/data/work/5.de perl -ne 'if ($_ =~ /gene_id\s\"(ENSG\S+)\"\;/) { $id = $1; $name = u...

文章 fastq序列做NR库比对

1.使用命令随机从fastq文件中提取序列： python /share/work/huangls/piplines/01.script/random_fastq_to_fa.py -f  C5_R1.fastq.gz -o ~ -p its5 -n 100 2.将序列提交到NCBI中用blast做NR/NT库中进行比对：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 

问题 基因流分析时，treemix.r报错

[root@1cea8aa143bc  23:58:21 /work/3.map/vcf]# Rscript treemix.r -i treemix -o ./ -e 1 -r pop WARNING: ignoring environment value of R_HOME --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your  learning  R language: https:...

文章 从TCGA数据库中下载指定类型样本的数据

...据中包括了癌症相关各种类型的样本，而有时候我们只想分析其中的一种样本的数据，那该如何下载指定类型的数据呢？ 其实可以用TCGAbiolinks 软件包中的GDCquery 函数，指定sample.type 去筛选样本。 比如：需要下载实体瘤组织的...

问题 请问大家有用过SWAAP这个正选择滑窗分析的软件的吗，求下载地址，实在是找不到！文献中有给出链接，但是全部无法打开。

问题 利用LTRharvest分析基因组全长LTR反转座子，第二步运行的时候总是出现不能打开一个带有.esq后缀的文件，请问这种情况该怎么解决？