问题 老师您好！我想问下当我在计算群体间遗传分化指数（Fst）时,发现其中两个品种间的Fst值很大，但是群体结构分析中（PCA，NJ-Tree,最大似然树）中却发现这两个品种聚类较近，且在一个分支上。这应该怎么解释啊？谢谢老师！

问题 在用EMMAX做关联分析时，#kinship 亲缘关系矩阵计算 ibs-kinship emmax-kin-intel64 -v -s -d 10 -o ./pop.kinship.IBS snp_var 用这条命令计算亲缘关系，得到的pop.kinship.IBS全是NA

文章 如何高效的进行多项目管理？

...，都或多或少的会参与项目，而项目要能顺利执行其实并不简单，如果又渉及多个单位合作，困难程度又大增。 对项目经理来说，从他们的工作日志片段可以看出每个人都有自己悲惨的故事，程度恐怕只有过之而无不及。那...

文章 VIP-转录组数据鉴定病毒

...差不多。以VIP这款软件为例。 VIP 是一个鉴定人类病毒的分析流程，主要支持两种分析模式： 1. 快速模式鉴定已知的病毒：这个模式是将转录组的测序数据与已知的病毒核酸序列进行比对，找到那些reads多，覆盖度高的病毒序...

文章 微生物多样性16S计算物种累计曲线

R语言 vegan包计算物种累计曲线 vegan 包是进行群落数据分析最常用的R包，其中的 specaccum 函数用来计算物种的累计曲线。输入数据，otutable：列表示不同的物种，行表示不同的采样点，中间的数字代表物种丰度：示例代码:require(v...

问题 eggNOG 保留蛋白序列时提示同一 ID 被多个一级特征使用，而子特征的 Parent 属性没有得到相应更新，导致注释关系不明确的问题，该怎么解决

老师我在进行如下步骤时，会有warning提示，gff和fasta都是非模式物种ncbi数据库染色体水平的组装，ga_protein_coding.gff3文件正常生成了，请问warning对结果有影响吗，应该如何解决？谢谢！ agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff $gf...

问题 泛基因家族分析的数据准备的里面有一个加载全局变量env.sh,请问这个有什么作用？里面改没改这个Ref=B73为自己的物种有什么区别呢，修改了要不要加这个基因组的具体路径？

 为什么我没改这个基因组名字为自己物种好像也没有啥影响？   说到影响就是 是不是会影响后面的命令的运行？ #将基因组序列文件和注释文件批量链接到当前文件夹 cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ....

问题 你好 我现在在用cytoscape的conet做共现网络分析图，去掉世系之后确实是可以运行正常的，但是我做的图是需要世系的，因为需要标出图例，表明是在门分类下 具体是哪种微生物，请问我要怎么去调整taxonomy的数据格式才能使得conet不报错

问题 老师您好！我要进行小麦基因蛋白互作网络分析，使用小麦与拟南芥找到8对同源基因，后来用Cytoscape进行美化时，要用所找到拟南芥映射小麦，这个映射用VLOOKUP比对时是用的之前找到的8对同源基因即下载的ortho-orthologs文件吗？

问题 老师你好，我想问一下，我做基因家族分析，明明之前建了02.hmmsearch这个文件夹，并且做出来的东西也都放在里面，但是我在终端ll一下，显示total0，然后我新建进化树的文件展示已存在但我在文件夹里并没有找到

问题 老师您好，我在做宏基因组学分析时，由于样本数据量过大，将所有样本质控后的reads用进行组装时，会出现服务器内存不足无法组装的情况。那我想将每个样本的数据分别组装，然后将样本contig文件进行合并后再进行下游分析。这种方法可行吗？

文章 从原始测序数据开始分析单细胞数据

#umi_tools whitelist --stdin data/12-22-3_L2_1.fq.gz \ #                    --bc-pattern="(?P<discard_1>CTCTTTCCCT)(?P<cell_1>.{10})(?P<discard_2>ACGACGCTCTTCGAGTGATTGCTTGTGACGCCTT)(?P<cell_2>.{8})(?P<umi_1>.{12})T{4}.*" \ #                    --se...

文章 windows 中的docker如何设置容器的内存与计算资源 WSL

...-V的， 由于新的docker可以基于WSL的，设置docker的资源有所不同： 如果是基于hyper-v的设置资源可以参考这里：https://www.omicsclass.com/article/1413 如果是基因WSL的docker，设置会提示：我们就访问 https://docs.microsoft.com/en-us/windows/wsl/wsl-c...

文章 研究生怎样才能和导师打成一片？

经过漫长的考研之战，相信不少同学已经成功考上了自己心仪的学校， 并且已经和自己未来的导师有了一些沟通和联系， 你已经这就完了吗? 并不是！！童靴，你“波澜壮阔危机四伏”的研究生生涯才刚刚向你招手哦~ 就拿...

文章 双11优惠火热进行中---生信课程历年最大优惠来袭！

...止到今天，共计发布60+门生物信息视频教程，涵盖基因组分析、群体研究、转录调控、癌症数据库挖掘、微生物研究、生信基础（Linux、Python、R、Perl）等方向，学员数量已超过70000人！多门课程被推送到网易云课堂首页推荐位，...