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问题 如何针对没有基因组,只有无参转录组数据,鉴定筛选一个基因的家族成员并进行分析

...究这个基因功能,首先想明确这个基因是否有家族成员,怎么能够基于转录组数据找出这个基因的家族成员,是否能够像课中讲的进行共线性,染色体等分析,听了课后感觉老师讲的基本都是有基因组数据的分析,能够从数据库...

文章 R语言barplot 设置x轴标签垂直

...学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读 6. 更多学习内容:linux、perl、R语言画图,更多免费课程请点击以下链接: htt...

问题 课程的IBD分析可以分析个体之间的IBD吗?计算得到的是IBD距离还是系数?想要通过IBD计算亲缘关系系数该如何操作?

群体遗传进化分析课程里只讲到了个体相对群体的IBD片段区域,没有讲到个体之间的IBD比较 可以问一下个体之间的IBD该怎么计算吗?

文章 AWK如何跳过文件的第一行

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文章 DNA SequenceLogo

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问题 无法链接到docker守护进程

...我按照GitHub的导航操作了还是没解决这个报错,请问我改怎么解决这个问题?

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文章 qRT-PCR相对定量计算详解 qPCR

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问题 基因ID、cds ID与蛋白ID三者均不一致

...”这一步就难进行下去。所以,请问老师,遇到这种问题怎么解决? 另外,我发现鸭的基因组也存在同样的问题。 图1 蛋白fa文件,蛋白ID后有geneID、mRNAID注释,但编码无规律。 图2 cds fa文件 图3 gff文件

问题 群体遗传分析中iqtree构建系统进化树出现警告和错误

...? 另外还有应该问题就是下面这些Composition处的failed是怎么回事?为什么全都是failed,是我的文件有问题吗?是忽略这个问题还是处理一下我的文件重新分析? 后面还出现了这样应该提示, 这是需要我做一些修改吗? 请老...

文章 vcftools过滤变异类型

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文章 ValueError: invalid literal for int() with base 10: ''

...体,运行成功; 但是如果要显示不带数字的染色体,怎么办呢:可以手动修改染色体编号加上数字(mcscan_seqid),另外别忘了对应bed文件中的染色体编号也修改一下; 图片绘制出来之后可以用illustrator修改一下; 更多分...

文章 linux命令之grep

...掌握好其用法是很有必要的。首先谈一下grep命令的常用格式为:grep  [选项]  ”模式“  [文件]grep家族总共有三个:grep,egrep,fgrep。常用选项:  -E :开启扩展(Extend)的正则表达式。  -i :忽略大小写(ignore case)。 ...

文章 《Science》:中国人诚信全球倒数第一?这个实验设计科学吗?

...而严谨、得出的结论一定是精准又可靠吧? 然鹅,你们猜怎么的? 这个论文最终的结论是:中国公民诚信度在参加统计的四十个国家中,排名地球倒数第一! 学霸姐姐一看,有点儿方,真的假的? Science这样的国际权威期刊,不...

问题 gff文件包含gene,cds,exon,mRNA的信息,请问如何获取intron的位置信息。我想知道基因组intron的总长度?

老师,你好,我有个gff文件,但其中只有gene,mRNA,exon,cds的信息,如何获取intron的位置信息,我想写个脚本获取基因组intron的长度,请问老师思路大概是怎么样的?谢谢老师