找到约 15 条结果

文章 DEG_limma.R 差异基因分析limma

使用方法: $Rscript DEG_limma.R -h usage: DEG_limma.R [-h] -e filepath -m filepath -t treatname --control CONTROL --case CASE [-f fdr] [-c fc] [-s size] [-a alpha] [-X x.lab] [-Y y.lab] [-T title] [-H height] [-W width] [-o path] [-p prefi...

文章 mclust analysis.r 基于模型的聚类

...适的聚类数和模型类别 -n 输入选择的模型类别 mclust包中提供了14种模型（EII、VII、EEI、VEI、EVI、VVI、EEE、EVE、VEE、VVE、EEV、VEV、EVV、VVV） -g 输入合适的聚类数 使用举例： #第一次运行不指定g和n，通过BIC结果选择合适的g...

问题 老师您好，我在用MEGA构建完系统进化树后，树的下方有一大片空白，选中某一分支的绿色选中框也偏下，不在分支本身，卸载了又重装，重新分析建树依旧是这种情况，想请教一下老师有没有遇到过这种情况，谢谢！

...的图片： 1.首先新建的树下方有很大空白； 2.我想要选中图中红色圈标记的分支，但是选不中； 3.在下方空白部分盲找，才能点出上图中的分支绿色选中框，也能对其进行操作。 4.我把进化树发给和我相同电脑的同学，她...

文章 挖掘公共基因大数据的时代已经到来

...芯片，CNV芯片，基因表达芯片，这使得我们能在单次实验中对全基因组的基因进行研究。如GWAS关联研究，不同组织基因表达差异研究。目前很多的实验室也已经采用这方面的研究技术。 大数据时代 10年前，随着NGS测序技术的...

文章 KEGG 通路基因列表；

...近发现   msigdb 的KEGG代谢通路Regulation of actin cytoskeleton 中没有这个基因CYRIB ，但是在kegg官网上是有的； 可能是msigdb更新不及时吧 https://www.genome.jp/entry/hsa:51571 下面自己制作最新的kEGG通路基因列表： hsa_kegg <- clusterProfiler::...

问题 视频课程已经学完，有一个问题，视频中演示的搜索拟南芥的NB-ARC基因家族，这里的拟南芥指的是拟南芥属吗，是有很多不同种的拟南芥组成的吗？

视频课程已经学完，有一个问题，视频中演示的搜索拟南芥的NB-ARC基因家族，这里的拟南芥属的蛋白质序列，是有很多不同种的拟南芥的吗？ 我自己在实际操作的过程中是不是需要把我研究的物种的属下面所有的不同的种的蛋...

文章 统计不同分组差异表达结果并统计上下调基因数目并绘制柱状图

...的组合比较，我需要批量的用R读入数据，然后统计分组中差异表达基因的数目，并绘制柱状图； R语言代码： library(reshape2)local({r <- getOption("repos")  ;r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" ;options(repos=r)}) library(ggpl...

文章 小麦TCP基因家族分析文献解读及原文献下载

...cum aestivum L.).pdf 小麦TCP基因家族分析文献解读 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决： 1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分...

问题 KNN补值函数knnImputation函数的距离计算问题

老师您好，在学习中我发现，KNN补值函数knnImputation函数是按照行而非列进行的缺失值填补，但是蛋白组或者基因组数据一般都是列是样本行是蛋白/基因特征名称。是按照行（特征）进行近邻k个参考的距离计算并进行缺失值填补...

文章 了解我们！

...年的飞速发展；同时也深深融入了当前的生命科学研究之中。 但高通量测序有其自身特点，尤其数据量巨大，这就造成了它即使像PCR一样普遍也不可能像PCR一样普通，因为大部分人难以逾越数据分析这条鸿沟！ 在可预见的未...

问题 请问request returned Internal Server Error for API route and version http://%2F%2F.%2Fpipe%2Fdocker_engine/v1.24/containers... check if the server supports the requested API version 这个问题该怎么解决

运行docker 解析gff信息时，中断， docker软件的containers中出现 request returned Internal Server Error for API route and version http://%2F%2F.%2Fpipe%2Fdocker_engine/v1.24/containers/025fef2a3e783d8c473c644d58e2ffd31be5f157743e797b0649966a18031dfc/json, check if the server supports ...

文章 circos-基因组圈图调整标签文字重叠

...位置较近，很容易导致文字重叠，在绘图时可以利用plot中对应的参数进行控制： （具体请结合参考：http://circos.ca/tutorials/lessons/2d_tracks/text_labels1/images    和  http://circos.ca/documentation/tutorials/2d_tracks/text_labels1/lesson ）        ...

文章 保姆式教程！手把手教你使用Simplot，绘制高大上的序列相似性图片

...当参考序列的点图呈现近似平行线时，说明目的序列与其中某条参考序列的序列高度相似，不存在重组信号；（2）当参考序列的点图呈交叉时，说明可能存在重组信号。如下图所示，11株病毒菌株在整个基因组长度上表现出高度...

文章 项目管理软件的应用现状与发展趋势

...务界面操作复杂，技术难度大，用户体验差价格高昂，小中型企业难以承担售后服务没有保障虚假宣传，混淆视听集成性差，员工需使用不同的信息管理系统相互切换，影响效率 因前期管理软件质量的参差不齐，所以难以得到...

文章 heatmap_group_plot.r 分组热图展示免疫侵润结果

...明： 结果展示： 注意事项： 样本分组 metadata文件中，不要有NA值；不然会报错： Error in names(ann_colors[[opt$group[i]]]) <- unique(mygroup) :   'names' attribute [12] must be the same length as the vector [11]