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文章 进化树+基因表达热图二合一靓图绘制教程

...南芥WRKY基因家族的进化树,最外层是基因表达量热图,层是基因ID,里层为拟南芥基因之间的进化关系,不仅直观地展现了物种的进化发育系统,还把每个基因的表达量信息也展现出来,是不是很漂亮!今天我就教大家绘制上...

文章 ncbi基因组数据格式转换

...数据有所不同,所有的基因转录本CDS的ID都是重新起的,起来非常不方便,为此写了一perl脚本将其ID转换回来。 法如下: UsageForced parameter:-gff        genoma gff file           <infile> must be given-fa genoma fasta file ...

文章 企业如何选择适合自己的项目管理软件?

...信赖,那么它是如何高效的处理项目的呢?在 CORNERSTONE集成了很多方便实的功能,加之友好的使体验,下面具体来了解都有哪些独到之处! 一、简洁的项目任务分配与信息全面的甘特图         管理项目在CORNERST...

文章 blast比对结果说明

...m8格式(即参数是 -m 8,blast+是 -outfmt 6),但是结果文件是没有表头的,这里来写一下。 GRMZM2G356204_P01       Zm00008a018958_P01      98.23   620     0       1       121     740     31      639     0.0     1176GRMZM2G356204_P01       Z...

问题 GATK报错Caused by: java.io.IOException: Input/Output error

老师您好!我在使gatks生成gvcf文件时,报错,想麻烦老师帮忙看看是什么原因导致的呢?命令:/opt/biosoft/gatk-4.4.0.0/gatk HaplotypeCaller -R genome.fasta -I LSL1.MD.bam -ERC GVCF -O LSL1_test.g.vcf --pcr-indel-model CONSERVATIVE --sample-ploidy 2 --min-base-qual...

文章 linux fail2ban-server 服务 添加信任IP

.../etc/fail2ban/jail.local2. 添加或修改 ignoreip 配置在 [DEFAULT] 段添加 ignoreip,将你信任的 IP 地址加入:[DEFAULT] # 忽略本地网络和特定的可信 IP ignoreip = 127.0.0.1/8 192.168.1.0/24 10.0.0.5 203.0.113.10说明:127.0.0.1/8:本地回环地址段(默认通常...

文章 100+篇2019基因家族分析SCI(1-3月发表)文献免费领取(文末领取)

...3个月就已经发表了几百篇类似的文章了,小编整理了其100+篇成EXCEL,并逐一下载原文献压缩成包,供大家参阅;此EXCEL包含信息如下:文献题目、期刊名称、影响因子、第一作者姓名、通讯作者姓名、发表时间、全文下载链接...

文章 megacc构建进化树.mao文件生成方法

...比对之后的结果文件,可以是fasta格式 -o 是输出路径 其一个重要的文件 也就是参数.mao文件的获取比较困难,蛋白序列、DNA序列以及建树基于的模型不同,具体的参数变换比较多,而linux下无法直接形成该文件,可以先借助Wi...

问题 单细胞测序数据FindAllMaker查找不同Cluster的Marker基因时报错

...是我输入文件的问题还是?我从第一部开始就是按照视频的课程操作的?麻烦老师解答。谢谢老师

文章 计算lncRNA 与基因的表达相关性

...1] 100 5 从lncRNA 的表达数据来看,是5个lncRNA 在100个样本的表达量矩阵。 2. 获得 gene 的表达矩阵 > head(gene) gene 1 gene 2 gene 3 gene 4 sam1 7.66 7.19 7.30 6.98 sam2 1.34 0.29 1.77 1.61 sam3 0.00 0.00 0.00 0.00 sam4 0.14 0.41 ...

文章 6个转录组发了BMC genomics,人家是怎么写的?

...tic embryogenesis in Hevea brasiliensis”转录组文章,内容难易适,很有代表性,那就让我们一起看一看,6个转录组样本,每个重复3次,是如何发到BMC Genomics的吧! 实验设计 本文实验材料是橡胶树,一种重要的经济林木,研究关注...

文章 聚合酶链式反应(PCR)

...根据碱基互补配对原则复制成同样的两分子挎贝。在实验发现,DNA在高温时也可以发生变性解链,当温度降低后又可以复性成为双链。因此,通过温度变化控制 DNA的变性和复性,并设计引物做启动子,加入DNA聚合酶、dNTP就可...

文章 木薯NBS基因家族分析文献下载

...因家族分析原文献下载:木薯基因家族文章.pdf 日常科研你我经会常遇到看不懂的图表,不会挖掘的数据,没有思路的文章,沟通不畅的个性化分析,求人不如求己,一切痛点都能解决: 1. 单细胞/空间转录组正在大火,高分...

文章 重测序遗传图无验证刊发在《GIGA SCIENCE》上

...:父本Zhanggu,母本A2,构建了重组自交系F10(RILs)取其184株进行重测序 3. 测序深度:共得到140Gb clean data,平均每个样品约2× 4. 观测性状:旗叶长度/宽度、叶片颜色、刺毛颜色、花药颜色、株高、穗位高、抽穗期、穗硬度...

文章 蛋白互作网络分析可视化文件修改升级 支持 PDF导出

使NotePad++等文本编辑器打开html文件,文件要修改4处地方。(注意以下截图左边为源文件,右边为修改后) 1.在原文件第十一行添加两行代码。如下图所示,将右边文件的两行代码复制,粘贴到左边文件第十,十一行之间...