...ile导入 import Annotations 4、完成导入后，在左侧 Tip Labels栏中将怎加一列信息，例如此处的NewName（即前期文件中对应新ID列的内容） 5、将Tip Labels 显示（Display)选择成你设定的新ID，例如此处选NewName，进化树上叶处的ID将发生改变...
Blast比对软件大概是是短序列局部比对软件中最常用的一个了，但是其参数众多，一些参数一直没好好仔细研究过，如下： #### 增加blast比对结果信息 blast的-outfmt参数，使blastp -help即可查看每个输出格式的信息，如下所示： ***...
...式物种，使用R 语言获得的org.Oar.eg.db如何才能加载到脚本中，或者说这个文件应该存放在什么地方？
...物依次分为：界、门、纲、目、科、属、种7个等级。其中，种是生物分类的基本单位。 需求：某一植物物种（感兴趣物种，以下简称物种“A”）未测序，并且该物种所属“科”（石蒜科）中也没有测序的物种，只有部分同一...
...d 问题： 是不是缺少BiocManager这个包？是镜像ampliseq-q2中缺乏呢，还是系统本身缺少，该如何解决，谢谢！
...该分析确定了12个不同的模块（标记为不同的颜色），其中主要树枝定义了模块 WGCNA用于构建基因网络，其中每个节点代表一个基因，并且基因之间的连接线表示共表达相关性。Hub基因是显示网络中大部分连接的基因。 ...
...便默认的进行翻译，这里的biopython可以根据我们的需要使用不同的密码子进行蛋白翻译，密码子见： 1.普通的密码子翻译，rna翻译成蛋白质 >>> from Bio.Seq import Seq >>> from Bio.Alphabet import IUPAC >>> messenger_rna = Seq(...
...ew.sh ParaFly -c view.sh -CPU 5 该步一直运行不出结果，demo中01.PrepareData的bin.visualize.1-12文件夹为空，部分错误代码如下： IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'pop.bin.12' warning, cmd: snpbinner visualize --out bin.visualize.12 --crosspoints pop.cro...
...： #修改seurat对象的Idents，并添加细胞类型信息到metadata中，并增加mycelltype列 Rscript $scripts/seurat_add_celltype.r -i ../03.seurat_cluster/suture.rds \ -c celltype.tsv -p suture.added.celltype -n mycelltype > obj=readRDS("~/single-cell/1_suture_stem_cell_analysis...
...， 其他代表序列的行的长度，包括换行符，在windows系统中换行符为\r\n，要在序列长度的基础上加2。 2 提取序列 除建立索引外，还可以利用samtools方便的提取序列，例如： samtools faidx input.fa chr2 > chr2.fa，会得到含chr2这条序...
...download页面下载： 勾选自己想要的数据，最后到购物车中下载即可： 查找相似功能或结构域的基因序列，并批量下载： 以拟南芥基因组为例，查找Nucleotide binding site,NBS结构域相关的基因，并批量下载其CDS等序列，以便...
在装docker的过程中如有以下报错 解决方法：新建containers.cmd，编辑内容如下，以管理员身份运行，执行完后按照提示重启电脑 pushd "%~dp0"dir /b %SystemRoot%\servicing\Packages\*containers*.mum >containers.txtfor /f %%i in ('findstr /i . con...
程序运行中无报错，但是输出的figtree里面分化时间是NAN。如下：UTREE 1 = (((Spermwhale: -nan, (Cow: -nan, Sheep: -nan)。我用seq模式和近似自然法都是同样的情况，我的序列是cds序列，我输入的树文件是：(((A,(C,S)'U(0.15)')'B(0.47,0.58)',((((B,LA),B...