文章 给一个fastq ID列表，输出指定ID对应的双端fastq文件：

...less(@ARGV==5);use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;open my $FQ1 ,"zcat $ARGV[1] |" or die "$!";open my $FQ2 ,"zcat $ARGV[2]|" or die "$!";my$fq1=Bio::SeqIO->new(-fh=>$FQ1,-format=>'fastq');my$fq2=Bio::SeqIO->new(-fh=>$FQ2,-format=>'fastq');open my $GZ1 ,"| gzip >$ARGV[3]" or die $!;open...

文章 R| set.seed()作用使随机结果具有复现性

...ckoverflow.com/questions/23511853/set-seed-function-what-is-the-best-value-for-setting-a-seed 种子的唯一真正好处是使随机结果具有复现性。至于seed数值的设置一般来说没有偏好。它们只是为伪随机生成器提供一个具体的种子，而不是在系统中使用...

问题 请问大佬，做转录组分析时，fpkm_and_plot.R分析数据时，出现错误Error: Aesthetics must be either length 1 or the same as the data (100276): x，这个怎么解决呀？

问题 Gemma做GWAS的时候，用Gemma自带的文件运行时， mv ./output/kin.sXX.txt . 这步出错了，提示mv: cannot stat ‘./output/kin.sXX.txt’: No such file or directory

问题 Gemma做GWAS的时候，用Gemma自带的文件运行时， mv ./output/kin.sXX.txt . 这步出错了，提示mv: cannot stat ‘./output/kin.sXX.txt’: No such file or directory

文章 bioperl 直接读取输出gz压缩格式的fasta序列

...o::Seq;use Data::Dumper;use PerlIO::gzip;open $FI, "<:gzip", "$ARGV[1]" or die "$!";open $FO, ">:gzip", "$ARGV[2]" or die "$!";$in  = Bio::SeqIO->new(-fh => $FI ,                               -format => 'Fasta');$out = Bio::SeqIO->new(-fh => $FO ,         ...

文章 基因组注释流程，PASA mysql 数据库启动 exited

...994b23f23 2023-03-21 09:38:40+00:00 [Note] [Entrypoint]: Entrypoint script for MySQL Server 5.7.41-1.el7 started.2023-03-21 09:38:40+00:00 [ERROR] [Entrypoint]: mysqld failed while attempting to check configcommand was: mysqld --verbose --help --log-bin-index=/tmp/tmp.ogWM7TzzGmmysqld: Can't read di...

问题 各位老师好，在做mcscanx共线性分析的时候，提取pep.fa的时候，pep.fa应该是输出文件，结果报错Could not read file 'pep.fa': No such file or directory

脚本内容如下 报错信息如下 如果创建了pep.fa的空白文件的话程序可以正常运行，但是文件没有输出结果。 希望各位老师能够答疑，小弟感激不尽！

文章 IF=8.78|非肿瘤数据挖掘思路（GWAS Catalog）

...ational Human Genome Research Institute (NHGRI) 和欧洲的 European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) 为了便于研究者快速高效地获取当前的GWAS结果，共同开发和制作的NHGRI GWAS Catalog公共资源。https://www.ebi.ac.uk/gwas/homeAs of 2021-10-06, the GWAS Catalog contain...

问题 LDdecay

...PopLDdecay -InVCF ../00.filter/all.varFilter.vcf.gz -SubPop popid.txt -MaxDist 500 -OutStat ld.stat 老师，用上面这个命令，但是跑出来是0，用的是自己的数据，前一步都还正常，不知道popid.txt如何设置，这里是按照示例文件，放了所有样品的集合，...

文章 corrplot包绘制相关性图，简单又好看！

...devtools") # 判断R包加载是否成功来决定是否安装后再加载 for(p in package_list){ if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))){ install.packages(p, warn.conflicts = FALSE) suppressWarnings(suppressMessa...

文章 去除fasta或fastq文件中ID重复的序列

...去重复。这有一脚本可 实现此功能。 脚本帮助： UsageForced parameter:-fa        fasta file           <infile>-fq fastq file   <infile>-fq1 fastq read1 file  <infile>-fq2 fastq read2 file  <infile>-f input file t...

问题 我在进行比对的时候就无论怎样都报错Warning: [Errno 2] No such file or directory: '/home/chn/文' (ERR): Read file '/home/chn/文' doesn't exist Exiting now ...求大佬解惑

问题 No such file or directory at script/get_fa_by_id.pl line 23.老师，请问这个脚本的问题有什么办法解决。前几个脚本都没问题。我把脚本换了个文件还是不行。

文章 批量邮件推送python代码模板，可支持html邮件格式

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