问题 GWAS分析发现的问题如下：第一，过滤水稻vcf的RawData时（群体有176份），我选择的minGQ值为20（同时要移除InDel），结果得出过滤出来的SNPs数量不足1000，但是我查过一些资料，GQ值如果群体数量较少值不得小于20。请问遇到这种情况如何处理，可否将最小GQ按照课程的脚本设置为0呢。 第二，你们的GWAS课程提供的计算BLUP的脚本是否在不同物种之间通用 第三，做GWAS时，基因型填充对后续的分析有什么意义。 第四，你们GWAS课程有没有计算遗传力相关的脚本。

文章 IF=13.80 | 岗巴羊胃肠道微生物群落动态变化及其在植物生物量降解中的功能分析

...生长性能及肠道微生物群落的影响。通过宏基因组和qPCR分析，发现不同饲养策略显著改变了微生物群落的多样性和组成。同时评估了与植物多糖降解相关的酶基因” 01 — 研究背景 高海拔地区环境极端，岗巴羊作为高原本...

文章 多款软件进行vcf合并--gatk、vcftools、bcftools

vcf文件储存的是样本的变异信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式进行分析，最终会获得单个样本的变异数据。这种文件很难对同组不同样本进行差异SNP分析，此处就需要对文件进行合并。vcf文件的合并...

文章 R安装报错：configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available

...line 库已经安装，则会显示与 readline 相关的软件包名称和版本号。如果 readline 库没有安装，可以使用以下命令安装：$ sudo yum install readline-devel如果您使用的是基于 Debian 的 Linux 发行版，可以使用以下命令安装：$ sudo apt-get install...

问题 在做WGCNA分析时，基因表达数据文件的基因的ID在最后一列，由于数据量很大，改动可能造成数据混乱，所以想请问一下，代码需要做怎么的改动让他识别左后一行才是名称呢？

问题 老师，您好，我想问一下，公开的RNA-seq数据还有基因组重测序的数据，上传到NCBI的都是原始数据么？如果我对某些感兴趣可以自己学着分析么？有课程么？

问题 老师，我在进行基因上游顺势作用原件分析的时候，在得到feature文件的时候是根据第一张图片的命令改的，改的命令在第二张图，但是我没有得到feature文件，这是为什么啊？

问题 run_pipeline.pl -Xmx30G -importGuess all.clean.vcf.gz -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter 做iqtree分析的时候，转换文件格式报错

问题 老师，提取出来的结构域是下图那样，这条命令应该怎么改：#选择第一个结构域进行后续分析 sed -i "s/_.*$/_${ind}/g" ${ind}.UGT_domain1_final.fa

问题 我按照视频里的方法用deblur的方法进行分析，输入了51个样本，但是最后就剩下了35个样本，如图所示，请问是那一步出现错误了，是 数据有问题还是写的参数有问题

问题 我按照视频里的方法用deblur的方法进行分析，输入了51个样本，但是最后就剩下了35个样本，如图所示，请问是那一步出现错误了，是 数据有问题还是写的参数有问题

问题 新手小白，刚开始学习docker，想问一下，做泛基因家族分析最开始，怎么将老师服务器中使用的加载环境变量用到的env.sh（还有老师课程中一些其他必须要用到脚本）粘贴到docker中呢

问题 老师 我咱做比较基因组分析的时候，遇到下面的问题，我用其它的数据做没有出现这个问题，麻烦老师帮我看一下，我用free -h看内存还有很大呀，应该不是这个内存的问题吧，谢谢

文章 vcf文件annovar的注释结果绘制瀑布图maftools分析

1.vcf文件annovar注释: table_annovar.pl  154.raw.somatic.vcf.gz   humandb/hg38/ -buildver hg38 -out  154 -remove -protocol \ refGene,cosmic70,nci60,esp6500siv2_all,clinvar_20210501,1000g2015aug_all,1000g2015aug_eas,1000g2015aug_sas,avsnp150,gwasCatalog,ljb26_all,cytoBand,dgvMerged,phastConsE...

文章 R markdown 常用设置

...R的大于号提示符开始， 用选项prompt=TRUE。 如果希望结果不用井号保护， 使用选项comment=''。 3.tidy=TRUE可以自动重新排列代码段， 使得代码段格式更符合规范. 4.collapse=TRUE:一个代码块的代码、输出通常被分解为多个原样文本块中...