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文章 GEO数据库dataset和profiles区别

...GSE编号一般为作者提交时生成的原始数据编号,后续NCBI的工作人员会根据研究目的、样品类型等信息归纳整合为一个GDS(Datasets),整理后的数据还会有GEO profile数据,也就是基因在这次实验的表达数据。GDS里面的数据往往对...

文章 iTOL修改进化树的标签基因ID名称

...标签,之间以Tab键分隔。准备好数据后就可以加到进化树了。 刘改后进化树如下: 修改之后可以导出nwk格式: 然后又可以到evolview编辑:https://www.omicsclass.com/article/671 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,...

文章 如何批量分析蛋白序列domain-SMART数据库

...下面具体介绍下通过Uniprot/Ensembl ID 或者序列在SMART数据库单序列/批量序列检索操作方法。 单序列domian搜索 直接通过网站链接进入主页(如下图),输入需要鉴定的序列ID,包括Uniprot/Ensembl ID等(下图1处),或者直接输入序...

问题 Linux安装anaconda后,加载镜像包,提示失败

...,Linux输入清华大学镜像包,总是失败,代码如下, linux运行后的代码,提示错误找不到文件: manager@bl8vbox[manager] channels:                                    [11:50AM] zsh: command not found: channels: manager@bl8vbox[manager]   - defa...

文章 高品质抗体推荐:乳腺癌研究的最新抗体有哪些?

...数据触目惊心。 据报道,全球每100个新确诊的乳癌病例,有12个来自国,新发病率增长速度是世界平均水平的2倍,平均发病年龄比西方国家早10-15年。 5年生存率提高,但还未完全攻克 不过随着医学的进步,尤其是Ⅰ、...

文章 细胞焦亡、铁死亡及铜死亡等基因集

...亡及铜死亡浅析细胞死亡在维持多细胞生物的稳态和发育起关键作,迄今为止,可分为两类:意外性细胞死亡(Accidental cell death,ACD)和程序性细胞死亡(Programmed cell death,PCD)。ACD是由暴露于严重的物理、化学或机械损伤...

文章 ensembl和NCBI基因组下载,基因序列下载查看

...因组及参考基因组得注释信息。 查找参考基因组得常数据库 1.Ensembl         是由 European Bioinformatics Institute(EBI)与Wellcome Trust Sanger Institute(WTSI)共同合作开发的数据库项目。涵盖大量物种的参考基因组信息,并...

文章 muscle软件介绍

...   12 MB(-1%)  Iter   1  100.00%  Root alignment 4、生物信息的利目前muscle 主要来在基因组进化部分,因为构建进化树和计算选择压力,都需要将序列对齐,muscle小而快,毋庸置疑是最好的选择。 此外,我们在网易云课...

文章 组学生物招贤纳士!

北京组学生物科技有限公司于2016年3月2日在北京新心(通州)创立(2017年3月因扩大规模,迁址北京经济技术开发区(亦庄));公司致力于提供精准快捷的实验外包和科学严谨的生物信息分析服务,目前公司提供的服务包括...

文章 绘制Upset 图

... 1 1 第一列为基因ID,后面每一列是不同的集合,集合有此基因为1,没有便为0。 下载需要的包: # 1.安装CRAN来源常包#设置镜像,local({r <- getOption("repos")r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"options(repos=r)})# 依...

文章 生命大数据

...t Manager   Roche   12 代闻   AWS国解决方案架构师主管 亚马逊AWS   13 徐明强   全渠道事业部首席技术官   微软   14 宋卓   CTO/联合创始人   ...

问题 Error in seq.default(grps[start] + 1, grps[start + 1] - 1) : 'from' must be of length 1此外: Warning messages: 1: In file(con, "r") : InternetOpenUrl失败:’不能连接到吊销服务器,或者未能获得最终响应。' 2: In readLines(...) : 读'http://bioconductor.org/config.yaml'时最后一行未遂

在rstudio运行 BiocManager::install("TCGAbiolinks"),迟迟无法下载数据,并显示上方错误,请问怎么解决

文章 第11期《基因家族分析实操培训班》邀您参加!

... 线下培训结合QQ群及论坛答疑,即时解决学习、分析过程遇到的问题。 培训费: 11月17日之前报名:3500元/人;11月17日后报名:3800元/人;可开发票;午免费午餐,住宿自理,其他问题可加微信“18510686562”咨询(手机同...

文章 如何R语言绘制进化树+热图

系统进化树:也叫作聚类树或者进化树,是生物信息学描述不同生物之间的相关关系的方法。 作:通过绘制进化树分析可以了解所有生物的进化历史过程系统发育树的主要构成、找出不同物种间的进化关系、理解祖先序列...

文章 MUSCLE软件介绍

...    12 MB(-1%)  Iter   1  100.00%  Root alignment 4、生物信息的利 目前muscle 主要来在基因组进化部分,因为构建进化树和计算选择压力,都需要将序列对齐,muscle小而快,毋庸置疑是最好的选择。 参考资料 【1】常生...