文章 生信分析-小提琴图绘制-脚本使用

...度，这种图表结合了箱线图和密度图的特征，常用于生信分析中。 例如：2021年发表在Briefings in Bioinformatics上的一篇影响因子为11.62的文献为例，该文献中大量运用了小提琴图来展示多组数据的分布状态、概率密度以及它们之间...

文章 组学生物招贤纳士！

...司致力于提供精准快捷的实验外包和科学严谨的生物信息分析服务，目前公司提供的服务包括两类：一是基于高通量测序技术（二代、三代测序）的基因组测序、分子标记开发、功能基因定位、疾病位点检测、个性化医疗以及分...

问题 在基因家族分析的时候对GFF文件中mRNA与gene ID对应关系的脚本进行运行时出现如下无效的问题，请问怎么解决

运行命令perl script/mRNAid_to_geneid.pl data/Brapa_genome_v3.0_genes.gff3 BrapamRNA2geneID.txt perl script/geneid2mRNAid.pl data/Brapa_genome_v3.0_genes.gff3 Brapageneid2mRNAid.txt； 该两条脚本在对其它基因组进行运行时没有问题 但是在运行该GFF文件时出现了如下...

文章 单细胞分析绘制marker基因展示图时如何设置细胞排布顺序

默认情况下，ggplot绘图细胞排序按照字符顺序排序，这里的mono细胞我想放在一起，该怎么做呢？ 下面给出示例代码： #气泡热图marker <- c("IL7R", "CCR7", "CD14", "LYZ", "S100A4",     "MS4A1" ,"CD8A", "FCGR3A", "MS4A7" ,    "GNLY", "NKG7...

文章 拟南芥叶单细胞分析流程

...iv.org/content/10.1101/2022.10.07.511353v2.full 单细胞转录组数据分析实操 点击学习：https://bdtcd.xetlk.com/s/4i88K6

文章 层次聚类方法详解

聚类算法综述 聚类分析（clustering analysis）是将一组对象根据其特征分成不同的 cluster，使得同一 cluster 内的对象在某种意义上比不同的 cluster 之间的对象更为相似。 由于 “cluster” 没有一个明确的定义，因而会有基于不同...

问题 基因家族分析课程里面，视频中虚拟机里面的共享文件夹share1文件夹里面，有script文件夹和kaks的文件夹，请问下老师这个script和kaks是在哪下载的

问题 请问利用转录组数据做基因家族基因的表达量分析时，能否跳过去接头而直接比对最后也可以获得基因的表达量。另外我的hisat2命令为什么出现没有文件，是命令有什么错误吗？

问题 我在做基因结构分析时，运行完脚本后只出现了mRNA的信息，没有外显子和CDS的信息，请问是为什么？下面的图是我的gff文件和运行脚本后的文件

问题 老师您好，我想请问一下用TBtools提取的gff文件做基因结构分析时某个基因显示有13个外显子，但是将这个基因序列提交到NCBI时却显示有12个外显子。请问这是什么情况啊

问题 老师，您好，我是在做有参转录组分析。在对基因组构建HISAT index时，所产生的splicesites.tsv，exons.tsv文件大小为0，但是并没有报错，请问这是什么原因呀，命令如下

问题 做选择清楚分析的时候，pi_manhattan_plot.r -i FS_C.windowed.pi -F $FAI -f 19226500 -n pi.wild，出现这样的报错，输出文件也没有数值

问题 老师，我做PAV分析时，“提取物种间泛基因编号相同的基因为同一基因”，这一步时产生的“maize.PHYgene.pan-genes.list”，只有几个基因，其他文件都正常，这是怎么回事

文章 不同物种基因组之间的比对与可视化

...的序列（参考序列）进行比较，寻找相似的区域。4.结果分析： 分析比对结果，识别共同的序列、结构变化、演化关系等信息。这可能需要使用一些工具和软件来解释和可视化比对结果，例如使用基因组浏览器（如UCSC Genome Brows...

文章 生物专业很惨？这位生物学家被诺奖提名155次，从未获奖!

...？ 虽然诺贝尔奖每年都会颁发生理学或医学奖， 但是不可否认的是，在我国，大名鼎鼎的文学家、化学家，物理学家或许你能说出一二， 但是，生物学家似乎很少耳闻。 虽然屠呦呦获得了2015年的诺贝尔生理学或医学奖，...