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问题 在无参转录组中，如果之前有人鉴定过某一物种的转录组并为相关基因命名了，后人要沿用吗

在研究中，研究对象没有基因组信息，前人已经有人做过它的转录组并为相关基因命名了，但他没有上传序列数据到NCBI，我和他转录做的部位不同，我需要沿用他命好名的基因吗？如果需要，要怎么办啊？

文章 eQTpLot包的安装

...之间的共定位GWAS 与 eQTL p 值之间的相关性性状显著变异中 eQTL 的富集所研究基因座的 LD 状态eQTL 信号效应方向与共定位 GWAS 峰效应方向之间的关系 需要提前安装一些依赖项： "biomaRt", "dplyr", "GenomicRanges", "ggnewscale", "ggplot2", "ggpl...

文章 R语言基础入门—判断语句

...如果条件为假则执行其他语句。 下面是大多数编程语言中典型的判断结构的一般形式： R 语言提供了以下类型的判断语句：     if 语句     if...else 语句     switch 语句 if语句 一个 if 语句由一个布尔表达式后跟一个或多...

文章 blastn使用方法及结果详解

一、blastn使用 1. 建库 makeblastdb -in xxx.fa -dbtype nucl 2. 进行序列比对 blastn -query yyy.fa -db xxx.fa -out out.txt -evalue 1e-5 -outfmt 6 -db: 指定blast搜索用的数据库，同建库步骤的序列 -query:用来查询的输入序列，fasta格式 -out：输出结果...

问题 两个不同的基因家族可以分析蛋白互作吗？做些什么分析能把两个基因家族联系起来呢？

...可行吗，有视频教程可以购买吗？ 3、想看看在某一组织中各基因的表达情况，看了些帖子说从GCD网下载RNA表达数据，或者从NCBI下载GEO芯片，请问有具体的视频操作吗？ 希望大家帮帮生信小白，给点建议，感激不尽

问题 老师好 请问基于Fst和Pi的选择清除 如何看哪些受选择区域是属于哪个群体的呢

...种群，也没有对照组和实验组之分。我就感觉怎么和文章中的不一样呢，请教一下老师，不知道哪一种看法对。

文章 Graphpad Prism 绘制的直方图美化

...示图标，会弹出图形设置界面。 1.Data set 选择直方图中的柱子。 2.Bars and boxes 可以对柱子的填充色，网格，网格颜色，边框粗细，边框颜色进行设置。 3.Error bars 可以对误差线颜色，形状，粗细，显示等进行设置。 ...

文章 定量蛋白质组分析的R软件包proteus

...proteusSILAC") 2. 支持的数据定量方法  目前该R包只支持3中类型的定量方法，分别是：Label Free, TMT和SILAC. 还不支持itraq  标记的定量。 3. 使用方法 使用方法，可以参考该软件包的使用说明文档。以查看TMT相关的分析文档方式...

文章 修改Docker本地镜像与容器的存储位置的方法

Linux中修改Docker本地镜像与容器的存储位置的方法 方法一、软链接 默认情况下Docker的存放位置为：/var/lib/docker 可以通过下面命令查看具体位置： [root@omisclass ~]# docker info | grep "Docker Root Dir" WARNING: You're not using the default sec...

问题 在Rstudio安装WGCNA数据包时有程辑包不能获得，直接输入了> install.packages("WGCNA")代码下载的。文中有图

根据WGCNA课程中给的script进行操作的。上面两张图分别显示了run了> install.packages("WGCNA")和# Load the WGCNA package library(WGCNA)之后的代码。 请求帮助，非常感谢！

问题 老师，分析基因的在染色体上的外显子，内含子，UTR位置信息时，

...么作用，第二个脚本运行完，生成的 gene_exon_info.gff信息中为什么没有CDs的信息？

文章 tassel 软件做GWAS关联分析多年多点表型数据整理格式

... Example 2, Traits data collected in multiple environments: 参考文献中示例数据：https://www.nature.com/articles/ng.3807#Sec32https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fng.3807/MediaObjects/41588_2017_BFng3807_MOESM68_ESM.xlsx

文章 Perl 变量命名规则

...，$a,$b $_ 等等 2.perl中的变量名严格区分大小写 3.建议使用大字母，小写字母，数字，下划线组合命名变量名。其他特殊字符。 变量命名示例 变量名采用 形容词_名词 的格式命名，多个单词之间用下划线分隔，比如 $next_reco...

文章 TCGA-ceRNA网络构建

...RNA结合，所以他们之间存在一定的相互作用。 目前在TCGA中研究比较多的是lncRNA, 编码蛋白的基因以及miRNA 三者之间的ceRNA调控网络。 构建ceRNA 网络，需要进行两类分析： 1. 差异表达分析： 分别对lncRNA, 编码蛋白的基因，miRNA ...

文章 TCGA 数据进行lncRNA, Gene 的WGCNA 联合分析

        我们在《TCGA-基因差异表达分析》课程中讲解了对lncRNA, Gene和miRNA 分别进行差异表达分析。一般会得到非常多的显著性差异表达的分子（lncRNA, Gene, miRNA）, 差异表达分子太多，还是无从下手，需要从中再进一步的筛选...