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文章 perl计算计算以2为底的对数

在perl语言只提供了以e为底的函数log,而要计算以2为底这样的是没有相关函数的,那怎样计算呢?其实很简单,使公式转换下就好啦。 如下: sub log2 { my $n = shift; return log($n)/log(2);} 此外,我们在网易云课堂上有各...

文章 【深圳敏捷狂欢大会】腾讯P4/华为高级产品管理专家敏捷开发实战分享

...将携手思否分享这场必修课。如果你想要在敏捷开发角逐获得头筹就赶快报名参与吧! 活动主题:【深圳敏捷狂欢大会】腾讯P4/华为高级产品管理专家敏捷开发实战分享 嘉宾:腾讯391号员工,原腾讯P11项目专家 薛军 原华...

文章 如何绘制一份韦恩图

...分天下,相互牵制。 4维韦恩图:四海之内皆兄弟,你有我,我有你。 5维韦恩图:太复杂,不能再增加了,大脑已经处理不过来了。 维度越高,图形越来越复杂,是不是感觉识图都有点吃力了,其实维恩图还可以绘...

问题 WGCNA-MAD

...有碰到一个问题,形成一个大矩阵。。。。700+MB然后,我datE <- as.data.fram(datExpr)dim(datE)[1] 18992  5000我发现基因还是那么多个,和最开始的没有什么区别,唯一的区别只有GSM的序号变了位置。。没了啊。。不应该出来前5000吗真...

问题 repeat.summary.txt 文件为什么有的总类别有数据,如DNA,有的总类没有数据,如LINE,

在repeat.summary.txt,DNA,LTR,RC等它们是一个总类吗,为什么有的总类后面会有结果,为什么有的总类后面没有结果,DNA那一行该怎么理解呢,它的class是什么呢

问题 circos-基因组圈图绘制后,发现位置很近的基因没办法在图上都显示出来,

...来一个基因,其他两个基因就是没办法,修改了config文件padding=-5r。还是重叠的。

文章 ggplot2图例位置legend.position调整

ggplot2绘图过程种,控制图例在图的位置利theme(legend.position)参数 该参数对应的设置如下: legend.positionthe position of legends ("none", "left", "right", "bottom", "top", or two-element numeric vector) 其none 表示隐藏图例,可参考 https://www.o...

文章 ftp链接登陆下载文件

...夹 参考资料: Linux访问远程FTP服务器并下载文件_linuxshell脚本连接ftp-CSDN博客 Linux必备下载命令之wget详解 - 知乎 (zhihu.com)

文章 GEO数据与WGCNA--挖掘胶质瘤共表达网络的关键模块与通路

...模块与性状之间的关系。 这种分析方法在生物研究领域被广泛使,以期对实验做出具有生物学意义的解释,从而继续挖掘更深层次的生物学机制。这里给大家介绍一篇WGCNA相关文献,学习如何进行此类数据挖掘和分析。 数...

文章 bam文件转换fastq

....bam -fq unmapped.fastq 结果如下 如果需要区分出bam文件paired reads 可以: bamToFastq -i unmapped.bam -fq unmappedRead1.fastq -fq2 unmappedRead2.fastq

问题 分别FarmCPU和BLINK做GWAS,从Q-Q图看BLINK模型更优,但是FarmCPU曼哈顿图有峰

Q-Q图.pdf这两种模型该如何选择?BLINK的结果文件有经过FDR检验显著的位点,FarmCPU没有。

问题 如何将unigene的所有基因和我的目的基因进行blast比对,有专门的软件吗,谢谢。

...了一个网友的问题, 请问如何从无参转录组的fasta数据,找到一些拟南芥的同源序列,比如拟南芥的LHY基因,在fasta数据能找到吗? 您建议拿目的基因和无参转录组组装得到的unigene进行blast,比对率高的可能就是同源基因...

文章 按物种拆分blast本地库

...方法,我们也有两种方法进行提取。 1. 从构建好的nr库提取2.从nr.fa文件提取 # 方法一 blastdbcmd -db nr -entry_batch Viruses_nr.acc -out Viruses_nr.fa # 方法二 seqtk subseq nr.fa Viruses_nr.acc > Viruses_nr.fa 提取完后使makeblastdb构建对应的...

文章 微生物多样性分析之Bray curtis距离

...一样相比于jaccard距离Bray-Curtis则包含了OTUs丰度信息。其S_(A,i)和S_(B,i)表示第i个OTU分别在A群落和B群落的计数。min表示取两者最小值。 举例说明群落A和群落B的OTU统计如下表communityOTU1OTU2OTU3OTU4OTU5A108411B73840 min(S_(B,i)S_(B,i)) = 7+...

文章 组学大讲堂截图上传发图片时遇到:The content may not be greater than 65535 characters.

...是因为网站贴图片需要上传,你会发现有两个图片在页面,删除上面那个图片再提交,就不会有问题了如下 The content may not be greater than 65535 characters.