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文章 常见的OrgDB包,方便对应物种注释

... org.Hs.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Human3org.Mm.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Mouse5org.Rn.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotation for Rat14org.Dm.eg.dbBioconductor Package MaintainerGenome wide annotatio...

文章 seqkit序列处理神器的常用命令

...如要提取的序列ID。-R, --region string匹配位置选择。e.g 1:12 for first 12 bases, -12:-1 for last 12 bases-r, --use-regexp使用正则表达式,必须加入此参数,如^匹配首端。同-p联合使用。 举例: seqkit grep -s -r -i -p ^atg cds.fa#选取有起始密码子的...

问题 抱歉打扰,我在做circos时遇到了下面问题,看到了您也遇到相似问题,想知道您是如何解决的,期待您的回复。

...e parameters that define the image, including input files,   image size, formatting, etc.   If you do not use the -conf flag, Circos will attempt to look for a file   circos.conf in several reasonable places such as . etc/ ../etc   To see where Circos looks for the file, use       ...

文章 简单的数据处理代码

#!/usr/bin/env python3'''used for CountSummarizer, DataFetcher and TaxonomyAdderauhtor, Xunlast modified, 2023-07-07Mail, makise.kurisu.yoru@gmail.com'''import pandas as pdimport argparseclass CountSummarizer:    def __init__(self, args):        self.args = args    def norm_expr(self, probe_...

用户 for i in $

文章 去除文件中的空行

... tmp.txt a b c d e sed $ sed '/^$/d' tmp.txt grep $ grep . tmp.txt or $ grep -Ev "^$" tmp.txt or $ grep -v -e '^$' tmp.txt awk $ awk NF tmp.txt or $ awk '!/^$/' tmp.txt or $ awk '/./' tmp.txt tr $ cat tmp.txt | tr -s '\n' 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有...

问题 很久不用docker 后,再次打开docker时提示docker failed to initialize Docker Desktop is shutting down怎么办呢?删除 AppData\Roaming\Docker\settings.json也不能解决问题

问题 请问在运行利用exprs()获取表达矩阵 exprSet = exprs(gset)时,报错Error in (function (classes, fdef, mtable) : unable to find an inherited method for function ‘exprs’ for signature ‘"factor"’不知道什么原因?

请问在运行利用exprs()获取表达矩阵  exprSet = exprs(gset)时,报错Error in (function (classes, fdef, mtable)  :    unable to find an inherited method for function ‘exprs’ for signature ‘"factor"’不知道什么原因?

文章 hclust_analysis.r 转录组数据层次聚类分析

...ax.nc max.nc                        maximal number of clusters for nbclust, between 2 and                        (number of objects - 1), greater or equal to min.nc.                        By default [optional, default: 15]  -k bestk, --bestk bestk          ...

文章 reticulate 指定python版本

library(reticulate) use_python('/share/work/biosoft/python/Python3/bin/python3',required = T) #查看python路径 Sys.which("python") "D:\\ProgramData\\Anaconda21\\python.exe"

问题 clustalw2多序列比对,序列输入不进去

...******************************************     1. Sequence Input From Disc     2. Multiple Alignments     3. Profile / Structure Alignments     4. Phylogenetic trees     S. Execute a system command     H. HELP     X. EXIT (leave program)Your choice:我输入1, 回车,出...

文章 win10装docker desktop提示Installation failed: Containers Windows Feature is not available

...s.txtfor /f %%i in ('findstr /i . containers.txt 2^>nul') do dism /online /norestart /add-package:"%SystemRoot%\servicing\Packages\%%i"del containers.txtDism /online /enable-feature /featurename:Containers -All /LimitAccess /ALLpause 然后重新安装,即可解决。 ...

问题 我下载了vbox之后按照教程安装了biolinux,但是却卡在了共享文件夹的步骤,报错是/sbin/mount.vboxsf: mounting failed with the error: No such file or directory

问题 您好,我在用您的R语言Cibersort文件获取+代码这个代码运行时,出现以下情况,您知道怎么解决吗,非常感谢 Error in predict.svm(ret, xhold, decision.values = TRUE) : Model is empty!

万分希望您能回答以下

文章 Mfuzz做时间聚类分析

...过membership给予颜色 if (sum(tmpcol) > 0) { tmpind <- which(tmpcol) for (k in 1:length(tmpind)) { # if (missing(time.points)) { lines(tmp[tmpind[k], ], col = colo[jj]) # 划线数据为tmp,标准化后的表达量值。 # } # else...