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文章 泌尿感染(UTIs)宏基因组分析

泌尿感染(UTIs)的诊断十分复杂,在标准尿液培养检验,常遇到有症状患者的传统泌尿病原体或细菌缺乏,因此缺乏对健康尿液微生物组的定义,通过大规模宏基因组采样对UTIs患者和健康人群的泌尿系统微生物组进行全面调...

问题 老师好,在提取顺式作元件的promoter.fa这一步,只能提取部分基因的元件,应该如何解决呢?

在提取顺式作元件时,只能提取部分基因的,运行的报错如图:

问题 No file mirdeep_runs/ tmp/precursors.fa_stack found

老师 你好 我在mirdeep2也遇到了这个问题 在github详细看了问题 重新把基因组bowtie后 运行 依然出现了上述的问题 请问你有什么好的解决办法吗 谢谢

文章 grep --color=auto使法介绍

grep是一个常的文本搜索工具,于在文件查找文本字符串。grep--color=auto是grep的一个扩展选项,主要功能是匹配的特定字符串加上颜色以区分,并可以进行高亮显示。可以方便我们快速查找相应的文本字符串并进行区分,提...

文章 LTR_HARVEST的并行软件LTR_HARVEST_parallel

...评估的时候,LAI是连贯性完整性的指标之一。目前经常使的计算 LAI 的软件是 LTR_retriever,他并非是一个单一的工具,而是通过整合多个LTR预测软件的结果,过滤其的假阳性LTR-RT,得到高质量的LTR-RT库,因此需要配合LTRharvest,...

问题 您好!我目前在学习基因家族课程,想要对鉴定到的基因家族进行细分,重命名等

遇到的问题就是,目前我已经鉴定到了我想要的基因家族,然后我老师想让我对物种的基因家族进行细分,以确定那些是新鉴定出来的家族成员。求教下可以利那些网站得到两种蛋白之间blast的较为准确的。

文章 库文件位置问题

...这个问题只需要把这个库拿到一个公共目录,然后再代码export这个目录到LD_LIBRARY_PATH里就行

文章 Plant Communications | 浙大团队解析比克氏棉全基因组进化规律及其色素腺体和棉酚形成机制

...腺体和棉酚的形成机制。 棉花是重要的经济作物,棉籽含有丰富的油分及蛋白质。一般棉花具有色素腺体,其含有对棉花抗病虫害具有重要作的棉酚及其衍生物会限制棉籽的食和饲。而无色素腺体棉花的棉籽棉酚...

问题 预测基因家族成员的顺式作元件,提取启动子序列失败

根据基因家族分析课程的视频,运行perl脚本后,提取失败,第一行是输入的代码,第二行是运行后的提示。请老师解答,谢谢。 manager@bl8vbox[share1] perl script/get_gene_weizhi.pl -in1 gene_id.txt -in1 MedtrA17_4.0.41.gff3 -out gene_weizhi.txt usage:...

文章 说好了不哭 | 周杰伦是最懂青春的人,CORNERSTONE只想成为最懂你的人

...伦的新歌《说好不哭》,方文山作词,周杰伦作曲,歌曲还有周董、阿信的倾情合唱,依旧是熟悉的节奏和小清新的风格,年人的青春记忆,又回来了!     大家都说,周杰伦是“最懂青春的人”。因此,周杰伦本身就...

问题 Heatmapper在线网站绘制基因编号时不显示基因ID,只显示数字1,2,3...

...图右侧只显示数字1,2,3,不显示基因ID,但是Excel表格,已经按照第一行样本名称,第一列基因ID名的格式整理了,请问如何解决这个问题?

文章 一个助你快速阅读英文文献的小插件

...大家介绍了一款一键下载文献的小插件(Sci-hub button),过的朋友都说好。但是把文献下载下来不是最终目的,读懂才是硬道理。想读懂英文文献,如果没有深厚的英语功底,那么只能借助各种翻译工具。今天小编就给大家介...

文章 seqcluster软件安装

...测序数据的生物信息学工具。它主要于从深度测序数据识别和表征小RNA簇。SeqCluster 尤其适于发现新的microRNA和其他小RNA,以及分析已知的小RNA。 SeqCluster 的一些关键特性包括: 小RNA聚类: SeqCluster 使一种聚类方法来...

文章 GenomicsDBImport 的多样本变异检测

...可以向 database 里添加新的材料,以扩大群体数量,而不对旧的数据再从头操作一次。 Tips:GenomicsDBImport 会按 intervals 进行变异检测,即每计算一个 interval 都会将所有的 GVCF 文件打开和检索一次,当样本量很大或intervals 很多...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-BCC 基底细胞癌(GSE123813)

为方便学习我们单细胞课程的学员利我们提供的脚本快速的分析公共数据做数据挖掘,这里开始记录一下不同公共数据相关分析shell代码。大家有了我们的代码就可以照抄分析,提高分析数据效率,今天是第1个数据,后续还有...