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问题 Arabidopsis_thaliana.TAIR10.56.gff3.gz 课程资料发我的gff文件里面没有parent信息，影响基因家族分析吗？

问题 可以分析多个序列中两个序列的相似性吗？下图有多个序列，这么比对后，发现两个一样的序列都无法配对。如何比对多序列的两个序列。

问题 使用docker 镜像中的plink软件跑PCA Admixture 分析时都遇到以下类似报错 segmentation fault(core dumped) 请帮忙解答.

问题 老师您好！在一篇分析单个基因和免疫关系时TIMER，MCP-counter，EPIC和quanTIseq， ESTIMATE，ssGSEA这几个应该怎么用，可以选择哪几个组合吗？

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文章 肠道微生物诊断慢性肾病-随机森林分析文献复现 IF=15分文章

...照AUC值达到0.9887。下面来解释一下作者是如何设计实验和分析的：实验设计：作者在郑州和杭州两地收集健康和CKD患者的粪便样本，通过数据质控最终在郑州收集到273（健康HCs）和159（CKD患者）样本，在杭州收集57份CKD样本。作...

文章 甲基化数据中探针位置的分类

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问题 做有参转录组分析，在进行基因表达定量的时候，出现如下问题，请问老师这是什么原因呀

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问题 我手里有老师给的700＋水稻品种，这700＋品种重测序结果直接从水稻3K里down下来的，请问可以用来做遗传群体进化分析吗？

这700+品种只知道是来自于世界各国的

文章 从MEGA进化树分析结果nwk文件提取基因ID

之前多次遇到需要从nwk文件中提取基因ID的情况，为此写了一脚本，可以实现此操作。 用法： perl nwk_geneid.pl  -i in.nwk  -o out.txt in.nwk 为输入的nwk文件，out.txt是输出的基因ID文件。 脚本代码； use Getopt::Long;use strict;my %opts;GetOp...

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for i in Z102A; do > echo  "RUN CMD: bwa mem  $BWA_INDEX  $workdir/2.data_qc/${i}_1.clean.fq.gz \ >         $workdir/2.data_qc/${i}_2.clean.fq.gz -t 16 -M \ >         -R '@RG\tID:${i}\tLB:${i}\tPL:ILLUMINA\tSM:${i}' \ >         |samtools view -bS -h - > $workdir/...

问题 从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻泛基因分析出

1.按照水稻的文章在Rice Resource Center获取了33个水稻的基因组文件 2.使用cat ../id.txt|while read ind;do ；agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff ./${ind}.gff.gz -o ./${ind}.longest_isoform.gff获取longest_isoform.gff发生报错

问题 老师，您好！key driver analysis的参考文献如下。请您帮我查查该分析方法的R语言包在哪里下载？

Identification of Key Causal Regulators in Gene Networks . Bin Zhang and Jun Zhu .Proceedings of the World Congress on Engineering 2013 Vol II, .

问题 共线性分析之前提取的蛋白质序列为空。如何解决？

要通过allmRNAID.txt文件，从蛋白质序列文件中获取对应蛋白序列，使用命令perl ../script/get_fa_by_id.pl allmRNAID.txt ../Phaeodactylum_tricornutum.ASM15095v2.pep.all.fa pep.fa。结果所得文件内容为空。查看pep.all.fa文件，里面的蛋白质序列后缀是.p1，...