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问题 如何将提取domain的脚本修改为提取所有domain？

基因家族分析课程脚本中 #截取得到序列上的保守结构域序列，注意脚本提取的是第一个domain，如要提取其他domain，请修改脚本27行$a[9]==1为第一个，$a[9]==2为第二个，依次类推 请问如果想把脚本（script/domain_xulie.pl ）修改为提...

文章 解决Rstudio Server卡顿问题

...顿： 如果卡死，后台解决方法： 1. 在后台putty中删除session文件夹 rm -rf ~/.local/share/rstudio/sessions 或者session文件在另一个路径下 rm -rf ~/.rstudio/sessions 2. kill rsession ps -aux #找到session进程PID kill -9 2540169 3.    保持好...

问题 植物的MADS-box基因家族

...，我的基因组里为什么只有7个，而在plantTFDB（如下图）中拟南芥里这个MIKC——MADS都有76个，我看其他物种这个家族的基因也很多，为什么我晒出来的这么少呢？？？

文章 轻松搞定iTOL注释文件

...绘制进化树： 绘一棵超酷炫的系统发育树  和  进化树中如何体现分组。不会使用iTOL的同学可以去看一下这两篇文章，这能够让你很快的学会iTOL基本的使用方法。但是iTOL使用真正的难点在于注释文件的准备，基本都需要手动...

问题 请问root会影响环境变量吗？

...看下，我按照老师的要求把新装的python路径放到环境变量中，放在上一个版本之前。 source 后 which python显示路径已经更新，一切ok。 但是切换root后再次查看路径确显示之前老版本了。 即使再次切换成普通用户还是显示老版本 ...

问题 泛基因家族分析，Ka/Ks分析

老师，我之前按照课程做泛基因家族分析中Ka/Ks分析，得到了密度分布图上，只显示107个基因（除去832个私有基因外，还有118个基因），然后我查看all_kaks文件，有很多的NA值，另外，还有一些值非常大，比如GRAS41  2128.0700 GRAS9 ...

文章 ggplot2分面facet_grid调整坐标

...身要求的图 scales = “fixed” x和y的标度在所用平面中都相同，在不同分面中进行固定 scales = “free” x和y的标度在每个版面都可以变化 scales = “free_x 固定y轴，x轴自由变化 scales = “free_y” 固定X轴，y轴进行自由变化...

文章 使用 mygene.info 获取基因注释信息

特简介 在生物信息学研究中，获取准确和全面的基因注释信息是至关重要的。mygene.info是一个提供全面、准确和最新基因注释信息的在线服务。该服务由Scripps研究所提供，并以RESTful API的形式开放给公众。在本文中，我们将探...

文章 TCGA数据发表5分文章

...病机理非常的复杂，目前大量研究是从大规模的病例数据中找一些跟治疗，生存预后相关的biomarker。我们曾介绍了一个癌症相关的数据库TCGA，其中含有33多种癌症，11000多个病例，包含多组学数据和临床数据。今天就跟大家介绍...

问题 如何用荧光定量数据绘制热图？

这是看到的一篇文献中Fig. 6. Expression profiles of PtSAUR genes in different tissues as determined by qRT-PCR. There were three biological and three technicalreplicates performed for each sample. The relative expression levelswere evaluated by 2-ΔΔCT. GraphPad software was used for the ...

问题 如何在linux服务器上安装paircoil2

...解压后， 如图所示，怎么安装运行paircoil2？ 我看README中说是如下这样安装 请问这是什么意思，怎么安装呢，怎么放到家目录下之类的？ 新补充细节：直接运行结果如下，说是没有配置文件，怎么办

文章 R 相关性系数计算 cor() 报错

...，发现矩阵结果为： 原因是用cor()计算相关性时，矩阵中存在NA，cor()计算前增加na.omit() 即可，修改为： d<-round(cor(na.omit(fpkm)),4)

问题 fastqc以及FastX-toolkit 的使用

...到result.zip的压缩包里吗 使用FastX-toolkit 对sequence.fq文件中的Barcode进行去除，并将输出结果保存为sequence1.fq下面的命令对吗 fastx_toolkit/fastx_barcode_splitter.pl˽--bcfile˽sequence.fq˽--bol˽--mismatches˽1˽--prefix=home/student/sequence.fq˽--suffix ".f...

问题 TCGA的甲基化差异分析只分析配对样本，还是比较所有正常样本和肿瘤样本？

问一下为什么很多文献中TCGA的甲基化只分析配对样本，而不是比较所有正常样本和肿瘤样本？

文章 NCBI 下载病毒基因组的gff3

...gff3和gtf文件，此时如果我们想获得病毒的gff可以在send to中选择保存文件的格式： 通过这个方式保存的gff格式如下： 其中第三列feature并不符合许多软件识别的格式，可以自行进行修改。