问题 关于基因家族中的串联重复基因的删选、Ka/Ks的计算、串联重复基因Circose图的分析有相关的文献吗？

或者说更具体的相关理论解释哈。

问题 GEO基因差异分析中，数据提取后，进行组间筛选差异基因时，进行上调下调后，为什么没有上调下调基因，都是normal呢？

问题 在做无参考基因组的基因家族分析时，我能否用hmm方法用pfam号筛选全长转录组的di19家族成员

问题 老师，从GEO数据库下载的数据是标准化后的RNA-seq数据，能用哪个R包进行差异分析

问题 老师，您好，转录组分析时，比对完reads，进行sam文件转换为bam文件，不报错，只出现killed,如图中情况，老师帮忙解答一下！

问题 老师您好，go/kegg分析一般用多少相关基因呢，筛出正相关基因有7000多可以做吗，对准确度会不会有影响

问题 老师您好！我想做的物种只能找到fna文件和gbff文件（已经确认只能找到这两个文件），请问这种情况下如何做基因家族分析？

问题 你好老师，我是首次接触家族基因分析，数据从ncbi下载，想要转换一下格式，使用你的脚本，出现这个情况，该怎么办呀？

问题 老师您好，基因家族鉴定的时候，要求使用 GA 阈值重新运行 hmmsearch 分析保守结构域。请问这个GA阈值是什么啊，应该怎么操作呢

文章 组学大讲堂周年庆特大优惠---VIP最高返礼6800元！！

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问题 启动子分析，使用get_promoter.pl提取上游序列时发生如下报错（不能读取脚本第21行），请问该怎么修正啊？

从云盘直接下载下来，没有修改，报错，请问应该如何修正？

文章 如何看懂微生物多样性分析当中三元相图ternary

微生物多样性分析当中，三元相图Ternary图可以展示物种在不同分组当中的相对丰度的大小： 三元相图当中，不同的点代表不同的属，当然也可以是其他的分类水平，点的大小代表了该属在不同分组当中平均丰度，点的颜色代表...

文章 获取关系矩阵（WGCNA)

在进行WGCNA分析的过程（学习WGCNA）中需要基于表达矩阵转换关系矩阵，结合power值构建邻接矩阵，并由此构建TOM矩阵最终构建网络。在代码实现的过程中往往： 1、计算power值 2、基于power直接利用adjacency()由表达矩阵--邻接矩...

问题 treemix用例子，按照步骤操作，得出结果和老师的不同

...了一遍，并作出了图。 但是发现，我得出的结果和您的不同，热图和似然树都不一样，发生基因流的群体不一样，这是哪里出了问题，还是什么原因，是需要调整群体排序，还是需要设置外群吗？ 下面是我的结果和老师的结...

问题 我运行你在有道笔记中的GEO数据库分析遇到问题？

我发现 DEG_list_kegg是1487行，而map_ids是1468行。 这个是得出DEG_list_kegg的代码， degs一开始是1487行，去除没有entrezid的行后，为1468行 degs<-degs[!is.na(degs$entrezid),]   #去除没有entrezid的行    #将字符转换成数字，注意一个基因有...