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问题 k-means

老师，用R语言如何对转录组差异基因进行k-means聚类分析，出那种折线图。我在网上百度到的Tcseq包等都是时序的，我的数据是分样本不涉及时序，不知道该怎么做k-means分析的折线图，求助。

问题 请教TCGA差异表达分析分组问题

能咨询一下TCGA做差异表达分析的问题吗？课程视频是根据barcode分为肿瘤和正常两组，我想自己分组，按照II期肿瘤的预后分为死亡和生存两组，想问一下应该怎么分？

问题 提取CDS和蛋白序列出错

图1：我的基因组fasta序列；图2：longest_isoform.gff3文件；图三：运行报错；出来的CDS文件是空的。我是用的omicsclass/gene-family:v1.0。请问老师，这是情况该怎么解决呢?

问题 mega建树

...部分的基因序列。这样就不准确了么。那短一点的序列该怎么建树呢？

问题 转录组差异基因分析若干问题

...路？ 3.多组韦恩比对时，差异基因少或共有基因太少，怎么才能保证其富集通路的准确性？

问题 基因结构注释效果不理想

...000个左右，但是相关文章中已经有30000+的基因注释了，那怎么去提升注释的结果啦。

文章 NCBI批量下载数据,省时又省力

...下载所有黄精属中叶绿体上的PsaA基因的蛋白序列，输出格式为fasta。 -t：后面跟的是搜索条件，用双引号引起来。我们可以用布尔运算符和索引构建器更精确查找内容。先来介绍下布尔运算符，布尔运算符提供了一种生成精确...

问题 WGCNA官网处理大量基因的方法

表达矩阵有60000多个基因，在Network construction and module detection部分采用官网给的脚本，哪一步有moduleLabels？与课程给的代码怎么衔接上

问题 比较基因组共线性作图疑问

老师我在学习了咱们课程后可以做出两个物种的共线性图，但是我在看文献都是这种多个物种放在一起的图，我自己琢磨不明白是怎么做的，希望老师帮我解答

问题 基因家族鉴定

...的基因家族包括两个亚族，两个亚族下面有分为12组，我怎么确定我筛选的一百多个基因分别是哪个亚族哪个组呢？麻烦老师了！

问题 测序数据比对

...含了两个测序数据文件-1.fq和-2.fq(如图)，读取这一段循环怎么写比较好呢？

问题 R语言出现error

当R studio运行 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 出现Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open the connection In addition: Warning message: In file(filename, "r", encoding = encoding) : InternetOpenUrl failed: '操作超时'。 请问怎么解决？

问题 WGCNA分析基因的筛选

...表达基因就有一两万个，差异基因并集有2.5万个，需要再怎么筛选一下？ 样品是8组，24个样，可以用8组来分析吗，还是要用24个样分析？

问题 关于共享文件夹的问题

按照教程进行，共享文件夹创建成功了，但是把拟南芥的fa文件复制进去之后我在power shell里用ll指令没有找到拟南芥的fa文件，请问这是怎么回事？使用ls指令也是只有显示文件夹不显示文件

问题 allhic流程时，过滤步骤输出文件大小为0

应该是运行PreprocessSAMs.pl的时候就出错了，请问怎么解决？ 用的酶是MBOI