Tips： 1.代码中的注释行应该单独一行，前后各空一行，以免造成代码高亮显示错误； 2.在代码中已经添加代码高亮后，代码需要空行时可用 shift+enter键添加空行，而直接enter代码块会断裂； 如下是空行后，完美显示： use...
...nks下载数据，这里详细介绍一下如何下载临床数据： TCGA中三种临床数据类型： TCGAbiolinks中临床数据有以下三种类型，以及他们的区别如下： In GDC database the clinical data can be retrieved from different sources: indexed clinical: a refined cl...
最近分析串联重复基因，按照视频中的做完，发现很多串联重复基因并不存在与同一条染色体上，请问它们属于串联重复基因吗？ 这是blast结果 这是序列长度文件 这是最后得出的筛选结果
...采用MAF格式，该软件包就会尝试从TCGA源或任何内部研究中有效地汇总，分析，注释和可视化MAF文件. 使用说明： https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/maftools/inst/doc/maftools.html
...烦，不同的癌症，格式还不一样，处理起来不容易。 采用TCGAbiolinks 包去下载和处理临床信息就非常的方便。 那么我们以下载胃癌病人的临床数据的为例，看看如何下载数据。 # 加载需要的包 library(SummarizedExperiment) library(TCGAb...
我所用数据是在组学大讲堂课程中参考数据的基础上，把自己数据粘贴进去。随后按步骤操作时，软件conet总是报错，无法构建OTU网络图。报错图片我已上传，恳请老师相助。
这是在一篇文献中看到的一幅图。现在自己得到的差异基因里，通过功能注释可以找到这图中通路的上某几个基因，想知道要怎么像他一样把通路整体找到然后画出来？是要自己把每个相关的基因搜出来，然后到KEGG上找吗？还...
...gene DI后加-00，多于1个转录本时从-01开始编号，在拟南芥中，按照您的教程，只能提取到多于1个转一个录本的蛋白序列，只有一个转录本的不能提取啊，因为只有一个转录本时，gene ID后不是.1。
...因芯片的数据分析工作。但是我发现芯片文件（GPL.soft）中这些ID都很生僻（如图）,不知如何转换成传统ID？ 貌似那个TIGR ID已经绝版了？我在TIGR ID的对应网站无法下载到对应的转换文件（http://maize.jcvi.org/）。 请问怎么办？ ...
...QTL分析时需要提供隐藏因子作为分析的部分协变量，分析中隐藏因子的引入主要是用来排除影响表达量数据的一些混淆因素，例如样本的采样环境、样本批次、其他位置因素等，这些因素视作分析中的无关因素(即一些无法测量...
...是个别两个氨基酸差异。然后我把这些基因名称拿到gff3中查找，发现基因的位置信息基本是一样的，如下两行是两个名称不同但序列相同的基因的注释信息： 4 ena mRNA 4388266243889224 .-.ID=transcript:PNT65252;Parent=gene:BRADI_4g39317v3;b...
您好！ 我按照视频中的步骤进行FTP上传，可是我的FileZilla Client连接出错。是下面这种情况，请问怎么解决？ 状态:正在解析 ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov 的地址 状态:正在连接 130.14.29.30:21... 状态:连接建立，等待欢迎消息.....
...e。 该步骤可以在本地完成，然后提交到自己的Github仓库中。 然后继续进行第一个步骤，在右侧选择Github中的构建仓库： 推送更新，自动构建 每当Dockerfile有新的修改推送到Github的构建仓库中时，在Docker Hub这里就会进行自...
我用conda create -n qtlseq python=3 qtlseq安装qtlseq后，运行这个程序，但是出现/bin/sh: trimmomatic: command not found这个错误，查看是不是安装了这个软件 如第二张截图，这个软件已经安装了，并用conda list 检查了一下，发现也在qtlseq环境下...
矩阵 矩阵是其中元素以二维矩形布局布置的R对象， 它们包含相同原子类型的元素。这种数据结构很类似于其它语言中的二维数组，但 R 提供了语言级的矩阵运算支持。 矩阵里的元素可以是数字、符号或数学式。 一个 M x N 的...