文章 生物导航——专为生命科学工作者定制的浏览器首页！

生物导航重磅发布！ 组学大讲堂专门为广大生命科学工作者定制了一个专注、简洁的特色导航网站——生物导航（https://www.omicsgene.com） 生物导航提供了9类网站导航，分别是：“文献·检索”、“科研·常备”、“常用数据库...

文章 利用vcftools分析玉米和大刍草基因组区域或基因区域是否受到选择

...源： https://ars-usda.app.box.com/v/maizegdb-public/folder/189779501832， 该数据把每个染色体分开存放，使用者可以根据自己想要查看的区域，选择合适的染色体进行下载，数据时VCF格式，操作非常方便。同时要下载作者对这些材料进行详细...

文章 trinity的下载与安装

...RNA-seq的reads数据。 trinity的下载与安装 trinity最新版本是v2.8.5 下载官网在：https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki 解压：tar -zxvf Trinity-v2.8.5.tar.gz cd trinityrnaseq-Trinity-v2.8.5 编译：make注意：trinity需要3.1以上版本的CMake ，记得将CMak...

问题 转录组自主分析map出现问题

... _rstarts[] array: 1010748, 1017096Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)Command: /biosoft/hisat2-2.1.0/hisat2-align-s --wrapper basic-0 -p 1 --rg-id=SRR5710698 --rg SM:SRR5710698 --rg LB:SRR5710698 --rg PL:ILLUMINA -x /work/ref/Bamboo.HIC.genome --dta --rna-stran...

用户 M_____X

文章 多基因组基因水平共线性分析

...base join grape.peach.i1.blocks grape.cacao.i1.blocks --noheader | cut -f1,2,4,6 > grape.blocks 筛选关注的区域进行展示，这里展示前50列： $ head -50 grape.blocks > blocks2 blocks2文件格式如下： GSVIVT01012261001 . . GSVIVT01012259001 ppa005716m . GSVIVT01012258...

用户 _____你是我心中最美的云彩

文章 win10/win7系统下无法重命名和打开文件提示文件名太长怎么解决

...ath(sys.argv[1]) os.chdir(mydir) cwd = os.getcwd() #group ID map id={"A79_A103_A104_A246_A356_A357_A375_A378_A379_A381_vs_A37_A409_A5_A48_A32_A221_A41_A241_A406_A408":"CW_vs_AW", "A11_A12_A13_A19_A201_A211_A271_A303_A314_A315_A316_A318_A319_A325_A329_A337_A341_A344_A346_A349_A351_A360_A370_vs_...

问题 进行宏基因组分析组装这一部分，比对 reads，生成未比对 BAM 文件时很慢

运行了这个代码minimap2 -t 12 -ax sr \   /work/demo/4.assemble/megahit/${i}/${i}.contigs.fa.min \   /work/demo/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_1.fastq \   /work/demo/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_2.fastq \ | samtools view -@ 12 -b -f 12 -o /work/demo/4.assemble/megahit/${i}/${i}_unm...

问题 做有参转录组分析，在进行基因表达定量的时候，其中一个转录组出现如下错误，看不太懂，想请教一下老师问题如何解决

...ent record pairs processed.19100000 SAM alignment record pairs processed.19200000 SAM alignment record pairs processed.19300000 SAM alignment record pairs processed.19400000 SAM alignment record pairs processed.19500000 SAM alignment record pairs processed.19600000 SAM alignment record pairs process...

文章 perl中的正则表达式

... ·原则2：正则表达式仅对标量进行匹配($scalar=~m/a/;可以工作;@array=~m/a/将把@array作为标量对待,因此可能不会成功).     ·原则3：正则表达式匹配一个给定模式的最早的可能匹配.缺省时,仅匹配或替换正则表达式一次($a='stringstri...

文章 perl程序中shift的用法

...sub marine {      my $a1 = shift;   # 第一个元素      my $a2 = shift;   #  第二个元素      my $a3 = shift;   #  第一个元素      # ...   } 总之就是shift没有数组作为参数时，就是移动@_这个默认的参数。perl里经常用这种缺省方...

文章 多图对比在腾讯、阿里、字节跳动的工作区别?

...强劲的字节跳动也成为跳槽热门去向，那么在这三家公司工作有什么区别呢？一起来看—— 旗舰产品 擅长领域 腾讯：是社交领域的霸主； 阿里：是电商界的巨头； 字节跳动：是内容领域的王者。 公司特色 腾讯：...

问题 t2t基因组，转录组数据注释

...sker/genome.fa.masked ./genome.softmasked.fa fq1=$datadir/rnaseq_1.fq.gzfq2=$datadir/rnaseq_2.fq.gzcontig=genome.softmasked.fathreads=10   gffread ../16.GeMoMa/Arabidopsis_thaliana.protein_coding.gff3  -g /work/data/Ath.fasta  -x  ara.cds.faest=ara.cds.fa  #该物种完整的est 基因表达...

文章 fastq文件查看指定序列

...候我们可以用到下面的命令来查看。 zcat /share/nas1/DATA/zx-20180122-15/XM8_H33TNDMXX_L1_2.clean.fq.gz |grep -E "A00164:71:H33TNDMXX:2:2438:30400:20353" -C 4 >xm8-2.txt & 其中zcat可以查看fastq压缩文件，grep 匹配序列ID，参数 -C 4 可以输出匹配行的前后...