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问题 wgcna

...床性状之后，我两个模块算出来都有临床相关性，但是做GS和MM的图的时候。黑色模块是-0.0029的cor，而红色模块是0.23。我后面要根据GS>0.2和MM》0.8筛选hub gene，然后做后续分析。黑色的模块还能用来分析吗，是不是要舍弃掉。...

问题 老师您好，我在进行富集分析时，读取文件中的GeneID出现如下报错，请问我该如何解决？

报错截屏及所附文件如下Hu_Mock_pCalu3_3hvsHu_Anhui01_pCalu3_3hdeg.txt

问题 做有参转录组分析，在进行基因表达定量的时候，其中一个转录组出现如下错误，看不太懂，想请教一下老师问题如何解决

...or occured when processing SAM input (record #42564640 in file /bioData/run_data/lixp/work/SZ_yangtao1/2.alignment/hisat2/yangtaozhitiao1.bam):  Maximum alignment buffer size exceeded while pairing SAM alignments.  [Exception type: ValueError, raised in __init__.py:671]

问题 GWAS分析中，发现最显著的信号SNP的位置是在一个基因的同义突变。

...是这些现在的同义SNP附近是存在非同义的SNP的，比如 NC_063984.1 5757192 NC_063984.1 5757206 NC_063984.1 5757246 在染色体4号上，5757206和5757246是信号最显著的同义SNP，5757192位置有一个非同义SNP。

问题 三代纠错软件lordec安装问题

...the project... -- Install configuration: "" -- Installing: /usr/local/HDF_Group/HDF5/1.8.18/examples CMake Error at cmake_install.cmake:41 (file):   file INSTALL cannot make directory   "/usr/local/HDF_Group/HDF5/1.8.18/examples": No such file or directory make[2]: *** [install] Error 1 mak...

问题 Linux中FOR循环做BWA比对报错[main_samview] fail to read the header from "-".

...课程中的命令 for i in CB2 CB3; do echo  "RUN CMD: bwa mem  Prunus_dulcis.T2T.assembly.fa ${i}_1.fq.gz \ ${i}_2.fq.gz -t 10 -M \ -R '@RG\tID:${i}\tLB:${i}\tPL:ILLUMINA\tSM:${i}' \ |samtools view -bS -h - > ${i}.bam" nohup bwa mem  Prunus_dulcis.T2T.assembly.fa ${i}_1.fq.gz \ ${i}...

文章 Seurat 对象手动添加降维结果 UMAP PCA TSNE 等

CNV=obj_cnv_all@meta.data[,c("cnv_umap_1", "cnv_umap_2")] colnames(CNV)=paste0("cnv_umap", 1:2) CNV=as.matrix(CNV) obj_cnv_all[["cnv_umap"]] <- CreateDimReducObject(embeddings = CNV, key = "cnv_umap_", assay = "RNA") obj_cnv_all[["RNA4"]] <- as(object = obj_cnv_all[["RNA"]], Class = "A...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-非小細胞肺癌（NSCLC）(GSE127465)

....ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE127465&format=file" -O GSE127465_RAW.tar wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE127nnn/GSE127465/suppl/GSE127465%5Fgene%5Fnames%5Fhuman%5F41861.tsv.gz wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE127nnn/GSE127465/suppl/GSE127465%5Fhuman%...

文章 非负矩阵分解（cNMF）

...输入矩阵并准备运行参数 cnmf prepare --output-dir ./example_data --name example_cNMF \             -c ./example_data/counts_prefiltered.txt \             -k 5 6 7 8 9 10 11 12 13 \             --n-iter 100 --seed 14 --numgenes ...

文章 Perl脚本报错解析：annovar的exonic_variant_function文件格式错误排查指南

...晰的原因解读。报错如下： Error: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error) 1.ANNOVAR使用 通常来说我们都是基于自己的基因组fa和gff3文件来做vcf文件的注释。因此通用的使用教程如下： 1.1. 从gff得到gtf gffread gff3...

文章 bedtools批量提取基因组指定位置序列

...始计数）。 -tab 指定输出格式。 $bedtools getfasta -fi GCA_001651475.1_Ler_Assembly_genomic.fna -bed id.bed>CM004359.1:0-10gtttagggtt>CM004359.1:100-200ttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggttt>CM004359.1:1000-1050TTG...

文章 组装"预实验" | 物种倍性分析

...（假设样本名为A）ls /Data/A* | awk '{ print "gzip -dc " $0}' > A_generate.filejellyfish count -t 20 -C -m 21 -s 3G -g A_generate.file -G 2 -o A.sif# jellyfish count：k-mer计数# -t 指定线程数# -C 对DNA正负链都进行统计，表示考虑DNA正义与反义链。如果是双端...

文章 Perl 变量命名规则

...则： 1.不要与perl中的内置变量名相同如：%ARGV，$a,$b $_ 等等 2.perl中的变量名严格区分大小写 3.建议使用大字母，小写字母，数字，下划线组合命名变量名。其他特殊字符。 变量命名示例 变量名采用 形容词_名词 的格式...

文章 python代码到pubmed上搜索关键字，统计每年发文章数量

...plotlib.pyplot as plt from concurrent.futures import ThreadPoolExecutor, as_completed # 设置你的邮箱（NCBI 要求） Entrez.email = "your_email@example.com" Entrez.tool = "PubMedYearStatsTool" def search_pubmed(keyword, retmax=10000): print(f"Searching PubMed for '{keyword}'...") ha...

问题 遗传图谱构建

... "/share/work/biosoft/python/Python2/lib/python2.7/site-packages/snpbinner/__main__.py", line 24, in main     program_run_dict[program_to_run](**arg_dict_to_pass)   File "/share/work/biosoft/python/Python2/lib/python2.7/site-packages/snpbinner/visualize.py", line 51, in visualize     with op...