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文章 机器学习预测的混淆矩阵

在机器学习算法中，为了评价一个算法的优劣，需要从多方面进行比较。以分类问题为例，可以基于预测结果和实际结果间的差异，构建一个混淆矩阵： True positive (TP)：真实值为Positive，预测正确（预测值为Positive） True negati...

文章 在R里绘制地图

在R语言中绘制地图是数据可视化的一个重要方面，其提供了多种方法和工具包来绘制地图，包括基于经纬度数据的地图、行政区划图等。今天教大家使用ggmap、maps这两个包，进行地图的绘制。 ggmap 1 代码 ggmap包能够从多种在...

问题 QTL-seq分析问题

...师，您好。关于QTL-seq有些问题想请教下：（1）给出结果中95%和99%的置信区间具体是怎么计算的？（2）候选基因是在超出阈值线的区域吗？如果都没有超出，该如何解决，能否适当降低阈值，比如设90%置信区间，该怎么计算。（...

问题 基因组间共线性分析

...pan=30 --simple ATH.rapa.anchors   ATH.rapa.anchors.new，过滤的命令中的30是什么意思，做单子叶植物和双子叶植物基因家族共线性分析时候，minspan=30时没有得到共线性的基因，这个30最小可以设定为多大，谢谢老师！

文章 samtools | 提取部分染色体的bam信息

01. samtools提取bam文件中某部分染色体相关信息 samtools view -b -h XX.bam chr1 chr4 >XX2.bam 02. samtools构建bam文件的索引 samtools index XX2.bam 03. samtools查看bam文件内容 samtools view XX2.bam |ee

文章 GEO数据库挖掘—WGCNA鉴定骨肉瘤转移相关基因

...校正工作。处理后的四个数据集数据将进行后续分析，其中GSE14359主要进行差异表达分析和WGCNA挖掘关键模块，剩下的三个数据集参与验证和分类分析。 2.差异表达分析 基于GSE14359表达谱数据进行差异分析，利用R语言limma包完成...

问题 顺势作用原件功能评估

...到老师发表的帖子 https://www.omicsclass.com/article/1154  Fig4中描述的比如顺势原件 MYB binding site involved in flavonoid biosynthetic genes regulation; LTR, cis-acting element involved in low-temperature responsiveness。请问老师如何评估这些元件的功能，文中也...

问题 基因组组装后进行merqury评估出现问题

...结果是0，请问这是什么原因？ 还有个问题是map运行过程中提示如图2，但是我查看了fai文件（图3），染色体名称似乎没有问题，请问这是怎么回事？

文章 如何让开发变得敏捷起来？

...流的时候看到这样一段话，“在经历敏捷软件开发方法在中国传播和发展的过程中，我们深切地感到，缺少对软件开发日常基础时间、尤其是与编程紧密相关的核心技术实践的指导，敏捷注定流于形式。缺少完备的软件设计、开...

文章 BWA比对及Samtools提取mapped reads

...果samtools view -bF 4 sample.bam > sample_mapped.bam#提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果，只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可；samtools view -bF 12 sample.bam > sample_all.mapped.bam#提取没有比对到参考序列上的比对结果...

问题 基因家族数据准备运行错误

基因家族数据准备过程中，运行保留蛋白质编码基因命令“agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff  $gff --attribute biotype --value protein_coding -t '!' -o $species.protein_coding.gff3” 后运行出现错误，反复几次验证都是错误的，错误代码为gff3...

问题 对orthofinder结果绘制花瓣图代码报错

...码绘制，显示报错是什么原因？ 错误显示在 Python 脚本中，Ellipse 类的初始化方法被调用时给出了多余的参数。Ellipse 类的初始化方法只接受四个位置参数，但却提供了五个。 但当我改动成四个后，绘制出来的图很奇怪，不是...

文章 如何打印机连接打印机

...驱动程序开始安装。 选择自动设置。 列表中选择打印机，IP地址为192.168.1.88。 这里可跳过。 信息收集，可随便填写。 安装完成，打印机连接成功。 3.使用 打印时选择以下打印机即

文章 TCGA数据库重大更新-数据如何下载？

...sGUI.data") BiocManager::install("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks") 或者用我们组学大讲堂提供的最新 docker镜像，里面已经更新了最新的TCGAbiolinks包：  omicsclass/r-server:lastest 用命令行代码《tcga_gene_exp_download.r》自动下载表达数据，运行命令...

文章 linux系统当中源码安装R，无root权限安装

.../share/work/biosoft/pcre##这个包的安装参数是有要求的，因此用的是官方文档的推荐命令 make make install5.安装libcurl7.22.0及以上，但是不要超过版本8tar -zxf curl-7.28.0.tar.gz cd curl-7.28.0 ./configure --prefix=/share/work/biosoft/curl make make install二、...