找到约 15 条结果

文章 怎样才能选到靠谱的抗体？挑选抗体的4大秘诀分享

...献来选择抗体是一种非常保险的方法，科研人员参考文献中的抗体以及实验方法，省去了很多摸索条件的时间。 有大量文献引用的抗体是值得信赖的，也许有些国产抗体公司对于一些科研小伙伴有些陌生，但是引用该品牌抗体...

问题 16s双端合并后reads数减少

老师你好，我在做16s分析时，在qiime2平台上使用qiime vsearch join-pairs命令进行双端合并时，合并前每个样本里fastq文件中有100000+多reads，但合并后就只剩下500~2000左右的reads

问题 获取基因的泛基因编号只提取到一个基因

这一步提取后只有一个，请问是什么原因，是不是不适合进行泛基因组分析了 示例数据中的好像还包含26个玉米自交系之外的材料

问题 MEGA11建树界面出现可编辑的蓝色底纹，怎么去除？

如图，建树的界面中出现所示的蓝色底纹编辑框，挡住了后面的信息，尝试右键也无法删除，求问如何解决？？

问题 对于同一种系来源的生物体的基因组（比如都是人类的基因组），我要进行连锁不平衡分析，不同批次的数据对连锁位点的判断相同吗？

具体来说我想用plink删除基因组上连锁不平衡的位点，但我两份数据的位点数不一样，用同样的参数可以得到同样的连锁不平衡位点的集合吗？

文章 批次效应移除算法

在实验研究过程中，实验数据常会产生batch effect，而批次效应的来源可能和生物或者科学变量没有任何关系，当处理不当，会对结果产生影响，产生假阳性或者假阴性 #################################################### http://genomicsclass.gith...

问题 如何从TCGA下载长链非编码RNA的数据？

一些文章中说长链非编码RNA的数据是从TCGA下载的，请问如何下载？

问题 TCGA的ENSEMBL编号如何转换成gene symbol

TCGA下载下来的基因表达数据中，基因的ID是ENSEMBL编号，请问如何转换成Gene Symbol 进行下游的GSEA分析？

文章 subset提取符合条件的数据

利用subset从数据框中选择符合条件的数据 subset(x, ...) x表示一个待筛选data frame 例如有如下数据： > dat Samples group treatment Time1 GSM1625995 con6h control 6h2 GSM1625996 con6h control 6h3 GSM1625997 con6h control 6h4 GSM1625998 con12h ...

文章 转录组+sRNA+降解组=7分文章

...数据联合分析，以期揭示Cd胁迫下东南景天自我修复过程中的调控网络。 （1）转录组分析 对转录组数据进行组装得到unigene 87721 个，平均长度586 bp（结果如下表）。利用Blastx对unigene，在nr数据库中进注释，并进行了基因差异...

问题 基因在不同组织的表达量做热图

请问如何利用基因在不同组织的FPKM值做热图？指示颜色范围的值如何标示？看了一篇文章中的热图（如下），颜色范围在-2——2，请问这个是fold-change的值吧，请问是怎么计算的，因为是不同组织，如何得出的倍数值？

问题 vcf合并

...己测的，现在做到gvcf了，还有一部分是从已发表的文章中的vcf文件里提取出来一部分，参考基因组是相同。我的困难是怎么把这两部分数据做成一个整个的vcf，网上那个是按染色体(chr1、chr2)分的，一个染色体一个vcf，我怎么能...

问题 重测序遗传变异过滤

...异进行过滤的时候，为什么min and max-alleles都是2，在群体中，一个位点的变异很可能大于2呀，这样的设置不会导致过滤掉丰富变异的位点吗？vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout --maf 0.05  --max-missing 0.7  --minDP...

文章 叶绿体/线粒体散在重复序列注释——REPuter

...起始位置重复距离E-value 注意：要自己整理结果文件，用 序列长度+起始位置 得到片段的终止位置 参考：https://www.jianshu.com/p/f94ba9df9c3e

问题 请问如何预测基因家族蛋白的二级结构？

关于基因家族成员的分类，我看参考文献中讲的是根据基因结构决定的，我想知道怎么预测他们保守结构域的结构？ 另外，核定位信号怎么预测？ 再问一个和这个无关的问题，新版的参考基因组和旧版的基因ID表达方式不一样...