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问题 CNV分析

老师，您好，我在做CNV 分析的时候，所用参考基因组不是染色体水平，而是scaffold，那我在用perl $scriptdir/split_chr.pl -ref $REF -lenFilter 10000000 -od split_chr_dir，指令时，该怎么对应修改脚本文件呢

问题 circos标签显示不全

我想做圈图，由于在一个位置上有12个基因，直接用标签没办法显示，想问问老师，这个图中的红色标注的折线是怎么实现的呢？

问题 awk命令使用求助

请问我想以（）为分隔符，提取GO number，先用sed 's/(/\t/g' | 命令把（）替换了，然后发现不对 还有一些不需要替换的，我就不知道怎么判断了。请老师指教

问题 重新挂载显示不出文件

老师， 您好！长期没用linux系统，再用的时候，重新挂载上后却一直显示没有文件，这是怎么回事呢？

问题 启动子feature.bed

老师，您好，请问做启动子分析得到的plantCARE.tab文件，怎么得到feature.bed 文件呢？课程的那个shell命了还是没有看懂谢谢！

问题 KEGG富集分析

老师我在做KEGG富集分析的时候，用了459个下调的差异基因进行富集，结果得到的通路P值都＞0.05，老师这种情况会发生吗？原因是什么，我要怎么样调整参数才能得到p值小于0.05的通路？

问题 mapman染色体视图没有彩色

老师：请教一下，我这个是哪存在设置问题吗，怎么没有彩色呢？

问题 查找共线性基因的问题

BLAST结果如下图，应该是没问题的，gff表格如下图，应该也是对的，，，可是在运行MCSCANX查找共线性时，怎么会没结果呢？

问题 老师，这是我的gene.list和其他文件的基因，不是只有一个，而且也能对上，但是做domaindomain_final.bed的时候就只有一个基因，我试了WRKY和FAE1这两个家族，都会出现这种情况

...一个，后面做FAE1也是一模一样的情况 是list里面的基因格式有问题么？文件里是这种BnaA01G0038300GG BnaA01G0038300GG=476，我把后面那部分去掉了

文章 如何下载TCGA中指定Primary Site的样本数据

... 如下图所示： 我查看了一下TCGAbiolinks的文档，发现该软件包不支持对Primary Site的筛选。既然GDC官方网站上能显示出Primary Site，那肯定会有一个字段对应这个信息。 我再看了一下GDC的官方API文档，通过调用API，是可以拿到样...

文章 enrichGO_pip.r GO富集分析

...（biological process, BP）、分子功能（molecular function, MF）和细胞组分（cellular component, CC） 参考文献： Yu G, Wang L, Han Y, He Q (2012). “clusterProfiler: an R package for comparing biological themes among gene clusters.” OMICS: A Journal of Integrative Biolo...

问题 片段复制和串联重复

老师您好，   按照视频讲解在使用MCscanX 进行基因组内共线性分析时，出来了串联重复的文件，可怎么判断片段复制？（视频中讲解在提取过程中，最后出来个片段复制，这是依据什么出来的？）

问题 Ka/Ks结果分析问题

 老师，您好。请问一下：分析基因的选择压力时，Ka或Ks等于一方或双方都为0时，要怎么分析呢？ 

问题 Fst染色体数量不对

进行Fst分析之后染色体数量不对是什么原因呢？怎么确定Fst中曼哈顿图的阈值线呢？

问题 基因家族系统发育树构建

在检查输出的结构域文件WRKY_domain_final_aligned.fasta时发现有重复的id，是应该去掉一个吗，怎么选择留下的序列呢