问题 blastp提示ensemble中提取的序列文件不对

...ease verify the query sequence(s) and/or filtering options 已去除序列中的终止子符号。 e.g： >ENST00000620518 ENSG00000081692  JMJD4 1:227732392-227735273(-) MDRETRALADSHFRGLGVDVPGVGQAPGRVAFVSEPGAFSYADFVRGFLLPNLPCVFSSA FTQGWGSRRRWVTPAGRPDFDHLLRTYGDVVVPVANCGVQEYNSNPKEHMTLRDYITY...

问题 泛基因组分析，磁盘配额不足

老师您好，解压基因组文件过程中，解压一半解压不了了，显示磁盘配额不足怎么办，我现在基因组有22个茶树品种，每个又比较大。

问题 请问在GEO中收到的比如肝癌的随便一篇文章的数据都能拿来分析自己的问题么？应该怎么选择用哪组数据

小弟非生信专业，刚开始自学生信分析。但是现在很困惑，就是网上随便搜一个关键词的话可以得到很多相关的测序结果，但是跟我想研究的内容都不一样，在这种情况下应该以什么标准来选择下载哪一组数据进行分析呢？大家...

问题 要进行单倍型分析，但是镜像不是搭建在2.0版本了，docker pull下载不了，联系客服拿到安装包之后一直报错，解决了一天了也没解决问题，求解求帮助

问题 老师，用GLM模型跑Gwas时将数据替换成自己的后，出现了报错,分别截图了基因型文件，表型文件和报错信息，请老师解答。文件是用的tsv格式，只是用excel打开了，命令就是将脚本提供的命令中的文件改成了自己的文件

run_pipeline.pl -Xmx200G -fork1 -h hapmap.ordered.hmp.txt     -fork2 -importGuess GZ.tsv      -combine3 -input1 -input2  -intersect -FixedEffectLMPlugin    -endPlugin -export hd 检查了表型，都是数据，表型也更改为下划线了，依然是同样的报错

问题 gset = getGEO(GEO='GSE12417', destdir=".",getGPL = F) 下载不了这个GEO文件，应该如何处理？

...错，然后找了网上评论的抄了以下这串代码，发现R 运行不了，然后我就手动的点击control+同时点击http开头的这一串网址然后下载，有http开头的都下载成功了，是直接跳转去网页然后就下载的，但是注释文件最后一个没有http开...

文章 用AI写代码批量整理GEO数据库中的单细胞数据

...tsv.gz    matrix.mtx.gz 这里的步骤关键是如何批量提取文件中的样本名字，以下是我的提示语 让ai给我生成bash命令批量完成： 点击链接查看对话详情： https://www.doubao.com/thread/w19bbe94b644bac3d 给我的命令： #!/bin/bash# 遍历当前...

文章 去除文件中的空行

测试文件如下： $ cat tmp.txt a b c d e sed $ sed '/^$/d' tmp.txt grep $ grep . tmp.txt or $ grep -Ev "^$" tmp.txt or $ grep -v -e '^$' tmp.txt awk $ awk NF tmp.txt or $ awk '!/^$/' tmp.txt or $ awk '/./' tmp.txt tr $ cat tmp.txt | tr -s '\n' 此外，我们在网易云课堂上...

问题 使用bio-linux中sratoolkit里prefetch下载数据，但是无法打开试过用自带的sratoolkit，也自己去下了个最新版的放在用户文件夹也不行，我按照网上的教程设置环境变量，用source ～/.zshrc使配置生效了（好像bio-linux用bashrc不行？），但是无论如何也打不开，不知道哪里出了问题，有大佬知道吗，小白实在不懂

问题 bash:docker:command not found是什么情况，还有就是根据我这个目录如何运行docker run --rm -it -v /share/work/huangls/piplines/omicsclass/pop-evol-gwas/scripts/:/work/scripts -v /share/nas1/huangls/test/gwas_rice:/work omicsclass/pop-evol-gwas:v2.0这条命令，怎么进行修改

问题 老师您好，多序列比对完后构建进化树遇到了错误，建不了树，但是删掉几个序列较短的基因又能建树，这种情况怎么办，如果在筛出一些基因要怎么筛除

问题 老师在利用perl提取大豆转路本的一天cds时候脚本应该怎么修改，我用的是组学大讲堂基因家族分析的视频，大豆转录本没有.1 或者.2现在导致提取不了cds序列

修改脚本

文章 删除向量中指定的元素（借助向量中元素索引）

在进行数据处理的过程中，可能会要求删除向量中某个指定的元素，这一操作可以利用R 语言向量中每个元素都对应一个索引完成，而获取索引下标可以利用which()，而match()只会返向量中第一次出现的元素索引下标，而相同元素...

问题 老师您好，我根据课程步骤的指令，改不了文件的格式，我能找到format_fa_for_qiime.pl文件，还把它放到了操作的文件夹，但是电脑找不到这个文件，是什么原因呢

问题 老师你好，我看了你多芯片illmina 标准化的视频，用你的代码发现处理不了GSE29248的数据，我发现这个矩阵的列和你视频教的不一样，不知道这种数据如何处理？？？

输入lumiR.batch后，提示错误？