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问题 老师您好! 我用get_gene_gff.pl提取基因在染色体上的位置信息时,得到的结果文件没有第一列基因ID,并且数量多出来了好几千,我的基因只有一百多个,请问老师这种该怎么处理呀? 我改了ID=gene为ID=也一样没有用

问题 利用perl script/get_gene_weizhi.pl -in1 new_like_pep.id.txt -in2 westar.v0.gff3 -out DA1_weizhi.txt 提取位置信息后得到的txt里面没有东西,请问是为什么呀

问题 老师您好,我根据您的方法从GFF信息,从基因组里提取基因的蛋白序列和 cds序列,但是显示command not found,请您看看是怎么回事呢?上面写的代码要在分析镜像2.0中进行,但是课程给我们的只有v1.0.1,不知道是不是这个原因呢?

问题 老师,用GLM模型跑Gwas时将数据替换成自己的后,出现了报错,分别截图了基因型文件,表型文件和报错信息,请老师解答。文件是用的tsv格式,只是用excel打开了,命令就是将脚本提供的命令中的文件改成了自己的文件

run_pipeline.pl -Xmx200G -fork1 -h hapmap.ordered.hmp.txt     -fork2 -importGuess GZ.tsv      -combine3 -input1 -input2  -intersect -FixedEffectLMPlugin    -endPlugin -export hd 检查了表型,都是数据,表型也更改为下划线了,依然是同样的报错

文章 探索基因大数据的利器——SRA Explorer

...海量测序数据,包括基因组、转录组和表观基因组等重要信息。然而,随着数据量的增加,如何高效地搜索、浏览和获取所需的基因数据成为了许多研究者面临的挑战。幸运的是,现在有了一款强大而便捷的工具,帮助您轻松应...

问题 大家好!我想问下Fst&pi进行选择性消除分析后,得到的fst-pi.A-vs-B.selected.region.txt文件里的信息是A群体受选择的窗口还是A和B总的受选择的窗口?我怎么可以得到A或者B群体受选择的窗口啊

文章 KEGG数据库-蛋白序列文件下载

...曾经免费的那版本,一直没有更新。由于现代测序技术和信息技术的发展,KEGG数据库有很多的更新,所以更新KEGG数据库是非常有必要的,一般来说需要更新的信息包括,蛋白序列,蛋白对应的pathway, pathway相关注释文件等。 1. ...

问题 老师,您好!全基因组选择,利用自己的SNP数据(芯片SNP)进行基因型数据处理,beagle.27Feb25.75f.jar处理完成后,得到的imputed_snp里面没有SNP标记信息

Command line: java -Xmx8192m -jar beagle.27Feb25.75f.jar   gt=GENO.vcf   out=imputed_snp   nthreads=48 No genetic map is specified: using 1 cM = 1 Mb java.lang.IllegalArgumentException: Duplicate marker: 1 77806149        AX-90568401     C       T         at vcf.Markers.m...

文章 blast XML结果解析,获得更多blast比对信息 perl

...st format:  5 = BLAST XML,  格式 相比于  6 格式 包含更多的信息内容,包括比对的序列信息,长度信息等等;接下来我们可以用bioperl包来解析,获取自己想要的信息; #!/usr/bin/perluse strict;use Bio::SearchIO;use Data::Dumper;my $fi     = ...

文章 顺式作用元件分布图绘制

...DS绘制顺式作用元件分布图需提交2个数据,一是基因骨架信息;二是顺势作用元件位置及名称信息,两文件格式是bed格式或者Excel表均可,如下图: 1. 基因骨架信息BED文件: 如官方示例所示,提交的基因骨架信息BED文件由五...

文章 2019国家杰青名单公布,北大最多!透露的信息还有......

...多,中科院系统抢眼 从公布的名单来看,主要透露以下信息: 1,高校中,北京大学入选人数为22人,遥遥领先 清华大学为14人,排名第二, 复旦大学和中国科学技术大学都为11人,并列第三。 2,中科院系统表现亮眼 上海...

文章 STRING蛋白互作数据库在线分析基因互作网络(PPI)

...文本挖掘的结果和综合其他数据库数据外,还有利用生物信息学的方法预测的结果。 n研究蛋白之间的相互作用网络,有助于挖掘核心的调控基因,目前已经有很多的蛋白质相互作用的数据库,而string绝对是其中覆盖的物种最多...

文章 利用Hiplot网站进行热图绘制

...basic/heatmap 导入数据 --转录组基因表达量数据 --样本信息(选择性导入) --基因信息(选择性导入) 注意事项:导入数据格式必须与模板数据格式相同才能进行后续绘制,在导入数据之前需要整理和检查我们的数据成如下...

文章 GEO数据挖掘生物信息文章解读(拟南芥重金属)

...提前学习:R语言快速入门与提高、R语言画图 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解...

文章 linux生物信息软件安装管理工具conda使用

想做生物信息分析,在linux系统中分析,很多时候我们要分析一个内容会用到一个分析软件,那么开展这个分析的第一步就是要把这个软件安装到我们的linux系统中才可以分析,对于linux初学者而言,安装软件也不是那么容易的,...