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问题 想请教下,就是我测了种子五个不同发育时期的转录组,想通过转录组数据中的表达量筛选出几个候选内参基因,用什么条件筛选呢?

我是通过所有基因FPKM值得文件进行筛选的,目前知道的是①CV小于0.15,②两个时期比对log2(fold change)绝对值小于0.2,筛选出了四百多个基因,还有什么条件可以筛选呢?比如FPKM值介于多少比较好?

问题 老师,第二次搜索结构域我们提取的结构域序列与最终三大数据库确定基因后提取的最终基因的结构域序列不一样是不是意味着错误

问题 老师我在做KAKS分析时,生成的.axt文件对比序列不是三的倍数,我按操作手册的方法,提高的筛选条件,

... -in2 WRKY_cds_confirmed_blast.out -out duplication_gene.out,中提高的筛选条件,甚至我调高到90,输出的结果中还是包括不是三的倍数的比对序列,这种情况应该怎么办呢, 还有,同样的问题,由于基因组注释的问题,我的CDS序列没有起...

文章 关于virtualbox下bioLinux设置共享文件夹出错的问题

...留空 -> 点击控制器下面出现的空白光盘 -> 点击右侧分配光驱最右边的蓝色圆圈 -> 找到前面出现的iso文件后点击 4. 启动biolinux,打开shell,输入eject后,再次在设备里选择安装增强功能 5. 点击run,输入密码,待加载结束...

问题 我想问的是关于我鉴定到的基因家族,怎样筛选,怎样判断该基因家族拥有那个特定的结构域

问题 你好,请问在biolinux里面运行meme搜索蛋白的motif,nbs_motif文件夹里面只有txt格式的文件,没有xml以及其他文件,这是什么原因呢

问题 用CoNet进行OTU互作网络分析时如何筛选去网络中的关键节点、枢纽或者物种(network hubs)?

问题 使用基因家族特异的隐马尔科夫模型筛选过蛋白质组库以后,发现含有该保守结构域的

文章 pubmed按影响因子分类文献

...人都需要用到PubMed,功能非常强大,绝大多数的文献都能搜索得到,但是pubmed的高级功能可能很多人还不知道->那就是自定义筛选条件:最好的应用就是将文献按照影响因子进行分类,如下图所示: 做到这个只需简单三...

问题 您好,我在数据库中搜索到了某个物种基因组测序的SRA序列,但没有注释。请问,我可以把它下载下来,就某一个基因家族序列进行注释吗?

问题 进行基因家族成员鉴定的时候,是不是在hmmsearch搜索后,只要用CDD或Pfam鉴定出含有该基因家族的保守结构域,就可以认为该基因属于这个家族吗?

文章 笔记本电脑本地连接以太网时如何手动设置IP?

...们笔记本在使用网线连接上网的时候,路由器会自动给你分配一个内网IP。这个IP也是不固定的。 有时候我们会突然遇到连接断网的情况。在排除硬件坏掉情况下,最大原因是自动分配的IP失效了,这时候我们可以选择手动设置...

问题 老师您好,做基因家族鉴定分析时如何将网站上筛选的基因家族与自己的转录组鉴定得到的基因家族融合在一起?

问题 我得到转录组分析的wgcna数据需通过cytoscape筛选关键模块的hub基因,边的权重应该设定多少来筛好

问题 想问一下,为什么我用pfam筛选,结果出来是这样的,没有能看结果的地方,也没有能下载的地方