问题 binGO富集分析

您好，在OmicsClass上看到您讲的关于如何使用BinGO的文章，但是我从它的官网上没有找到我所做物种的注释文件，这个注释文件是什么样子的，我现在有我们所做物种的基因ID所对应的GO号的文件，但是这个软件好像不能识别。想...

问题 我想问一下怎么利用别人发表的转录组文章里面的数据分析自己基因的表达情况，比如别人发了盐度胁迫的转录组文章，我想看一下我的基因在盐度胁迫下的表达，该怎么用他的数据分析

问题 请问老师做无参转录组分析某一家族基因可以把其核苷酸序列翻译为蛋白序列后比对吗？

之前在某一物种中做了无参转录组。 想分析该物种中某一家族基因，并用其与其他基因组清晰物种的同家族基因进行进化分析，可以把核苷酸序列翻译为蛋白序列后比对吗？需要注意什么？ 虽然无参转录组可能得到的在该物...

问题 老师，我在重新描述一下问题，mascanx方法和BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对，数目不一样，是不同算法的不同结果是吗？做CIRCOS圈图时， 可以用BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对来做吗？我BLAST方法筛出来的串联重复等数目更多一些。

问题 做转录组kegg富集分析时老是报错

文件路径和上一步输出文件都没问题，无法正常输出结果。

问题 请问选择消除分析需要过滤哈温平衡吗？

要不要过滤哈温呢？过哈温删掉大约一半的SNP。

问题 泛基因家族分析执行循环时报错

 cat ../id.txt|while read ind;do > hmmsearch --domtblout ./${ind}.2_hmmerOut.txt --cut_tc ./2.hmm ./${ind}.gene.pep.fasta

问题 LDdecay衰减距离如何确定？

老师好！请问做出衰减图之后，如何确定某一群体的衰减距离？r2不知道该取多大，且对应的值是怎么算出来的，从图片并不能知道具体的值。然后图特别不平滑可能是什么原因呢？这么不平湖，用bin作图也改善不了什么

问题 转录组分组间差异基因分析

...5倍。 2 公司给我的结果，只给了A vs B，和 B vs C两组差异分析结果，并未给出A vs C这两个时期对比出的差异基因。由于A,B,C是一个物种花发育的连续时期，您觉得是否有必要对A时期和C时期进行差异基因分析？ 期待您的回复！非...

问题 老师，在下载过程中一晚上不加载了，请问如何解决？

>                       sample_type <- "Primary Tumor" > # 该癌症总样品数量 > samplesDown <- getResults(query.met,cols=c("cases")) > cat("Total sample to download:", length(samplesDown)) Total sample to download: 582 > # 下载甲基化数据，数据非...

问题 CIRCOS共线性作图

老师，您好，我基因组有12条染色体，config文件要进行哪些设置啊？您做的是5条染色体的拟南芥，我做下来有些共线性基因对没有连线

文章 2018年最新SCI影响因子及中科院分区统计

...例审稿周期期刊主页网址 1ACS Chemical BiologyACS CHEM BIOL4.5924.9952区生物生化与分子生物学SCIE较易约3.3个月http://pubs.acs.org/journal/acbcct 2ACTA AGRICULTURAE SCANDINAVICA SECTION B-SOIL AND PLANT SCIENCEACTA AGR SCAND B-S P0.8940.6514区农林科学农艺...

问题 请问老师，我做了一个调控开花的基因家族分析，这个物种的转录组数据只有花的转录组数据。

请问老师 我现在已经分析完基因家族和其花的转录组FPKM，现在需要加荧光定量，这个荧光定量是根据转录组进行的吗？具体要怎么样进行，我文章是聚焦花进行写的，是不是只用采花进行荧光定量分析？

问题 泛基因家族分析-SV和表达量

跟着课程做，我的结果显示结构变异和非结构变异WRKY的表达量没有显著的差异，那么08.SV_and_gene_structure还能做吗？

问题 运行利用meme软件做motif分析的代码后，提示zsh: segmentation fault

见上图，运行利用meme软件做motif分析的代码后，提示zsh: segmentation fault？请问是什么意思?怎么解决呢？