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问题 重测序

我把命令放到sh 中运行后显示日志错误 2.data_qc.sh: line 23: syntax error: unexpected end of file， 附件是命令2.data_qc.sh 1ea1d5175cd7f119f2635ceb660d9e2.jpg

问题 lncRNA预测的软件有那些？

转录组分析中，针对新的转录本进行长链非编码RNA的预测，有什么软件可以预测？

问题 什么是测序深度和覆盖度？

基因组denovo测序中测序深度和覆盖度是什么意思？

问题 megacc运行很慢

老师您好，上次跟您提到的megacc运行很慢，命名设置了40线程，但是在服务器中也就一个线程在跑，不知是何原因。您让我提供mao的截图，请看下图

问题 构建系统进化树

为什么在GWAS中构建系统进化树多了一步排序呢？是起到什么作用呢？ run_pipeline.pl -Xmx30G  -SortGenotypeFilePlugin -inputFile $vcf    -outputFile clean.sorted.vcf.gz -fileType VCF

问题 筛选不到串联重复基因

老师您好，根据基因家族课程中共线性分析后的操作我没有筛选到大豆中一个基因家族的重复序列，请问是我操作有问题还是没有串联重复序列也是正常的呢？谢谢老师解答

问题 各位老师好，无参转录组中挑出来的一段序列应该怎么进行后续的实验

...并得到一段序列，公司标注这是cds区的序列1、我可以利用这段序列用DNAMAN翻译成氨基酸序列并进行后续的预测吗？这准确吗？2、我用DNAMAN翻译的序列和用NCBI上查到的ORF区序列不太一样，我后续预测理化性质什么的话，我用哪一...

问题 问下在做基因家族进化树时，建的树bootstrap好多为0，这对发文章数据影响吗？还有要怎么分析解释呢

我还是用的保守结构域进行分析的，这种好多0的情况下会被说是错的吗，，只不过把我的物种跟拟南芥放一块（我的物种跟拟南芥是同一个科的），，这种情况下我要怎么解释这种情况呢？，，图片太大我只截了一部分，，，...

问题 Fst染色体数量不对

进行Fst分析之后染色体数量不对是什么原因呢？怎么确定Fst中曼哈顿图的阈值线呢？

问题 串联重复基因

...应该都不是串联重复的呀，是我筛选错了么？这6对基因中的每一对相似性都在95%以上并且都是相同基因，这应该是同源基因把。

问题 诱变材料，且已自交 6 代，是否可用 QTL-seq 的方法来定位到基因？

...索的关于 QTL-seq 的原理。为什么诱变得到的材料不能够用 QTL-seq 的方法来定位到基因？如果是 EMS 诱变材料且已自交 6 代，也不能采取 QTL-seq 的方法来定位到基因么？为什么？因为 Mutmap 方法需要野生型和突变型杂交1代再自交...

文章 TCGA数据库中癌症最新缩写中英文对照表获取方法 Project号 与癌种之间对应关系

如果想获得最新的信息，可以通过R包TCGAbiolinks中的getGDCprojects()方法得到： if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)){    install.packages("BiocManager")}BiocManager::install("TCGAbiolinks")library(TCGAbiolinks)getGDCprojects() 截止2019.10.17，TCGA数据库中...

问题 基因结构

...gene_exon_info.gff 生成的文件，但是在Gene Structure Display Server中整个数据选中文件后生成的图案是这样的 但是单独选中几个数据是可以做出正常图片的， 但是他们的bp大小不同，所以不能一个一个这样弄，麻烦老师看一下是哪里...

文章 技术贴-agriGO简单好用的GO富集网站来一个！

...。而选定分析之后要确定分析的物种，在2.Select the species中进行物种设定，具体涵盖网站涉及的45个，同时在对应的输入框中输入正确的基因ID。不同的物种对应的ID类型有所差异，具体可接受的ID类型在网页右侧有明确的的介绍...

问题 各位老师，想问一下关于LAI评估基因组 组装质量的问题

我用ltr-finder 找ltr，然后用ltr-retriever 计算LAI，基本跑通了，但是遇到点问题如下： 1 有个小警告，但是可以继续运行 2 最后结果总是ltr太少，我想知道是我的运行的命令问题还是我输入的基因组有问题呢？   3 我输入的是全...