老师您好，利用snp构建进化树时，在vcf文件格式转换为supergene.phy这一步，生成的supergene.phy文件中很多位点是0（左图），导致后续利用iqtree2构建进化树报错（右图），想请教老师问题出在哪？
braker.gff3文件中第三列未出现gene、mRNA等层级这个问题该怎么解决
如何修改课程中使用的docker代码，以实现GetOrganelle的批量组装
OTU分析按照视频中方法一(pick_de_novo_otus.py)做的，显示usearch版本不对
HMMER 隐马尔可夫模型序列最新下载方法： 方法一： 利用Pfam网站下载，此网站可以用到2023年1月，之后将停用，现在如果使用PFam网站下载，方法如下：（此方法仅适合在2023年1月之前使用）: 打开 ② 以上下载的是结果...
在真核生物中，由于转录后可变剪接的存在，赋予了基因更多的功能，一个基因会产生多个mRNA，不同mRNA所翻译出来的蛋白功能是有很大差异的，那么了解不同转录本翻译的蛋白各是什么功能是一个非常必要的工作，今天我就给...
...编程语言处理会非常慢，而且容易出错。 可以使用Linux 中的paste和awk处理： 命令如下： paste file1.txt file2.txt | awk 'BEGIN {OFS="\t"} {print $1, $2, $3, $4 + $11, $5 + $12, $6, $7}' > result.txt 使用paste命令将两个文件合并，再使用awk命令计...
老师，您好！ 请问老师，基因组中普遍存在的基因串联重复导致的基因多拷贝，形成的原因是什么呢？它们的形成机制是什么呢？ 比如有些基因重复，是由于转座子的介导，全基因组复制导致的，那基因串联重复又是由于什...
... 通过添加的方式设置shell解释器，直接选定解压后目录中的sh.exe即可。 然后写一个shell测试一下是否能运行： shell文件最终是要在linux运行的，在windows的eclipse中运行shell最多只能用来调试，解除一些基本的BUG，大家在这里开发...
...加组学大讲堂直播课程，两天时间实现SCI自由！ 我们使用关键词“genome wide gene family”粗略统计了近3年基因家族分析类SCI数量：2021年1912篇，2022年2111篇，2023年1890篇。 考虑到从2023年开始不少基因家族文章的题目缺少了传统...
cutoff为什么是2500？是从这个图里得出来的吗？视频里提到2500是中位生存时间，但是生存曲线是在ROC之后做的； 怎样处理表达矩阵中样品重复的问题？代码只对clinic进行了unique
...衰减期。北京时间2018年4月2日早 8 时 15 分左右，在太空中飞行了六年半的天宫一号目标飞行器已再入大气层，再入落区位于南太平洋中部区域，绝大部分器件在再入大气层过程中烧蚀销毁，结束它的历史使命。 作为一名学...
老师您好，我按照课程中给的代码读取WGCNA基因表达数据，数据格式与示例数据相同，为什么每次dim之后就只有0行和1列呢，后面的筛选也筛选不到基因，聚类树也画不出来，求解答
老师， 在NCBI-CDD中， 如果显示结构域不完整， 是否将这些基因去除？
我用如下命令： for i in $(cat $workdir/data/data.txt) ; do for Chr in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7 Chr8 Chr9 Chr10 Chr11 Chr12; do echo "gatk --java-options "-Xmx100g" HaplotypeCaller \ -R $REF \ -I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \ ...