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问题 老师,您好,我有一个问题不知道怎么解决,想要问您一下 我在学习基因家族分析的课程,按照课程对WRKY家族分析,最后将WRKY_pep_need_to_confirm.fa文件输入CDD检测时和老师得到的结果不一样,一个domain都没有搜到,smart搜索结果是和老师做的一样,为什么CDD搜不到呢?图片是我搜到的结果,右边框框都是零,我换了老师做出来的这个文件搜索也是这个结果,这是为什么呢?

文章 docker 工具高级

平时大家使docker按照我们组学大讲堂课程老师的操作:一般是启动相应的镜像并进入docker,我们的镜像默认进入/work目录,然后通过-v选项把我们系统里面的数据文件目录映射到容器,这样就可以在/work目录分析数据了。但...

问题 泛基因家族分析-SV和表达量

....xls ${ref} 以上这个命令。 1.我WRKY_gene_fpkm.filter.xls的结果为啥是同一个ID会重复对应同一个品系基因组? 2.不需要的基因是指什么基因?能否通俗的解释一下呢。‘不需要的基因’这个是根据PAV_gene.list判断的吧

问题 跟着文章docker运行代码进入虚拟机提示:我在将Windows文件提交到wls,而且一直找不到omicsclass/ampliseq-q1:latest locally

文章 多款软件进行vcf合并--gatk、vcftools、bcftools

vcf文件储存的是样本的变异信息文件,在同一批次分析,如果不是采joint calling的方式进行分析,最终会获得单个样本的变异数据。这种文件很难对同组不同样本进行差异SNP分析,此处就需要对文件进行合并。vcf文件的合并...

文章 EggNOG基因序列批量注释

.../  ,下载以下两个文件并把这两个文件放到database文件夹并解压。 $ md5sum eggnog.db eggnog_proteins.dmnd   #下载完成之后核对md5值065763df8f1593dc6d08c5ce06401fcf  eggnog.db64fefa838833a6f3e220a06fb9d403cd  eggnog_proteins.dmnd 2)利docker工具搭建EggN...

问题 老师你好,我想问一下,我想其他物种的一条蛋白质序列搜索小麦基因库有没有相似的基因,在Linux怎么比对?谢谢

问题 MCScan跑的染色体共线性图结果,只显示出两条染色体,大部分一个数线表示是什么意思呢,求救大神~~

文章 选购生物信息分析笔记本电脑应该考虑的因素

...网上这方面的信息很少,甚至还有些生信大V做错误的高低配笔记本推荐,点进去一看“配”的性能反而远低于廉价的“低配”,相信他也和很多人一样认为贵的,性能就好。但事实并不是这样。 本文将介绍笔记本的哪些...

问题 老师,在鉴定基因家族成员时,不同物种已鉴定的此基因家族所的pfam号是个不相同的,我应该怎么选呢,还是一般都可以

问题 各位大神,为什么我在BioMart里提交GO号之后一直下载不了基因的启动子序列?一直显示网络错误,我已经买了服务器,谷歌,youtube都能上,帮帮忙

问题 老师你好,在家族分析tiquxulie.pl脚本提取序列时,总是报错,看了前面他们做的,我拆成每条染色体进行提取,但还是不行

这是我提取的基因信息 这是tiquxulie.pl脚本 运行的脚本

问题 你好,我是初次接触网络分析绘图,在R运行以下代码总是报错

运行下面的代码时Abu=read.table('ES.txt',header=T) Abu<-as.matrix(Abu) table<-Abu table[table>0]<-1 table.generalist<-Abu[which(rowSums(table)>=1),]  Abu<-table.generalist总是出现Error in V<-(*tmp*, value = *vtmp*) : invalid indexing这种报错,我想可能是...

问题 请问如果我先对蓖麻,拟南芥等的CDPK基因家族做了blast分析,找出了蓖麻的CDPK基因,还进行那些hmmer分析什么的吗

问题 老师您好,我想请问一下您,我的电脑Hyper-V不了,勾选了之后下载完了显示无法完成请求的更改,显示错误代码:0x80071A91,您知道怎么处理吗​