问题 有40个样本的基因型（重测序结果）、表型数据。可以做什么分析？

文章 LD衰减距离

...不同亚群体间，往往差异非常巨大。所以，通常会使用1个标准——“LD衰减距离”来描述LD衰减速度的快慢。 LD衰减距离通常指的是：当平均LD系数衰减到一定大小的时候，对应的物理距离。 “一定大小”是这个定义的关键点，...

问题 基因家族成员鉴定cdd

老师，您好！我做的是mapk，这个家族有3个激酶，用hmm鉴定出来有500多个，可是文献里鉴定出来的是14个左右，想问一下筛选的cdd条件怎么确定呢？使用STKc_MAPK作为筛选条件只有3个，STKc_MAP作为筛选有7个，以STKc作为筛选有163个，...

问题 老师您好，我在转录组数据中筛选了一个转录因子（NAC），前期我对这个转录因子相关的6个基因做了克隆及表达分析，现在问题是怎样将这些基因的表达量和转录组数据的转录因子表达量联系起来？

在转录组数据中筛选了30个转录因子（NAC）的表达量，两个品种，3个时期； 前期做了6个基因的表达量，6个品种，5个时期； 现在怎样把基因和转录因子联系到一起，看文献都说做相关聚类热图，或者WGCNA,但相关聚类热图只能...

问题 老师您好，有个基因家族鉴定分析的问题想咨询您

...族分析的，我是小白，刚开始做相关分析，有些迷糊。一个软体动物的SOX基因家族鉴定与分析，最后鉴定出两条序列同属于一个类群（SOXH）的基因，这两条序列结构域完全一致，结构域之外有几个氨基酸位点不同，但是相关文...

文章 人工智能（AI）在微生物组中的应用-随机森林分类与回归预测

...然而，最近越来越多的研究者开始尝试将 AI 应用于另一个热门领域——微生物组研究。那么利用 AI 分析微生物组数据都做出了什么新结果呢？ 1.微生物组或可预测人的实际年龄（南昌大学徐振江） mSystems——[IF:6.519]   Human Sk...

文章 linux命令之AWK

...计算或输出结尾摘要信息 特殊要点:$0           表示整个当前行$1           每行第一个字段NF          字段数量变量NR          每行的记录号，多文件记录递增FNR        与NR类似，不过多文件记录不递增，每个文件都从...

问题 ggplot，超过12种颜色，scale_color_brewer(type="seq",palette="Paired", direction=-1)+ 颜色不够用

老师，我有19个样本，但调用scale_color_brewer时只有12种颜色，导致我的点线图里有七个没有颜色，这种情况应该怎么办？ p_line_point = ggplot(dat, aes(x=dat[,2],y=dat[,3],shape=dat[,1],color=dat[,1]))+  geom_line(size=1)+  scale_color_brewer(type="seq",pa...

问题 果实发育时期的转录组热图中，有几个基因在各个时期均表现低FPKM值，请问是转录组数据有误吗？

...理作图，并在图中标注了原FPKM值。 如图中，自上数第2-5个条带，分别是4个基因，FPKM 都在在0-2的小数值，表现为基本不表达。 请问这种情况，有什么可能原因呢，是由于转录组数据有误、或是基因有误吗？我该怎样检查呢？ ...

问题 老师您好！请问wgcna可以将一个临床特征分成五个水平进行分析吗？

文章 ppi_network.r 蛋白互作网络分析

使用说明： $ Rscript $scriptdir/ppi_network.r -husage: /work/my_stad_immu/scripts/ppi_network.r [-h] -g gene.list [-s ann.db]                                                [-t score_threshold]                                                [-v...

问题 老师好，基因家族聚类结果怎么统计每个物种这两种情况的基因数量啊，multi_ortholog:该家族在所有物种均存在，且至少在1个物种中的成员数大于等于2个；other_ortholog:该家族在至少两个物种中存在，且至少在一个物种不存在；

问题 请问利用jcvi整理泛基因列表，做JCVI做共线性分析时，一直提示/bin/bash: lastdb: command not found，是没有安装Last软件包吗？目前使用的镜像是购买课程时老师提供的，数据是26个玉米基因组数据（由于空间不足，只用了19个基因组）

文章 腾讯、阿里、百度的项目管理能力为什么这么强?

腾讯做产品厉害，这个众人皆知。他们不仅打造了QQ和微信这样的国民产品，还形成了自己的产品方法和文化。 阿里最早的“中供铁军”名声远扬，他们的推广销售和业务拓展能力也形成了一种阿里文化。 百度一直以技术自居...

文章 GEO数据芯片数据挖掘-在线工具分析GDS数据

...据库主要接收基因表达数据。实验研究项目中一般包含多个样本基因表达数据，研究人员进行数据上传之后，网站管理人员会根据实验样本的处理，数据来源等对数据进行整理，将能够进行生物学比较和统计的样品数据归纳整理...