话题 如何从GEO中选择适合自己分析的数据

话题 《微生物宏基因组分析实操》课程

话题 单细胞转录组差异基因KEGG富集分析

问题 想问一下，RNA-seq测序之后，进行snpcalling得到的一些snp位点是杂合的，关联分析时按缺失小于0.2,第二等位基因频率大于0.05过滤后，得到的显著位点正好是杂合位点。想问一下，进行关联分析时，怎么处理的分子数据中的snp杂合位点，是直接当成缺失，还是过滤掉，还是基因型填充，还是直接导入tassel进行关联分析？谢谢各位老师

问题 老师，我用mcscanX分析出Segmental之后，计算KAKS

老师，我用mcscanX分析出Segmental之后，计算KAKS，然后很久才出结果，大概十五分钟，结果如下为什么KAKS显示NA, 没有值呢,并且用来计算KAKS也是出现如第二幅图所示的结果，（kaks显示NA） 的情况，这是什么原因造成的？

文章 IF=4.2 | 不同西瓜品种果实品质的转录组代谢组联合分析

...rent watermelon (Citrullus lanatus) cultivars”的转录组代谢组联合分析文章。” 01 — 研究背景 西瓜作为夏季最受欢迎的水果之一，因其清甜可口的味道和丰富的水分含量，成为了全球消费者的首选。然而，不同西瓜品种之间的果实...

问题 TCGA基因差异性表达分析结果的AveExpr等值

我在学习了TCGA基因差异性表达的课程后，想用r包goplot绘图，但是发现有几个值好像在结果中没有，请问这些值怎么在分析中得出来呢？AveExpr t adj.p.Val B这几个值

问题 16S分析批量拼接时报错如何解决

path设置没有问题，单独检验过了，就是合起来运行不了

问题 基因家族分析：基因结构

老师，您好！我分别用了GSDS2.0和TBtools分别做了基因结构图，GSDS图里没有展示UTR区，TBtools里面有展示，这种情况我应该用哪个图呢？ 下面是我的gff信息和结构图

问题 老师您好，在GEPIA中，可以进行TCGA和GTEX的对比分析，因为我研究的瘤种中TCGA基本没有正常对照，我想问一下，怎么能将TCGA和GTEX联合分析，需要用什么表达值，如何处理批次效应？

问题 共线性分析与kaks计算

组内mcscanx，分析基因与基因连线生成的.collinear.pairs文件里，用detect_collinearity_within_gene_failies.pl脚本帮助找到这两基因之间存在segmental复制，每一对基因可以看做是旁系同源基因吗？同理，组间共线性时用excel在.anchors.new中挑出...

问题 有系谱记录的群体做GWAS分析需要怎么处理表型数据呢？

大多数GWAS分析采用自然群体，表型数据为编号后跟性状即可。那么有系谱记录的群体是否需要对表型做啥处理呢？还是把亲缘关系矩阵算进去就可以了？

问题 泛基因家族-结构分析

老师，我进行了这个操作，结果如图所示，是不是不对啊，哪里出现问题了呢？ #提取结构变异基因列表 grep "${svgene}" Fam_gene.list|sed "s/${svgene}\t//g"> ${svgene}_gene.list

文章 TCGA-ceRNA网络构建

...者之间的ceRNA调控网络。 构建ceRNA 网络，需要进行两类分析： 1. 差异表达分析： 分别对lncRNA, 编码蛋白的基因，miRNA 进行差异表达分析，获得差异表达的分子，进行下游的分析 2. miRNA靶位点预测：分别预测一下差异表达的miRNA...

问题 《微生物多样性数据分析实操》课程资料的下载

已经购买了《微生物多样性数据分析实操》课程。该课程相关的数据、脚本等资料有链接可以下载吗？我没有使用docker软件，所以咨询有没有下载地址，谢谢！