找到约 15 条结果

问题 各位老师,想问一下关于LAI评估基因组 组装质量的问题

...nome ./rawdata/1.fa -infinder ./rawdata/1.finder.scn 各位有用过这个软件的吗?谢谢大家了~~~

文章 Evolview绘制进化树时添加热图

...:0.1,(B:0.2,(C:0.3,D:0.4)100:0.05)100:0.1)90:0.43;”。 [2].   数据集格式如下: #heatmap !legendTitle Example of heatmap #图例说明 !showLegends 1                       #是否显示图例 0:隐藏,1:显示 #!defaultStrokeColor pink #!defaultStrokeWi...

问题 请问如何合并VCF文件中同一样本的生物学重复信息

...但是每个样本各有3个生物学重复,请问这种情况下我该怎么合并这三个重复的数据呢?因为不知道怎么处理我目前是只用了其中一组数据来进行的定位。

问题 老师,在做共线性分析的时候,在gff文件中提取出来的基因位置信息和ID号,与蛋白质文件中的ID号不一致,一个为基因号,一个貌似为转录本的号,所以提不出来蛋白序列,这种情况应该怎么办呢?并且有些基因在哪条染色体上也没有研究清楚好像,所以提出来的有些基因的染色体号为0,那如果这样的话还可以往下做共线性分析吗

文章 GATK MarkDuplicates报错:Caused by:Too many open files

... contig 分组时,会把中间数据 spill 到磁盘临时文件,同时打开很多文件句柄。 环境里当前用户的 open files 限制太小,导致: 临时目录能创建,但打开第 N 个 .tmp 文件时失败 解决办法: 查看当前限制: ulimit -n 根据当前限制...

文章 荧光实时定量PCR常见问题解析

...,因为 G 会淬灭荧光,从而影响定量;设计时,需要通过软件来进行设计,网络上有许多免费的以及在线的设计软件可以使用。       Q:可否设计羊源、猪源等其他物种基因的qPCR引物?   A:可以设计,但对于人,大鼠,...

文章 windows powershell设置ssh 密钥登录云服务器

...方法来启用系统的 OpenSSH 功能: 通过系统设置开启:打开 设置 -> 系统 -> 可选功能。点击 添加可选功能。搜索并勾选 OpenSSH 客户端(用于连接其他设备)或 OpenSSH 服务器(用于被其他设备连接),然后点击安装。 2.在w...

问题 GO分析结果的如何挑选有用信息

...是受到影响的吧?但是不同基因组注释的信息编号不同,怎么统一编号方便查看呢?GO分析只是选择排名靠前的展示,但是里面涉及的基因均有上调和下调,怎么筛选有用的信息?还是将差异基因对应的GO term选定出来,再去查看...

问题 hmmer搜索提取结构域时出现错误

...索提取序列时,按照命令把E值设为0.1或者稍大一点1e-5,怎么出提示错误?如果把E值设为1e-10可以正常运行。 实际上我在做第一次搜索提取序列时也出现了错误,课件里的evalue值是1.2e-28,我在运行时也出现上面这种错误,当...

文章 BWA mem比对报错 paired reads have different names 解决

...致比对出错 问题解决:采用bbmap进行fastq文件的修复 1.软件安装 conda安装 conda install -c bioconda bbmap 或直接安装 wget https://nchc.dl.sourceforge.net/project/bbmap/BBMap_39.01.tar.gz 2.fq文件修复 sh ./repair.sh in=r1.fq in2=r2.fq out=r1.repair.fq out2=r...

问题 mRNA2geneID.txt文件不能正常获得

我的gff文件P.equestis.gene.gff 如下: 用命令perl script/mRNAid_to_geneid.pl P.equestis.gene.gff mRNA2geneID.txt生成mRNA2geneID文件时出错,文件如下: 只有mRNA ID,没有gene ID,请问是怎么回事?是不是要对gff文件修改,怎么修改?

文章 在组学大讲堂云服务器上使用deepseek驱动Claude code

...类似。 组学大讲堂云服务已经安装好Claude code,只需要打开路径(~/.claude/settings.json)这个配置文件,找到“ANTHROPIC_AUTH_TOKEN”填写上你在deepseek官网(https://platform.deepseek.com/api_keys )购买的API key即可 cat ~/.claude/settings.json {  "...

问题 使用命令提取gene_exon_info.gff文件时,我的OVATE_domain_new_out_removed_redundant.txt里这一列id(图一)只有绿色箭头标的这五个可以被输出(图二),是怎么回事呢?而且之前提取的IDlist(图三)也只有那五个对应在mRNAID下面,其他的都发生了错位,我是手动到excel里面转换过来的,希望老师解答一下,我这是哪一步出了错误,卡在这里很久了。

文章 Braker 有转录组数据预测基因 多样本转录组

...adir/genome.fasta  genome.fa#拆分基因组不同染色体,方便后续软件使用多线程加快注释速度##seqkit split -p 2 genome.softmasked.fa --out-dir ref.split.softmaskedseqkit split -p 2 genome.hardmasked.fa --out-dir ref.split.hardmasked##mkdir 02.Brakercd 02.Braker#BRAKER2官方教...

文章 多基因间共线性及局部基因水平的共线性

...类推。得到的grape.peach.i1.blocks包含大量的基因匹配,文件格式如下: GSVIVT01012261001       .GSVIVT01012259001       ppa005716mGSVIVT01012258001       .GSVIVT01012257001       ppa002846mGSVIVT01012255001       ppa000919mGSVIVT01012253001  ...