文章 TCGA生存分析课程的数据准备

请问，在TCGA差异分析课程中的差异表达矩阵是用ensembleID表示lncrna，而TCGA生存分析的表达矩阵是用lncrna的gene symbol，请问是怎么转换的，用ensemble官网转换之后，代码总报错，请问该怎么解决呢，谢谢

问题 老师，在泛基因家族分析，我提取最长转录本时输出的gff文件是空的，能帮我看一下为什么吗

上面是要分析的gff格式。 上面图是提取最长转录本的指令 上面是指令的日志。

文章 awk筛选差异基因

将图片拖文件格式： ID log2fc FDRgene1 1 0.001gene2 -1 0.001gene3 1 0.001gene4 2 0.0001 筛选条件：log2fc的绝对值大于1，FDR<0.05 命令： awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{if(FNR==1) print $0; else {abs_log2fc=($2<0?$2*(-1):$2);if(abs_log2fc>=1 && $3...

问题 老师您好，我想请问一下，在做比较基因组学时，在这一步时，/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jivi.compara.catalog ortholog AT ST --cscore=0.7，运行时出现/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python: No module named jivi.compara是什么意思呢，应该怎么解决呢

文章 华科一教授论文抄袭：篮球论文抄足球论文，踢“篮球”你见过没？

...注了参考文献，就可以随心所欲地加引号引用， 在查重软件中，都是统一看待的，只要文字的重复率达到了系统设定的阀值，也会被判定为抄袭。 所以，这点大家也要注意。 3、文字转化成图片 文字意思转为图片表达，目前...

问题 课程“微生物OTU网络图绘制(Cytoscape)”中，CoNet构建网络时的问题

...生物网络的问题：CoNet用四种方法计算最后整合计算，按软件要求应该是至少两种计算方法显著才会留下这组数据，但在Cytoscape中展示网络中依旧留有只有一个方法计算显著，请问原因是什么？如何解决？ 再一个问题就是用Gephi...

问题 老师，想请问一下WGCNA中绘制性状与模块相关性图出现colorMatrix[, c] : incorrect number of dimensions

前面的代码都没有问题，运行绘制的代码的时候出现错误： 我检查了数据的格式和维度，数据的情况如下： 性状数据的具体内容如下： textMatrix矩阵内容如下： 实在是不知道问题出在了哪里。。。

问题 老师，您好！根据您得帖子，我在BinGO分析做GOmaping时还是不能完成，希望可以得到您得指导！十分感谢您！

https://www.omicsclass.com/article/339这是您写的帖子，老师我现在分析得植物是非模式植物，需要自己做一个GO注释，但是文件得格式总是错误。希望得到您得指导，十分感谢您！

文章 利用NCBI当中的CD-search工具预测基因的保守结构域

...，Batch CD-Search，如下：： 可选择直接粘贴多序列的fasta格式文件，或者提交fasta格式的文件，然后选择数据库，如果数据较大搜索时间很久，可填写email，搜索完成之后会发邮寄，最后点击submit提交就可以搜索了： 5.批量搜索...

问题 blsatp，我想拿发表文献的基因ID的蛋白序列和我自己搜出来的序列（$species.gene.pep.fasta）比对。我先是把这两个序列放在一起。然后再建库比对。出现问题。怎么办？后来我在那个gene.pepe.fasta中选择几个序列和发表文献的序列放在一起建库比对就能行。原因是什么？我

问题 gtf文件如何提取FPKM TPM

请问在Windows系统怎么从转录组的gtf文件（如图）提取FPKM TPM的数据？咱们课程的R一直下载不了BALLGOWN的R包，这个方法可以吗？具体该怎么操作？

问题 构建物种发育树，使用busco获取单拷贝基因出错

...，是否有遇到这样的问题，如何解决。同时是否有其他的软件可以搜寻。 同时，我在查询教程和资料，有许多构建的方法是使用orthofinder，输入各物种的蛋白质序列进行分析。 但我分析的物种中，有部分物种在ncbi的基因组下...

问题 在做hic挂载时，运行juicer时出现这三个问题，请问是什么原因以及该怎么解决呢？运行的命令是bash ../juicer/CPU/juicer.sh -d ~/data/hicassembly/hic -s MboI -t 48 -y genome_MboI.txt -z genome.fasta -p genome.chrom.sizes -D ../juicer/CPU

问题 dadi 分析

...物种是山羊， 我想知道这个T是不是指的基因交流时间？怎么计算出这个时间，还需要哪些参数？另外，nu1 和  nu2是指的种群大小吗，怎么计算出这个具体的值，m12 和 m21 代表的什么？                                    ...

文章 IF=8.5|一千多个酵母基因组分析揭示基因家族进化的独特轨迹

...率相等（灰色） 3. 快速进化谱系FEL丢失了与 RNA 剪接、细胞分裂和代谢相关的基因 对3个菌目里FEL中收缩或丢失的基因家族的功能进行注释，如上图B，发现与RNA 剪接和 mRNA 加工相关的功能通路。在Dipodascales菌目 FEL中发现与碳...