问题 提取基因在染色体位置时发现gff3文件中的染色体编号不好理解。疑惑。

...不一样，1-9就是阿拉伯数字，10-33的反而是bd_数字1×数字2。我不懂数字1和数字2各自代表什么意思？猜测数字1代表染色体编号。是这样的吗？但是数字2又不知何意了。 另外，提取基因结构以及在染色体位置时，发现有两个...

问题 基因组注释 genome.chain 文件生成问题

...用 omic 的镜像生成 genome.chain 文件时，出现 KeyError: 'ptg000026l:::fragment_1' 的错误，老师该如何解决？ 下面是我 genome.agp 文件中出现 fragment 的内容： Chr15   29259691        30651746        15      W       ptg000397l      1       13...

问题 下载甲基化数据时找不到样本类型，

> # 设置工作目录（输出目录）> setwd(work_dir)> DataDirectory <- paste0(work_dir,"/GDC/",gsub("-","_",tcga_project))> FileNameData <- paste0(DataDirectory, "_","methylation",".rda")> ############################################################> # 1. 下载TCGA甲...

文章 下载TCGA临床信息

...linical" data_type <- "Clinical Supplement" legacy <- FALSE # 设置工作目录 setwd(work_dir) # 下载临床数据的结果 DataDirectory <- paste0(work_dir,"/GDC/",gsub("-","_",project)) # 查询可以下载的数据 query <- GDCquery(project = project, data.cate...

文章 VennDiagram各区域信息提取

... R语言绘制维恩图空值NA处理：https://www.omicsclass.com/article/259 数据读取方式， 1、譬如经相似读取数据和处理之后，获取一个向量xList，数据基本情况如下： summary(xList)        Length Class  Mode     AT_4000 4000   -none- charac...

问题 在docker中用cleandata与宿主序列比对得到sam文件这一步出现错误，

输入的命令是for i in `tail -n+2 $datafile/metadata.txt|cut -f1`;do bowtie2 --threads 6 \ -x $host_index/Canis_lupus/wolf \ -1 $workdir/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_1.fastq \ -2 $workdir/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}_2.fastq \ -S $workdir/1.host_del_and_qc/cleandata/${i}.bowtie.sam \ --v...

问题 bioconductor一直安装不对

...nductor.org/packages/3.16/bioc Bioconductor version 3.16 (BiocManager 1.30.20), R 4.2.2 (2022-10-31 ucrt) Installing package(s) 'lme4' 有二进制版本的，但源代码版本是后来的: binary source needs_compilation lme4 1.1-31 1.1-32 TRUE Binaries will be installed tr...

文章 小公司如何管理好团队？

...，以至于无论是中层还是基层都不是特别明确自己的核心工作是什么，团队或个人都是各自为政，做自己认为对公司或团队有益的事情，导致公司资源分散，公司（或团队）很难形成合力，团队看起来就比较松散。   其次，公...

文章 已测基因组植物统计（增补完善版），建议收藏！

...编整理了已测基因组的植物物种，一经发出受到广大科研工作者的极大关注；植物科学最前沿、基迪奥、博云华康等大V纷纷转载，此文阅读量已超20000+。 同时关注此文的友人也纷纷留言，提供漏掉的物种信息，指正表中的错...

问题 $python2 -m jcvi.compara.catalog ortholog ath rapa --cscore=0.7这一步报错

$python2 -m jcvi.compara.catalog ortholog ath rapa --cscore=0.7 12:25:58 [cbook] File `rapa.prj` exists. Computation skipped. 12:25:58 [base] lastal -u 0 -P 48 -i3G -f BlastTab rapa ath.cds >./ath.rapa.last 12:26:05 [synteny] Assuming --qbed=ath.bed --sbed=rapa.bed 12:26:05 [base] Load file `...

文章 R语言文件目录操作

...将R语言中处理文件和文件夹的常用函数整理一下。 1、工作路径 getwd()        列出当前工作路径； setwd(dir)    设置工作路径，参数dir是要设置的路径。 2、列出目录下文件 函数list.files和dir用法完全一样，可以列出...

文章 Perl 包和模块

...ire用于载入module或perl程序(.pm后缀可以省略，但.pl必须有)2、Perl use语句是编译时引入的，require是运行时引入的3、Perl use引入模块的同时，也引入了模块的子模块。而require则不能引入，要在重新声明4、USE是在当前默认的@INC里面...

问题 perl老师你好！可以发一下perl的安装包么？在网上下载一直下不下来！后续工作没法做了

文章 最好用的测试管理工具是什么？

作为一名测试员，这些年为了提高工作效率，体验过不少有关项目管理的工具。我曾使用过的有worktile 、Teambitio、禅道、JIRA等，其中个人印象最深，体验最好的是——CORNERSTONE。 CORNERSTONE可以称得上是新一代智能项目管理平台...

文章 群体遗传进化进化树分析方法：

cd $workdir  #回到工作目录mkdir 01.phylo_treecd 01.phylo_tree#文件格式转换run_pipeline.pl  -Xmx5G -importGuess  $workdir/00.filter/clean.vcf.gz  \    -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter#最大似然法构建进化树#方法1：fasttree 构建进化树fasttree -...