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问题 蛋白3D结构预测

...SD值。 老师您好，预测的模型我下载完了，文件名是model_01。我咋下载模版啊？我根据课件中的公式align model_011, pdb6ir8, cycles=0, transform=0   调整为 align model_01, 7exf.1.A, cycles=0, transform=0 报错。

问题 蛋白3D结构预测

...SD值。 老师您好，预测的模型我下载完了，文件名是model_01。我咋下载模版啊？我根据课件中的公式align model_011, pdb6ir8, cycles=0, transform=0   调整为 align model_01, 7exf.1.A, cycles=0, transform=0 报错。

问题 在RStudio上用setwd()命令未能修改数据资料路径

...修改数据资料路径，我在D盘建立了新的空的文件夹20251124_data和20251124data，用setwd("D:/20251124_data")和setwd("D:/20251124data")，但是运行不成功，显示： >  setwd("D:/20251124_data") Error in setwd("D:/20251124_data") : cannot change working directory >...

问题 老师您好，进行比较基因组分析时候，单拷贝直系同源群为0，后续的分析就出现了报错，这是什么原因，是我选择的基因组不合适还是其他原因。

... 2025-08-08 16:26:13   File "/share/work/biosoft/OrthoFinder/OrthoFinder_v2.5.4/scripts_of/parallel_task_manager.py", line 209, in Worker_RunCommands_And_Move 2025-08-08 16:26:13     fn(fns) 2025-08-08 16:26:13   File "/share/work/biosoft/OrthoFinder/OrthoFinder_v2.5.4/scripts_of/trees_msa...

文章 GATK外显子测序数据肿瘤体细胞突变数据分析

... #两个样本bwa分别比对到人类hg38参考基因组上：bwa mem Homo_sapiens_assembly38.fasta N154_1.clean.fq.gz N154_2.clean.fq.gz \ -t 8 -M -R "@RG\tID:N154\tLB:N154\tPL:ILLUMINA\tSM:N154" |samtools view -bS -h - > N154.bambwa mem Homo_sapiens_assembly38.fasta T154_1.clean.fq.gz T154_2....

文章 qiime1 matplotlab绘图报错解决：_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

Command run was: plot_taxa_summary.py -i /share/nas1/huangls/test/ampliseq-q1/16s2/4.Qiime_analysis/taxa_summary_plot/otu_table_no_singletons_rare_sorted_L2.txt,/share/nas1/huangls/test/ampliseq-q1/16s2/4.Qiime_analysis/taxa_summary_plot/otu_table_no_singletons_rare_sorted_L3.txt,/share/nas1/huangl...

问题 老师，我正在做泛基因家族分析的结构变异与基因注释部分，出现一些错误

...不同的指令，均未能成功修改 sed -i "s/\\.[0-9]*$//" ${ref}_refGene.txt ，之后在excel中完成修改，结果如下：之后，#建立注释库 retrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile ${ref}.fa ${ref}_refGene.txt --out ${ref}_refGene.fa   ，在此过程中出现...

问题 基因家族解析报错

...one 5000 of 32458 ERROR, input file does not exist: /home/us070/GC/02.gene_family/pep/OrthoFinder/Results_Jun06/WorkingDirectory/Alignments_ids/OG0004708.fa WARNING: Unknown caught unknown exception ERROR, input file does not exist: /home/us070/GC/02.gene_family/pep/OrthoFinder/Results_Jun06/Work...

问题 重复序列注释geneID这一步

...==== /usr/lib64/libc.so.6(+0x82b36)[0x73e8f52b2b36] /usr/lib64/libc.so.6(__libc_calloc+0xb4)[0x73e8f52b6214] geneid[0x40b459] geneid[0x40ed29] geneid[0x401aa5] /usr/lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5)[0x73e8f5252555] geneid[0x401f8d] 请问药怎么解决？

问题 变异注释

...annovar注释变异的时候报错：Error: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error): <line79synonymous SNVLOC119691921:XM_048633226.1#NC_063982.1#16995:exon3:c.C99T:p.L33L,LOC119691921:XM_048633233.1#NC_063982.1#16995:exon3:c.C99T:p.L33LNC_063982.11813318133CT0....

文章 arrow 安装失败可

CMake Error at utf8proc_ep-stamp/utf8proc_ep-download-RELEASE-impl.cmake:9 (message): Command failed (1): '/usr/local/bin/cmake' '-P' '/tmp/Rtmp2YramV/filec14344f44c6c/utf8proc_ep-prefix/src/utf8proc_ep-stamp/download-utf8proc_ep.cmake' CMake Error at utf8proc_ep-stamp/utf8proc_ep-downl...

文章 非小细胞肺癌 （GSE139555）

....ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE139555&format=file" -O GSE139555_RAW.tartar xvf GSE139555_RAW.tarcat map.txt|while read g s p;do  mkdir $p  cd $p  ln -s ../${g}_$s-$p.matrix.mtx.gz matrix.mtx.gz  ln -s ../${g}_$s-$p.barcodes.tsv.gz barcodes.tsv.gz  ln -s ../${g}_$s-$p.genes.tsv.gz fe...

问题 您好，想请教一下 linux中 R语言安装magick的包装不上的问题

...b64/R/library/00LOCK-magick/00new/magick/libs/magick.so: undefined symbol: _ZN6Magick5Image5writeEPNS_4BlobERKNSt7__cxx1112basic_stringIcSt11char_traitsIcESaIcEEEm 错误: 载入失败 停止执行 ERROR: loading failed

文章 群体遗传进化PCA分析

...plink --vcf  $workdir/00.filter/clean.sorted.vcf.gz --pca 10 --out  plink_pca   \     --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:#    --vcf-half-call missing #绘图 pca_plink_plot.r -i plink_pca.eigenvec -f $GROUP -g group --name plink_pca #方法2： ## smartpca分析PCA ...

问题 老师，您好！请问做全基因组选择（GS选择）之前，训练集和预测集的划分，有没有代码可以按照特定比例，随机快速实现材料的划分，并生成文件？（比如20%个体作为训练集，80%个体作为预测集；40%个体作为训练集，60%个体作为预测集；60%个体作为训练集，40%个体作为预测集；80%个体作为训练集，20%个体作为预测集，等等）

全基因组选择（GS）