文章 R语言中的回归分析公式中各种符号的含义

R表达式中常用的符号 推荐学习R语言获得更多生物信息分析技能：R语言画图、R语言快速入门与提高 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分...

文章 ssh登陆报错

...ion denied (publickey,gssapi-keyex,gssapi-with-mic,password). 这个警告信息是由于SSH客户端检测到目标主机的身份验证信息发生了变化。这可能是由于目标主机的SSH密钥已更改。 解决这个问题需要找到并编辑 家目录下的~/.ssh/known_hosts 文件...

文章 Mapchart绘制基因染色体位置图

...距离，我们这里直接可以得到基因在染色体上的物理位置信息，也可以利用Mapchart画图。 软件Mapchart 下载地址： https://www.wur.nl/en/Research-Results/Research-Institutes/plant-research/Biometris-1/Software-Service/Download-MapChart.htm 目前最新版本的Ma...

文章 第三期《基因家族分析实操》直播课开始报名了！

基因家族分析，既是一个可以快速掌握的生物信息分析技能，也是低成本SCI文章思路。基因家族文章写作模式相似，换个物种或者基因家族就又是一篇文章，可借鉴性很强，且发文数量依然不减，是低成本短、平、快SCI文章的经...

问题 老师，这是某一个最长转录本的保留；；请问#Ensembl 下载的基因组 会在基因和mRNA ID前面加gene: 和 transcript:这里给去掉；；这条指令是不是对应下图中要删除掉ID后面的gene mRNA exon CDS等信息呢？

文章 2020年1-4月100+篇基因家族分析文献信息免费领取

...，小编整理了其中100+篇成EXCEL，供大家参阅；此EXCEL包含信息如下：文献题目、期刊名称、影响因子、第一作者姓名、通讯作者姓名、发表时间、全文下载链接、一作单位名称，部分文献列表见下图（领取方法见文末）： 2020...

问题 老师，结构变异的基因注释；建立注释库后，运行结果出错，如下图；提取结构变异信息时，我提取了一个样本的tsv的染色体，起始，终止，0，0；运行#注释的代码，生成的外显子文件为0；请问应该如何操作？PsbM是参考基因组，PsbF为一个样本

文章 pheatmap返回的结果解释（获得新的排序信息）

...回的对象，而hclust返回的对象也是一个列表，包括了多组信息。 以上面的代码为例，将结果赋给一个新的向量，然后查看向量的结果： list=pheatmap(mat,scale="row")> summary(list)         Length Class  Mode   tree_row 7      hc...

问题 老师，通过蛋白保守相似序列分析，推测了葡萄园有孢汉逊酵母中与酿酒酵母相似的功能基因，并编号gxxxx.t1，请问老师，如何可以获得这条基因序列，NCBI中仅有葡萄园有孢汉逊酵母的全基因组信息，谢谢老师

问题 各位老师好，我在用R做生存分析时，读取了下载好的临床数据后（TCGA的)，提取病人编号，死亡时间等信息时报错“Can't find columns”，我对R的掌握实在过于疏浅，想请教老师们是否曾遇见过类似问题，如何解决呢？以下是问题截图

问题 基因结构分析

老师，在做基因结构分析，提取出来的结果文件只有mRNA信息，没有获得外显子，内含子等信息，请问是为什么？截图分别为输入文件，输出文件，用到的脚本以及gff3文件

问题 动植物泛基因组分析：03.gene_family_pav 分析自己的数据时，运行命令Rscript $scriptsdir/core_pan_gene_curve.r -i Orthogroups_PAV.tsv --prefix core_pan_curve 出现以下报错信息

运行终止后，生成的结果文件如下

文章 GSDS基因promoter区绘制顺势作用原件出现异常

... 经过查看数据发现，我们输入的gene.bed有重复的基因ID信息，所以会出现上述问题，例如： 解决办法，就是去除重复，将这个文件内容粘贴到，excel 文件去除重复，重新绘制就会正常显示文章最开始的图。去除重复方法，...

文章 centos7用户管理 linux

...下文件达到设置添加用户的目的： 名 称 帐号信息 说 明 用户配置文件 /etc/passwd 记录了每个用户的一些基本属性，并且对所有用户可读，每一行记录对应一个用户，每行记录通过冒号进行分隔 ...

文章 TCGA数据挖掘生物信息文章（肺鳞癌）

该文章是17年发表的与肺鳞癌相关的lncRNAs研究，影响因子3.026，文章虽然比较早，但是对我们依然有参考价值。 数据来源 作者从TCGA下载所有肺癌的RNA-Seq数据（截至2017.4.5），共502个肺鳞癌样本数据，其中原发性肺鳞癌样本数...