问题 在做基因家族分析时，画circos图的时候，只画出了一半，背景没有，基因标签也没有，路径额检查了，出现了下面的报错

文章 从技术雷达看​DevOps的十年——容器技术和微服务

...的支持和文档, 但我们的团队已经开始在其他容器一直在工作的情况下使用它们成功, 例如：构建代理（Build Agent）。容器技术作为一种轻量级的操作系统隔离和应用程序发布手段，带来了很大的便利性。它让我们能够将复杂的内...

问题 构建进化树bootstap值自动变动及结构域的选择

 请问构建进化树分析的时候显示bootsta值自动调整了这个有影响吗？是继续分析吗？ 另外视频里看到挑选出来的短的结构域会选择不要 ？ 如图几个短的结构域都验证过 在视频分析前期看到会选择删除，请问大概多短的结构...

文章 为什么做生物信息分析需要学会linux

最近看到一篇文章:《完全用Linux工作》感触挺深； 原文地址：https://www.douban.com/group/topic/12121637/ 文章很长，为节约大家的时间，在此总结一下我觉得有意思的观点： 1.你想想如果你没有用过 windows，你肯定会很习惯 /etc, ...

文章 perl中读取和写出Excel的包，xls，和xlsx

...xcel的文件，包括2003 的xls文件Spreadsheet::ParseExcel，和2007的xlsx的文件Spreadsheet::ParseXLSX。 use Spreadsheet::ParseExcel;#读取Excel2003版本的excel文件 my $parser   = Spreadsheet::ParseExcel->new();my $workbook = $parser->parse('test.xls');if ( !defined $workbook...

问题 老师您好，我在做泛基因家族分析中存在缺失分析得到的基因家族泛基因编号文件和泛基因列表一样，不知道为什么

...enes.list文件大小一模一样，不知道是为什么？我现在有个变动是，获得的泛基因列表中，C01基因组名称写的是C1，这可能是之前提取蛋白时候它自动命名省去了，但是一个基因组（同样，还有C2-C9,L1-L9,Q1-Q9）。基因家族列表中，C0...

文章 Linux删除组磁盘配额

在同时开启了用户和组配额的情况下，想要永久关闭组配额，其方法如下： 首先关闭用户和组磁盘配额 xfs_quota -x -c "off -ug" /home 清除用户和组配额 xfs_quota -x -c "remove -ug" /home 卸载 umount /dev/mapper/rl_omicsclass-home 只保留用户...

文章 R语言绘制差异表达火山图

...阈值线 fc_cutoff <- 2 fdr_cutoff <- 0.01 3.读入数据 #设置工作路径 setwd("/share/work") data<-read.table("Volcano.txt", header=TRUE,sep = "\t") 数据格式如下（表头不要改）： ID FDR log2FC sign Trans_newGene_1010 0.1719571 -0.327617885 NA Trans_newGene_101...

问题 老师您好，临床数据下载后，整合时发现下载文件是xlsx文件不是课程中讲的xlm文件，一直整合失败，找不到文件。这块应该怎么修改这句代码？

文章 GEOquery 读取本地表达矩阵压缩包

...出错，可以通过手动下载的方式将矩阵文件下载到对应的工作路径中： 矩阵文件的基本命名格式：GSEXXXXX_series_matrix.txt.gz 为了避免手动整理，可以利用getGEO读取本地本地的矩阵文件，例如（以GSE66597为例）： workdir = "F:/GEO...

文章 一个好的“产品经理”该如何诞生？

...要的，白纸黑字写下来，以后可以避免很多的扯皮和无效工作。例如：每个阶段的成果产物需要进行相应的评审，评审有相应的《会议纪要》；从项目启动起，研发项目经理每周提供《项目研发周报》；测试阶段，测试工程师每...

问题 使用tcga_gene_exp_download.r下载TCGA数据始终无法产生gene expression相关的文件 killed

... MB Downloading chunk 1 of 59 (10 files, size = 600.677 KB) as Sun_Oct_17_23_40_26_2021_0.tar.gz Downloading: 42 kB     Downloading chunk 2 of 59 (10 files, size = 414.242 KB) as Sun_Oct_17_23_40_26_2021_1.tar.gz Downloading: 34 kB     Downloading chunk 3 of 59 (10 files, size = 465.859 KB)...

问题 转录组比对中，同源性很高的两个基因比对不正确

...何处理？RNA-seq分析表达定量命令如下：cd $workdir  #回到工作目录mkdir -p $workdir/3.map/hisat2cd $workdir/3.map/hisat2cat /work/config | while read idohisat2 -p 6 --rg-id=${i} --rg SM:${i} --rg LB:${i} --rg PL:ILLUMINA \-x $REF_INDEX --dta --rna-strandness RF \-1 $workdir/2.data...

文章 affy包查看全匹配探针与错配探针

...x表达谱芯片在设计时 除了全匹配（perfect match, pm) 探针（25-mer探针）进行进行荧光信号检测外，有时会设计错配(mismatch, mm) 探针（一个位点错配），基于PM-MM探针设计可以使检测低浓度靶序列的特异性和灵敏度大大提高，也便于...

文章 你还在为基因芯片表达差异分析发愁吗？这个方法带你飞！

...，而分析之前需要确保正确安装和加载limma，同时需要对工作路径进行设置。 library('limma')workdir="F:/GEO/20180520"setwd(workdir) 数据处理 1、表达矩阵数据为六个样本，读取数据之后，大家可以利用head()简单查看数据的情况等。 ...