老师，你好，我有个gff文件，但其中只有gene,mRNA,exon，cds的信息，如何获取intron的位置信息，我想写个脚本获取基因组intron的长度，请问老师思路大概是怎么样的？谢谢老师
继续上一个IDlist基因组信息，这个基因组我该怎么删怎么改，scaffold和chr不同，但基因组心里的等同于染色体位置信息，我该怎么删减，这是苹果山定子基因组？麻烦看一下，这个有点复杂
...拼搏得来的！ 善于学习是每个大牛的必备特质，而生物信息学则是每个大牛团队的必备技能！没错，就是生物信息分析技能！ 生物信息学能提高我们的效率，强化我们的能力，给我们洞察数据的上帝视角！ 然而对于学生物的...
gff文件当中存储了基因组当中所有基因的注释信息，如果想得到基因组当中所有基因的位置信息可以利用awk命令批量的提取，命令如下： $ grep -v '#' Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3|awk -F "[\t=:;]" 'BEGIN{OFS="\t"}$3=="gene"{print $1,$4,$5,$10}' |...
你好，我在MCScanX共线性分析过程中用get_gene_position.pl提取基因位置信息的过程中，提取到了如下结果，我的物种的基因组gff文件开始部分的格式如图所示，这个要怎么处理呢？谢谢
你好，想了解一些生物信息学内容，学习的更加深入一点，有什么教材或者课程推荐吗
我们在整理基因组的gff文件，想输出基因的位置信息，以及基因所对应的多个转录本信息，需要对基因按照染色体排序，这里使用到了perl里面hash按照值来排序，而且还用了两个值基因型排序。示例代码如下，以下代码可以从gff...
...己操作在ncbi上下载的拟南芥注释文件并未发现其染色体信息（如图），如果按照课堂上的fadix命令，则构建不了染色体长度相关信息。如何根据在ncbi上的注释文件.gff进行fadix呢
...文件，motif的图形展示文件（LOGO），txt文本，html的网页信息文件及xml格式文件。 html文件主要包含两部分信息：其一是motif的属性信息（见下图），给出了LOGO，点击红色方框中的箭头，会显示motif在每个基因上的起始位置、p-va...
...先是项目编号，通常以PRJ开头，会记录该项目的一些背景信息，包括，研究的目的及意义，项目启动日期，作者单位信息等等，项目下面可以包含以下子内容： (1)研究内容(study)。 在 SRA 数据库中， 研究课题的检索号(accession n...
老师您好!我想问下单细胞测序数据如何将rds文件和pbmc.metadata.tsv文件中的某列信息给替换成其它信息？麻烦老师解答，谢谢