问题 利用perl脚本提取基因上游的1500bp（指定位置）序列时提示出现Incorrect parameters to subseq的错误

...因位置信息的文件：附件中有上传（gen-weizhi.txt），大概格式如下： SETIT_034190mgIX4350641943510019+ SETIT_033939mgIX4555147145555562- SETIT_034271mgIX4764394847648195+ SETIT_034139mgIX5103987451043619+ SETIT_038909mgIX5313534653136851+ SETIT_034150mgIX5681321456815920...

问题 老师，请问一下为什么提取基因在染色体上的位置时，查看gene_chr.txt是空的，位置信息没有被提取出来呢？我看我的gff3文件中，gene后面对应的并不是我提取出来的基因的id，图中画出来的。请问是这个原因吗？要怎么解决？

问题 老师好！有个问题想请教一下: 之前选做的几个基因是根据旧版数据库里的CDs序列克隆的，现在数据库更新了，要求用新版数据库，但是新旧版数据库ID对不上，遇到这种怎么办呀？（基因数量比较好多，没办法一个一个blast来比对）

问题 我运行遗传群体进化的fst_pi_select_sweep.r这个脚本一直报错Error in dev.off() : cannot shut down device 1 (the null device)，将dev.off()语句改为while (!is.null(dev.list()))  dev.off()依旧报错，怎么解决？

问题 老师 就是Rhododendron_delavayi 和Rhododendron_irroratum这两种植物，我把它的fasta和gff3文件下载，然后做各物种的cds和pep文件提取，文件都能出来，但是就是出来的文件是空的，这个问题要怎么处理啊，麻烦老师帮我看一下，谢谢

问题 老师 就是Rhododendron_delavayi 和Rhododendron_irroratum这两种植物，我把它的fasta和gff3文件下载，然后做各物种的cds和pep文件提取，文件都能出来，但是就是出来的文件是空的，这个问题要怎么处理啊，麻烦老师帮我看一下，谢谢

问题 注释最终的结果不理想 不知道从哪里下手改进流程

补充描述及问题 1.组装软件尝试过wtdbg2（n50：26MB、LAI：7.41）、canu（n50:24MB、LAI：8.77），还没有尝试过quickmerge合并基因组，但这三个版本LAI最高也就8.81，合并后会比最高的高吗？ 2.这是一个植物基因组，重复序列中unknow比例...

文章 Cox生存分析与KM生存分析介绍 生存分析（Survival Analysis） Cox proportional hazards model

...时间的统计方法。常见的有1）癌症患者生存时间分析2）工程中的失败时间分析等等。 1.1 定义 1.2 删失(censored) 在生存分析研究中，对于某些实例，会出现在我们的研究期间，并没有出现任何感兴趣的时间，我们将这种情况...

文章 R脚本绘制多层环形饼图

...列browser data$browser<-data$parent #将数据以,分割的csv文件格式保存到本地 write.table(data, file = 'data.csv', row.names = F, sep = ",") 4. 绘图 #利用sunburst_data函数读取csv文件内容 sb <- sunburst_data('data.csv', type = 'node_parent', sep = ",", node_attribut...

文章 苹果系统安装docker MacOS

... Stable 或 Edge 版本的 Docker Desktop for Mac。 如同 macOS 其它软件一样，安装也非常简单，双击下载的 .dmg 文件，然后将那只叫 Moby 的鲸鱼图标拖拽到 Application 文件夹即可（其间需要输入用户密码）。 运行 从应用中找到 Docker 图...

文章 ELISA实验做不好怎么办？QuicKey ELISA试剂盒来帮你！

本文首发于公众号：生科院女学霸用传统的ELISA试剂盒做实验，我们需要在包好捕获抗体的ELISA板中，依次加入样品、检测抗体、二抗。每孵育一次，在下一步孵育之前，都需要彻底的洗涤，要是实验室有自动洗板机还好，要是...

问题 串联重复基因对

请问MCscanX给出来一个基因家族的串联重复基因对，蛋白质序列差异大，这与串联重复基因的定义不一致，这种怎么处理呢？然后就是计算串联重复基因对的Ka/Ks的值，说明是这两个基因进化是保守的吗？还是怎么？

问题 老师您好! 我用get_gene_gff.pl提取基因在染色体上的位置信息时，得到的结果文件没有第一列基因ID，并且数量多出来了好几千，我的基因只有一百多个，请问老师这种该怎么处理呀? 我改了ID=gene为ID=也一样没有用

问题 老师您好，我根据您的方法从GFF信息，从基因组里提取基因的蛋白序列和 cds序列，但是显示command not found，请您看看是怎么回事呢？上面写的代码要在分析镜像2.0中进行，但是课程给我们的只有v1.0.1，不知道是不是这个原因呢？

文章 电脑安装Linux系统后配置网口及NFS 服务手动挂载文件

...mklabel gpt(parted) mkpart primary 0% 100%(parted) qfdisk -l #查看磁盘格式化，挂载mkfs.ext4 /dev/sda1 #格式化mkdir /export/data1mount /dev/sda1 /export/data1 #磁盘挂载到目录df -h #查看 vi /etc/exports #目录共享出去/export/data1 10.1.1.0/255.255.255.0(rw,no...