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文章 perl 多线程

...务,因此这些被细分的线程之间可以共享相同的代码段,数据段和文件句柄等资源。有了进程,我们可以在一台单 CPU 计算机系统上同时运行 Firefox 和 Microsoft Office Word 等多个程序;有了线程,我们可以使 Firefox 在不同的...

文章 不同物种基因组之间的比对与可视化

...过测序技术从实验室中提取的DNA样本中获取,或者从公共数据库中下载已知的基因组序列。2.比对算法选择: 选择适合的比对算法进行基因组比对。常用的比对算法包括Smith-Waterman算法、Needleman-Wunsch算法、BLAST(Basic Local Alignment...

文章 Linux三剑客之grep-文件中的信息捕获

...      强制PATTERN仅匹配完整的行-z, --null-data          数据行以0字节结束,而不是换行符 其他选项: -s, --no-messages :不显示错误消息-v, --invert-match :选择非匹配的行-V, --version :显示版本信息并退出--help :显示此帮...

文章 混合线性模型中BLUE值 VS BLUP值

...182 169 213 203 156 ... VSNR::pin(as2,h2 ~ V3/(V3 + V4/4 + V5/(2*4))) 将数据保存到excel中 library(openxlsx) write.xlsx(blue1,"blue.xlsx") write.xlsx(blup2,"blup.xlsx") write.xlsx(pv1,"pm1.xlsx") write.xlsx(pv2,"pm2.xlsx") 结果解析 RIL是基因型 pm2-random是RIL作为随机因子的...

文章 2020国自然热点预测:2019最火的7大方向解读!

...国自然经费有限,如果前期没有宏基因组、代谢组等组学数据作为基础,菌群研究还是比较难以中标的, 所以现在很多申请者转向对菌群生态系统中某一个功能菌种的研究,并取得不错的资助率。 随着肠道菌群等研究深入,...

文章 IF=13.8 | 饮食调节山羊肠道微生物的纤维素利用效率

...羊的瘤胃,回肠,盲肠3个部位的肠道内容物取样 02.生理数据和代谢物分布的结果 研究深入分析两组样本的平均日增重,发现FF饲料组的平均日增重显著高于SF饲料组,表明FF饲料更有利于山羊的生长。而且消化率结果显示FF饲料能...

文章 linux 硬盘分区 格式化 挂载

...用的,它只是做为逻辑分区的容器存在的;我们真正存放数据的是主分区和逻辑分区,大量数据都放在逻辑分区中 这是采用MBR分区方案的硬盘分区示意图(一块硬盘 ),关于主分区、扩展分区与逻辑分区的各自含义,后面...

文章 IF=5 | 健康犬的肠道微生物组和代谢组对膳食纤维的反应

...同纤维来源和数量的12种食品后的粪便宏基因组和代谢组数据,发现某些微生物物种和代谢物(如短链脂肪酸、酰甘油、膳食纤维结合糖和多酚)与特定纤维来源的摄入量密切相关。研究表明,微生物群落的个体差异和整体生态...

问题 eggNOG 保留蛋白序列时提示同一 ID 被多个一级特征使用,而子特征的 Parent 属性没有得到相应更新,导致注释关系不明确的问题,该怎么解决

...下步骤时,会有warning提示,gff和fasta都是非模式物种ncbi数据库染色体水平的组装,ga_protein_coding.gff3文件正常生成了,请问warning对结果有影响吗,应该如何解决?谢谢! agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff $gff --attribute gene_bi...

文章 华为敏捷项目管理实践分享

...的商业环境瞬息万变,移动、社交、物联网、云计算、大数据、AI等蓬勃发展。新技术突飞猛进的同时,新业务形态越来越复杂、需求变化越来越快、软件规模越来越大、交付周期越来越短、开发和维护成本越来越高,产品交付...

问题 使用xpclr分析出现TypeError: ufunc 'true_divide' not supported for the input types'

...所规定不能使用虚拟机)。在使用课程提供的黄瓜重测序数据进行xpclr分析的时候出现了这样的报错: 2022-06-24 16:17:24 : INFO : running xpclr v1.1.2 2022-06-24 16:17:24 : INFO : Loading VCF /public/home/weijiehong/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/allel/...

文章 蛋白质比对结果快速分类taxid

nr数据库在分类的时候有一个文件,即accession2taxid用来把accession number分类到taxid 但是由于和这个文件极大,直接比对速度相当慢,就写了以下两个脚本 #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <string.h> #include <unistd.h> #i...

文章 OrthoFinder 输出结果文件说明

...无根物种树、有根物种树,基因重复事件以及相关的统计数据。 1. Orthogroups 文件夹 Orthogroups.tsv、Orthogroups.txt:记录了 MCL 中 成功聚类(直系同源组中基因数 >= 2)的每个 Orthogroup 所包含的基因。 Orthogroups_UnassignedGenes.tsv:...

文章 遗传进化英文方法参考

...threshold was set as 1/n (n, total SNP number).     基因组重测序数据分析视频课程:https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ或者扫码二维码:     Reference [1] Li H, Durbin R. Fast and accurate short read alignment with Burrows–Wheeler transform. Bioinformatics.2009; 25(14)...

文章 tensorQTL :最高效的QTL 分析工具

...联。通常,对于顺式 xQTL 分析,一个基因或其他的基因型数据可能有数千个变异需要测试。反式 xQTL 分析则更复杂, MatrixeQTL 为 eQTL 识别创建计算负担较小的分析。与其他 QTL 分析工具相比,Matrix eQTL 的分析速度要快几个数量级...