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文章 GOChord_plot.r GOplot包绘制GO弦图

...CC/MF)、''ID"(GO ID)、"term"(功能描述)、"adj_pval"(校正后的p值)"genes"(每个GO term中含有的gene ID): categoryIDtermGeneRatioBgRatiopvalueadj_pvalqvaluegenesCountBPGO:0006979response to oxidative stress10/37458/188661.25E-081.79E-051.27E-05TXNIP/FANCD2/ANGPTL7/NOX4/NCF2/HSPB1/P...

问题 老师您好,GEPIA中,可以进行TCGAGTEX的对比分析,因为我研究的瘤种中TCGA基本没有正常对照,我想问一下,怎么能将TCGAGTEX联合分析,需要用什么表达值,如何处理批次效应?

问题 老师好,动植物基因组组装注释的课程里面,基因功能注释有序列相似性序列结构域,请问最后的统计结果怎么做,里面只讲了eggnog-mapper的统计,没有全部注释结果的统计吗?

文章 组装"预实验" | 物种倍性分析

自然演化过程中,多倍化全基因组复制事件常常被被认为是物进化的推动力,它们为生物进化提供了原始的遗传材料,同时也导致了物种的倍性差异。倍性直接影响基因组的大小复杂性,不同倍性的物种需要不同的组装策...

文章 基因家族分析后续试验怎么做?

...aestivum L.)的文章,一起来学习下基因家族分析后续实验该怎么做! 背景介绍 TCP基因家族是植物中特有的一类转录因子基因家族,参与植物生长发育、抗逆应答等的多个生物学过程。TCP基因家族的进化功能已多个物种如苹...

问题 单倍型报错

...    col.link = 2, link.width = 2,    # 单倍型之间连线的颜色宽度           main = "HapNet",                   # 主标题           pie.lim = c(0.5, 2),               # 圆圈的大小           legend_version = 1,  ...

文章 新物种!世界首例“猪猴混合体”中国诞生,你能接受吗?

...了生物医学”。 很早之前,欧美多个国家的科学家一起建立了“14天规则”。 14天规则的意思是说:科学家只能不满14天的胚胎上进行实验。 因为14天之前的人类胚胎还未分化出神经等结构,尚不具备人的特征,因此不...

文章 为什么华为、百度纷纷选择OKR,放弃KPI?

...个目标我们必须做什么”。 所以“O”“KR”浓缩一起就是“为确保达成企业目标的关键成果分解与实施”。 二、那些牛逼的公司为什么都推崇OKR 我有个朋友,一家互联网公司做HR,他们公司引入OKR之前,推行的...

问题 请问一下prefetch下载的问题

...on-file srr.txt -O /opt/user/ncbi 提示unrecognized option: '-a' 请问怎么才能用到aspera呢

文章 基因家族分析课程更新-批量进行kaks计算

...里我们更新了课程,可以批量提供基因对列表(串联重复大片段复制),就可以快速批量的进行kaks计算,其中用到的重要工具为Para AT,文献如下: ParaAT工具介绍 ParaAT是中科院基因组所的张章教授课题组开发的工具,该工...

文章 基因芯片小知识

...来减少误差。双染色技术是把两个样本用不同荧光标记后一起杂交到同一张芯片上。用于检测两种不同条件下基因表达的差异情况,如疾病组织正常组织(往往多个正常组织DNA混合一起,作为”pool“样本);处理组与对照...

问题 请问比较基因组学中,怎么区分由祖先染色体加倍还是物种分化后独自加倍而形成的同源基因?比如下面的玉米AB基因组

文章 OthroFinder-物种同源基因分析工作原理

...     1.1 (a)将所有物种的全部蛋白序列通过序列比对调用MCL聚类实现同源分类,推断出同源基因集合(Orthogroup);     1.2 (b)基于每个同源基因集合(Orthogroup)进行构建基因的进化树(Unrooted gene trees);     1.3 (c/d)...

文章 Upset图绘制

...于高维度数据中多重集合交集的可视化。它是传统Venn图集合图的替代方案,特别集合数量较多或交集较复杂时,更加清晰实用。Upset图的应用广泛,常见于生物信息学、统计学、数据科学等领域。 读入文件 mydata<-read...

问题 有参转录组数据分析,样品基因组比对效率只有零点几,这是为什么?

老师,您好,根据咱们转录组课程进行了实操,质控等正常,但是转录组数据比对到基因组这个步骤总是出现比对率只有零点几的情况,尝试了好几个转录组数据,从来没正常过。 水稻转录组测序数据显示如下,NCBI下载的单端...