问题 老师，这些文件在filezilla里下载不了，原因是无法启动传输。然后我在R里面找到了其中的一些，是像第二张图那样下载的吗，为什么有些文件在路径中找不到呢，这些文件应该怎么下载

问题 你好，我也遇到了一样的问题：docker里omicsclass的镜像都搜索不到了，然后下载omicsclass/gene-family:v1.0.1也报错，联系客服也没有回应，可以请教一下你是怎么解决的吗

文章 aspera上传数据的时候老是链接中断，一晚上的时间白白浪费了，怎么办？

...学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门...

问题 get_gtf.pl 脚本修改请教

老师由于我是ncbi上下载的gff文件  格式与ensemble上的有差别 我想提取这段基因的内外含子结构但get_gtf.pl      提不出来 这是gff文件第九列信息样子 ID=cds39033;Parent=rna44550;Dbxref=GeneID:105319604,Genbank:XP_011415503.1;Name=XP_011415503.1;gbk...

文章 基因结构图添加domain信息

...位置信息。 文件准备 domain在蛋白质上的位置信息表。格式如下： 一行为一个domain的位置信息。 1.第一列为基因ID 2.第二列为domain位于蛋白质上的起始位置 3.第三列为domain位于蛋白质上的终止位置 4.第四列为domain名称 导...

问题 如何从CAFE结果中提取扩张（或收缩）的基因家族

请问，我通过运行CAFE软件，得到了我所要研究的物种基因组中扩张和收缩的基因家族的数量信息，但是并不知道具体是哪些基因是扩张产生的，因此不能对扩张基因家族进行GO或KEGG分析。请问如何从CAFE的结果中找到扩张基因家...

文章 如何绘制SNP密度图

...-n out -s 1000000 -c "darkgreen,yellow,red" -i ：跟输入文件，格式为vcf文件； -n ：设置输出文件名称前缀，文件输出到当前目录下； -s ：设置窗口大小； -c ：设置颜色梯度，可以设置一到多种颜色，建议设置两种或三种颜色，...

问题 老师你好，我想问信息检索的问题，同样查询NBS蛋白序列，想用他俩的NBS序列与拟南芥的NBS序列做blastp。搜索页面出现的关键字不一样？他们有什么关系吗？我该怎么下载？谢谢老师。

问题 老师您好，在GEPIA中，可以进行TCGA和GTEX的对比分析，因为我研究的瘤种中TCGA基本没有正常对照，我想问一下，怎么能将TCGA和GTEX联合分析，需要用什么表达值，如何处理批次效应？

问题 老师您好!我在做mcscan分析时blastall出错，显示两个错误，首先是unable to open output file mcscan/ChaShu.blast,第二个是return non-zero status. 请问老师这种情况应该怎么处理呀?

问题 老师好，在动植物基因组组装和注释的课程里面，基因功能注释有序列相似性和序列结构域，请问最后的统计结果怎么做，里面只讲了eggnog-mapper的统计，没有全部注释结果的统计吗？

问题 如何评价系统进化树的构建的结果

...是从网上下载了她们的DNA序列和蛋白质序列，导入至maga软件中进行序列比对之后建树，在做DNA序列比对时发现有很多空位，最终也把树建起来了，但是和我预想的结果不同，不知道这个建树的步骤是不是合适？

问题 如何评价系统进化树的构建的结果

...是从网上下载了她们的DNA序列和蛋白质序列，导入至maga软件中进行序列比对之后建树，在做DNA序列比对时发现有很多空位，最终也把树建起来了，但是和我预想的结果不同，不知道这个建树的步骤是不是合适？

文章 GATK配置问题的解决

GATK是我们重测序流程中经常使用到的软件，他的下载比较简单，但是今天在配置的时候出现了一点小问题 下载 wget https://github.com/broadinstitute/gatk/archive/refs/tags/4.6.2.0.tar.gztar zxvf gatk-4.6.2.0.tar.gzcd gatk-4.6.2.0 配置 ./gradlew bundle ...

文章 利用NCBI和Pfam数据库查找基因家族保守结构域相关信息

...首先需要获取蛋白保守结构域在pfam数据库中的索取号（格式一般为"PF"+阿拉伯数字）。常用的获取方式有两种：第一种是从文献中查找；第二种是从NCBI获取。本文主要展示从NCBI获取蛋白保守结构域在pfam数据库的索取号。 如下...