问题 R分析KEGG报错

重复教程https://cloud.tencent.com/developer/article/1457254 里的分析，前面都没问题，第4.1步报错了，这是什么情况尼

问题 CNV分析

老师，您好，我在做CNV 分析的时候，所用参考基因组不是染色体水平，而是scaffold，那我在用perl $scriptdir/split_chr.pl -ref $REF -lenFilter 10000000 -od split_chr_dir，指令时，该怎么对应修改脚本文件呢

问题 dadi分析

dadi 分析的时一一个报错，命令是table_annovar.pl $data/goat.recode.vcf ./ -buildver unknown -out snp -remove -protocol refGene -operation g -nastring . -vcfinput 报错如下：我建议老师能进入我的路径看看。

问题 binGO富集分析

老师您好， 我现在在做binGO的富集分析，看到了您的软件使用方法，因为我做的物种不是模式植物，所以想问一下基因的GO注释文件格式是什么样的。 希望能得到您的帮助，谢谢

问题 KEGG富集分析

老师我在做KEGG富集分析的时候，用了459个下调的差异基因进行富集，结果得到的通路P值都＞0.05，老师这种情况会发生吗？原因是什么，我要怎么样调整参数才能得到p值小于0.05的通路？

问题 lefse分析细节

当进行多组间lefse分析时，每组得到的lda score分数高的，是不是就是这组比其余组显著高的微生物物种，这样会不会忽略掉这组显著低于其余组的微生物物种?

问题 你好，老师。同一个基因用视频流程获取的启动子序列2kp，是mRNA前面的2kp，不是CDS区前的2kb.现在提取的启动子都是CDS区前的2kb啊，mRNA与CDS区的注释长度不同，就导致我们获得启动子区域不正确

问题 染色体挂载问题

请问在染色体挂载时如果不知道染色体条数应该怎么办，核型做不出来

问题 无参物种可以进行基因家族分析吗？

无参物种可以进行基因家族分析吗？

问题 请问老师有没有"医学癌症TCGA-基因差异表达分析"课程基因表达数据下载后提取癌症组织数据，并用于课程“医学癌症TCGA-生存分析”的代码，感觉跨度有点大。

问题 TCGA 鲁棒性分析报错

按照TCGA 生存分析课程做 鲁棒检验老是报错 rust_test.zip

问题 mapman处理后的数据分析和总结

...      我用我的FPKM均值在MAPMAN上画图。如下     要如何分析每个途径有哪些上调，哪些下调，哪些先上调后下调，哪些先下调后上调？每个去看吗？会不会太主观了？有那么多个途径。求指教，或者能不能分享下经典的用MAPMAN...

文章 sankey_plot.r绘制桑基图

... --height height the height of pic inches [default 5] -W width, --width width the width of pic inches [default 5] 参数说明： -i    包含具有对应关系的数据 Immune_Subtypem6aclustergroupC1C2highC2C1low -g    输入所要绘...

问题 基因家族分析数据准备

基因家族数据准备中，运行到保留蛋白编码基因这一步时运行完检查文件protein_coding.gff3，发现有些基因好像后面不是gene_biotype，这对后面的分析有影响吗？还是需要改一下代码

文章 请教kaks分析

请教下各位老师，关于kaks分析的问题。我有50株菌，想看某个基因在这50株菌中是否正向选择。50株菌意味着有50条这个基因的序列，两两比较后就很多kaks的结果，有大于1也有小于1的，那我该如何判断这个基因是否在50株菌中被...